13 Aminoacidos y Proteinas 2010

Universidad de Santiago de Chile
Ingeniería de Ejecución Química

Q. Orgánica – Dr. N. Carrasco 2010
AMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS

Introducción
Los péptidos, las proteínas y los aminoácidos son compuestos orgánicos de origen natural, constituidos por C, H, O y N.
Las proteínas se presentan en los organismos vivos formando parte fundamental del tejido muscular, vasos sanguíneos,
órganos y glándulas. Además, junto a los péptidos cumplen una vasta variedad de funciones (ya sea en forma exclusiva
o asociados químicamente a otras moléculas) entre las que se puede nombrar: catálisis enzimática, mensajeros químicos
(hormonas), mecanismos de histocompatibilidad molecular (por ej. reconocimiento de tejidos propios o rechazo de
tejidos extraños). Los péptidos y las proteínas pueden descomponerse por hidrólisis en sus unidades funcionales básicas,
los aminoácidos.
Los aminoácidos son moléculas sencillas, con pesos moleculares por lo general < 200 que se denominan así porque
contienen grupos funcionales amino y ácido carboxílico en su estructura. Los aminoácidos esenciales, que son los que
forman las proteínas presentes en los animales superiores son 20 y se caracterizan porque el grupo amino está unido al
carbono adyacente al grupo ácido, por lo que se les conoce con α-aminoácidos. Para formar los péptidos y las proteínas,
los aminoácidos por medio de sus grupos terminales amino y ácido carboxílico para formar grupos amida que, en este
caso específico se conoce como enlace peptídico.
La tabla 1 muestra una comparación de algunas propiedades físicas de ácidos carboxílicos, aminas y aminoácidos de
peso molecular comparable
Tabla 1
CH3CH2CO2H CH3CH2CH2CH2NH2 H2NCH2CO2H
Nombre ácido propanoico butanamina glicina

Peso molecular, g/mol 74 73 75
Momento dipolar, Debye 1,7 1,4 14,0
Punto de fusión, ºC -21 -50 233(d)
Esta notable divergencia de las propiedades esperadas para una molécula que contiene dos grupos funcionales de
comportamiento conocido, se explican mejor si se tiene en cuenta que los aminoácidos tiene una estructura dipolar,
conocida como zwitterion, que es esencialmente una sal interna
Figura 1
CO2H CO2
C C
H H
R R
NH2 NH3
forