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Ing. en Biotecnología
Contenido:
- Normas generales para la seguridad de laboratorio.
- Normas generales para las Evaluaciones.
- Horarios de atención.
- Calendario de actividades.
- Guías para prácticos de laboratorio.
Facultad de Química y Biología
Laboratorio de Química Orgánica II
Ing. en Biotecnología.
Primer Semestre 2019
Siempre ☺ Nunca
- Use protección para los ojos - Fume en el Laboratorio
- Use ropa adecuada - Coma en el Laboratorio
- Lave sus manos antes de dejar el - Inhale, deguste o huela
Laboratorio imprudentemente reactivos
- Conozca las normas y procedimientos - Corra dentro del Laboratorio
de seguridad para cada acción a realizar - Distraiga a sus compañeros o
en el Laboratorio deambule por el Laboratorio
- Manipule los reactivos cuidadosamente - Lleve a cabo experiencias no
y conozca sus propiedades autorizadas
- Mantenga limpia y despejada su área de
trabajo
- Esté atento a eventualidades
- Cuando deba armar equipos, revise
cuidadosamente su ensamblado antes
de usarlo
Evaluaciones
• Reporte: Al finalizar cada sesión, cada grupo de trabajo deberá enviar un reporte en
formato pdf utilizando la plataforma “classroom”. El reporte no debe exceder cuatro páginas
(portada no incluida) y debe contener:
− Objetivos
− Descripción del procedimiento experimental
− Resultados
− Discusión/es
− Bibliografía
- Pruebas de ciclo: Al finalizar cada ciclo, se realizará una evaluación escrita. La distribución
de los contenidos y fechas designadas, se pueden ver en el calendario de actividades.
Ponderaciones:
1ª prueba de ciclo 25%
2ª prueba de ciclo 25%
Promedio controles de entrada 30%
Promedio reportes 20%
Atención a estudiantes
2.
Calendario de Actividades Laboratorio de Química Orgánica II.
Primer semestre 2019
Jueves: 8:00-11:10 horas
Semana Actividad
25 de marzo Inicio de semestre
04 de abril Introducción. Asistencia Obligatoria.
11 de abril Práctico 1: Digestión enzimática de proteínas.
18 de abril
25 de abril Práctico 2: Variación de la actividad enzimática según factores fisicoquímicos.
02 de mayo
09 de mayo Práctico 3: Extracción y purificación de ácidos nucleicos.
16 de mayo
23 de mayo Prueba de Ciclo 1
30 de mayo Práctico 4: Obtención de Biocidas de origen vegetal
06 de junio
13 de junio Práctico 5: Encapsulación de agentes biocidas en geles de alginato de calcio.
20 de junio
27 de junio Prueba de Ciclo 2
09 de julio
13 de julio Cierre de semestre
PRÁCTICO 1.
“Digestión enzimática de proteínas”
Introducción:
Las caseínas son los principales componentes proteicos de la leche, constituyendo el 80% del total
de las proteínas. Se definen como fosfoproteínas que precipitan a pH 4,6 a 20°C e incluyen cuatro tipos de
cadenas polipeptídicas αs1-caseína, αs2-caseína, βs1-caseína y k-caseína. Son proteínas complejas que gracias
a su diferente distribución de cargas e hidrofobicidad se asocian a sales inorgánicas, principalmente calcio y
fosfato, para formar agregados coloidales (micelas), que proporcionan a la leche su opalescencia
característica.
Las enzimas que hidrolizan enlaces peptídicos se denominan de manera general como peptidasas y
juegan un rol importante en muchos procesos biológicos tales como el recambio de proteínas, digestión y
defensa de patógenos. Estás pueden dividirse entre exo- y endopeptidasas. Las primeras pueden ser amino-
o carboxipeptidasas y liberan aminoácidos por la ruptura de los enlaces peptídicos a partir del final de la
cadena polipeptídica. Las endopeptidasas, rompen enlaces peptídicos en el interior de la cadena polipeptídica
y son clasificadas por en base al mecanismo catalítico en serinícas, cisteínicas, aspárticas y
metaloendopeptidasas.
La tripsina es una enzima endopeptidasa encontrada en el jugo pancreático que cataliza la hidrólisis
de enlaces peptídicos formados a partir de los grupos carboxilo de los aminoácidos L-arginina y L-lisina.
Los aminoácidos formados pueden determinarse mediante el número de grupos amino libres usando
titulación estándar luego de la reacción del formaldehído con el grupo amino de los aminoácidos
hidrolizados, que liberan iones H+ de acuerdo con la siguiente ecuación química:
A medida que se produce la reacción, la solución se hace más ácida y la cantidad de álcali requerido
para neutralizar este aumento de la acidez es una medida de los grupos amino libre formados en la hidrólisis.
Manual de Laboratorio. Edición 2019. 6
Facultad de Química y Biología
Laboratorio de Química Orgánica II
Ing. en Biotecnología.
Primer Semestre 2019
Procedimientos:
Se calientan 100 mL de leche líquida en un vaso de precipitados a 40 ºC, a los que se agregan, gota a
gota, 2 mL de una solución acuosa al 50 % de ácido acético. Se deja enfriar la mezcla y se filtra. El sólido
(caseína) se presiona para sacar el líquido, y se transfiere a otro vaso de precipitados. La solución, conocida
como suero, se desecha en esta oportunidad.
La caseína obtenida se lava dos veces con 15 mL de acetona cada vez; se filtra, se seca, y se pesa. Con
esta caseína se hará las reacciones frente a tripsina.
Reactivos:
- Caseína (1%, 0,8%, 0,6%, 0.05%).
- Tripsina 0,1%
- NaOH 0,1N
- Ácido acético
- Buffer de acetato de sodio (pH =8.5).
- Hielo.
- Formaldehído neutralizado al 40%.
- Fenolftaleina.
- Agua destilada.
- Solución de TCA
Procedimiento:
N x V (a.a) = N x V (NaOH)
• Graficar una curva estándar del título versus la concentración.
Bibliografía:
PRÁCTICO 2.
“Variación de la actividad enzimática según factores fisicoquímicos.”
Introducción:
La pepsina es una endoproteasa presente en el estómago, que cataliza la hidrólisis de los enlaces
peptídicos de los aminoácidos aromáticos fenilalanina, tirosina y triptófano.
La actividad enzimática está modulada por diversos factores tales como: pH, temperatura, cofactores,
concentraciones de sustrato y los productos finales, presencia de inhibidores, modulación alostérica,
activación por proteólisis, entre otros.
El pH afecta la carga de los grupos químicos ionizables (-COOH, -NH2, -SH, etc) de las cadenas
laterales de los aminoácidos. Dicha carga altera la conformación de la proteína de manera que existe un pH
en el cual la conformación será la más adecuada para la actividad catalítica. Pequeñas desviaciones del pH
pueden afectar drásticamente su actividad.
Por otro lado, la temperatura puede generar una desnaturalización térmica de la enzima,
disminuyendo la actividad catalítica de ésta. Por lo tanto, existe una temperatura óptima a la cual se favorece
la reacción, por sobre la cual se produce la degradación de la enzima.
Procedimiento:
• Se pone en agua caliente un huevo hasta que esté cocido. Seguidamente, se separa la clara de la
yema y la cáscara. La proteína adquirida se denomina albúmina.
• En una licuadora, se procesa la albúmina con 100 mL de agua hasta obtener una suspensión de
partículas blancas muy finas.
• La suspensión se filtra con gaza dos veces a fin de eliminar las partículas muy finas.
• El filtrado se diluye con agua destilada hasta generar 800 mL de agua.
Se preparará una solución “madre” al 1% m/v de pepsina. A partir de esta, se deben prepara las siguientes
diluciones:
• Solución 2:1 pepsina:agua, es decir 0,66% m/v de pepsina
• Solución 1:2 pepsina:agua, es decir 0,33% m/v de pepsina
Debido a que la enzima se “desactiva” a temperatura ambiente, esta se prepara el mismo día del
práctico y se guarda refrigerada y protegida de la luz mientras no se utilice.
• Con una pipeta graduada, agregue 1,5 mL de cada una de las soluciones de pepsina a los
correspondientes tubos: tubo 1 → 1,5 mL de pepsina 1%; tubo 2 → 1,5 mL de pepsina 0,66%;
tubo 3 →1,5 mL de pepsina 0,33%; tubo 4 → 1,5 mL de pepsina 0%.
• Homogenice los tubos con ayuda de una varilla de agitación (ojo, no mezcle las soluciones.
Para cada homogenización asegúrese de que la varilla esté limpia)
• Lleve los tubos a calentamiento en un baño maría a 40°C durante 5 min.
• Finalizado el tiempo de calentamiento, enfríe los tubos en un baño de hielo, manténgalos
allí durante 5 min.
• Mida la absorbancia de las muestras a 430 nm.
• Anote los datos obtenidos. Realice un gráfico de Abs v/s concentración de pepsina. Si la
concentración de un compuesto es proporcional a la absorbancia de este de acuerdo con la
ecuación 1 ¿Qué puede inferir de este experimento?
𝑨𝒃𝒔𝝀𝒏𝒎 = 𝒄 ∙ 𝜺 ∙ 𝒅 Ec.1
Bibliografía:
PRÁCTICO 3.
“Extracción y purificación de ácidos nucleicos”
Introducción:
La extracción y purificación de ADN y de ARN de una muestra celular se basa en el hecho de que los
iones salinos externos son atraídos hacia las cargas negativas de los ácidos nucleicos permitiendo la
disolución de éstos y su posterior extracción. Se empieza por triturar la fruta fría y extraer luego el ADN-ARN
para su separación y purificación. La extracción del ADN-ARN es por medio de la acción de un solvente como
el alcohol etílico.
Procedimiento:
- 30 mL de agua destilada.
- 0,4 g de cloruro de sodio.
- 1,25 g de bicarbonato sódico.
- 1,3 mL de dodecil benceno sulfonato de sodio, SDS) al 5%.
• Observar la interfase entre los dos líquidos por el aparecimiento de los ácidos nucleicos que se
extraen y precipitan en etanol.
• Con la ayuda de una brocheta de madera, levantar el ADN-ARN, y depositarlo en un tubo de
centrifugación, donde se lavará por 3 minutos para su purificación.
• Sacar por succión la solución de alcohol centrifugada, y dejar el sólido dentro del tubo de
centrifugación.
• Agregar 3-4 mL de alcohol frío para lavar el sólido de ADN-ARN, y volver a centrifugar por 2 minutos.
• Separación de ADN y de ARN puros: Los ácidos nucleicos ADN-ARN anteriormente purificados y
separados se tratan con un buffer de acetato de sodio-ácido acético, de pH 4,5 (buffer-2, de
purificación). Para esta separación se toma 10 mg de fenol, se saturan con 2 mL del buffer ácido,
y se agregan a la muestra de ADN-ARN. Se agita, y se espera 10 minutos. El ARN se disuelve en el
buffer ácido.
• Se separa la solución de ARN por succión, y se precipita el ARN de ella llevándola a pH 8 (con
bicarbonato de sodio), y agregando etanol frío, igual que en la extracción inicial de este experimento;
se seca, y se pesa.
• El ADN, remanente, que se encuentra en la fase fenólica se extrae con cloroformo, se concentra en
el evaporador rotatorio, y se pesa para conocer la cantidad de ADN puro, que se compara con la de
ARN obtenido antes.
Bibliografía:
EXPERIENCIA 4:
“Obtención de biocidas de origen vegetal”
Introducción:
Se conoce que los compuestos de nitrilo o cianuros orgánicos están ampliamente distribuidos en el
reino vegetal. El mayor grupo de compuestos nitrilos es el de los glicósidos cianogénicos, los cuales poseen
la siguiente estructura general, donde R y R’ son generalmente H o alquilo.
Son compuestos incoloros, solubles en agua y en alcohol, pero insolubles en solventes apolares.
Comúnmente se encuentran en semillas de especies de la familia de las Rosáceas, en particular en especies
del género Prunus, pero también en algunos tipos de legumbres y en distintos tipos de raíces. La abundancia
de estos compuestos en los tejidos vegetales disminuye conforme la planta alcanza la madurez.
La hidrólisis enzimática de este tipo de compuestos produce, en primera instancia otro grupo de compuestos
nitrilos conocido como cianhidrinas. Las cianhidrinas son compuestos orgánicos de fórmula general
R2C(OH)CN, donde R y R’ pueden ser H, alquilo o arilo y presentan actividad biocida.
La síntesis química de cianhidrinas conlleva una reacción que involucra el tratamiento de una cetona
o un aldehído con cianuro de hidrógeno (HCN), en presencia de cianuro de sodio o potasio, mientras que en
la célula todo esto sucede mediante una enzima.
Intermediario tetraédrico
El tipo de cianhidrinas más común en algunos tipos de frutos con carozo (almendras, nísperos,
damascos o duraznos) es el mandelonitrílo (proveniente de la amigdalina), cuya función es usarse como
método de defensa ante agentes externos (por ejemplo: microorganismos), ya que puede degradarse en
benzaldehído y cianuro (altamente tóxico) al hidrolizarse. La degradación de los compuestos se realiza
mediante acción enzimática de dos tipos de enzimas: Glucosidasas (catalizan la hidrólisis de los enlaces
glucosídicos) y la hidroxinitrilo liasa que cataliza la descomposición de la cianhidrina.
Procedimiento:
En este práctico ud trabajará con material vegetal que ha sido tratado previamente con hielo seco
durante al menos 5 horas. Para la extracción de los glicósidos cianogénicos proceda de la siguiente manera:
• Hacer un análisis de cromatografía en capa fina del extracto de hexano, del extracto etanólico y
del extracto de acetato de etilo obtenidos anteriormente, eluyendo con diclorometano y usando
mandelonitrilo como referencia. Luego observar la placa a la luz UV. Finalmente revelar con vapores
de yodo.
• Calcular el rendimiento a partir de la masa inicial de las semillas.
Test de vapores de Yodo sublimado (Este procedimiento se debe hacer con lentes y con guantes):
• En un frasco de vidrio colocar yodo sólido y calentarlo en un baño de agua (con la tapa cerrada)
hasta que se produzca una nube de vapores de yodo en el frasco, luego abrir el frasco y colocar el
cromatofolio (posteriormente cerrarlo). Dejar unos 40 segundos hasta que la placa comience a
adquirir un color café; esto ocurre porque el yodo es muy reactivo con el triple enlace del CN, lo
cual indica la presencia de cianhidrinas y/o compuestos que posean un grupo ciano (nitrilo).
• No botar las muestras, hay que conservarlas y rotularlas hasta el final de la experiencia.
• Masar los vasos o balones con los que se va a trabajar.
Sistema de Reflujo:
Columna de
Reflujo
Evaporador Rotatorio:
Rotador
Condensador
Válvula de
vacío Balón con la
muestra
Controlador de
temperatura
Precauciones:
Bibliografía:
6. http://www.magrama.gob.es/ministerio/pags/biblioteca/revistas/pdf_plagas%2FBSVP-16-02-499-
503.pdf
7. http://inta.gob.ar/documentos/reaccion-de-grignard-para-detectar-compuestos-del-acido-
cianidrico-en-
sorgo/at_multi_download/file/INTA_reaccion_de_grignard_para_detectar_acido_cianidrico_en_sorgo
pdf.pdf
8. http://www.arpapress.com/Volumes/Vol11Issue2/IJRRAS_11_2_20.pdf
9. http://www.academicjournals.org/article/article1380729035_Fowomola.pdf
10. https://www.uam.es/departamentos/medicina/farmacologia/especifica/ToxAlim/ToxAlim_L9.pdf
PRACTICO 5.
“Encapsulación de agentes biocidas en geles de alginato de calcio.”
Introducción
Un gel corresponde a un sistema coloidal donde la fase continua se encuentra en estado sólido, mientras
que la fase dispersa en estado líquido. Este tipo de estructura presenta una densidad similar a la de un líquido,
conservando una estructura similar a un sólido. Se pueden distinguir dos tipos de geles organogeles e
hidrogeles. Los hidrogeles son matrices poliméricas constituidas por polímeros solubles en agua que al
entrecruzarse se hacen insolubles. La utilización de productos naturales ha tomado un rol relevante en la
síntesis de hidrogeles, debido a que generalmente estos confieren propiedades de biodegradabilidad y
biocompatibilidad, dos propiedades fundamentales requeridas en las aplicaciones biofarmacéuticas.
El ácido algínico es un polisacárido sintetizado en la pared celular de las células de las algas pardas en
forma de sales de calcio y magnesio. Este polisacárido es un copolímero formado por dos ácidos urónicos, el
ácido β-D-manurónico (M) y el ácido α-L-gulurónico (G). En la figura 1 se representan ambos ácidos urónicos.
Figura 5.1.- Estructura química de los ácidos urónicos que componen el ácido algínico. (A) ácido β-D-manurónico, (B) ácido α-L-
gulurónico.
Una de las propiedades más interesantes del ácido algínico es su gelificación en presencia de cationes
divalentes, como el ion calcio. La formación de geles se encuentra relacionada con las diadas de ácido
gulurónico, las cuales son capaces de coordinar cationes divalentes mediante los electrones de los grupos
carboxilato, con la participación de los átomos de oxígeno de los grupos hidroxilo y del enlace glicosídico
(en la figura 2 se esquematiza la coordinación). La formación de estos puntos de unión conduce a la
separación de fase mediante la gelificación del polisacárido.
Ca2+
Figura 5.2.- Representación esquemática de la formación de puntos de unión entre distintas cadenas de ácido algínico a través de la
coordinación de ion calcio.
El ácido algínico es biocompatible, biodegradable, capaz de formar geles con elevadas capacidades de
hinchado, presenta sensibilidad frente a estímulos de pH y es un recurso natural encontrado en grandes
cantidades en las algas pardas, lo cual lo convierte en un componente de interés para la preparación de
hidrogeles con fines biomédicos.
Procedimiento:
Materiales
Para el práctico se utilizará alginato de sodio extraído del alga parda Desmarestia ligulata recolectada en
caleta Cocholgüe. Su peso molecular es 49.000 g/mol y se encuentra constituido por un 70% de ácido
gulurónico.
Procedimiento experimental
• Con ayuda de un gotario tome la solución y deposítela gota a gota en una solución de cloruro de
calcio 0,1 M. No agite la solución durante este procedimiento.
• Mantenga inmerso los geles esféricos obtenidos por 10 minutos en la solución de cloruro de calcio.
• Retire los geles con una espátula de manera cuidadosa y deposítelos en papel filtro para eliminar el
agua adsorbida.
• En el extremo de un tubo de vidrio (ver figura 3) deposite los geles utilizados como blanco (1).
Introduzca el insecto de estudio mediante el uso de pinzas, de modo que quede en el centro del
mismo. Ponga un algodón en los extremos para tapar las salidas.
• Observe que camino elige el insecto. Determine cuanto tiempo el insecto reside en cada uno de los
extremos mediante el uso de cronometro.
• Estime si el estímulo utilizado es repelente para el insecto en función de cuánto tiempo el insecto
permanece en la zona del estímulo.
• Repita la experiencia con el resto de los geles preparados.
• Estime cuál de las formulaciones fue la más eficiente como repelente o atrayente para los insectos.
Discuta en su informe cual es la conveniencia que se trate de un repelente o un atrayente a sabiendas
de que el compuesto encapsulado es un biocida.
Bibliografía:
1. Alginic acid: Chemical structure, uses and health benefits. Nova Publishers, New York, 2015.
Capítulo 3 y 7.
2. http://www.wiley-vch.de/books/biopoly/pdf_v06/bpol6008_215_224.pdf
3. http://web.udlap.mx/tsia/files/2013/12/TSIA-71-Avendano-Romero-et-al-2013.pdf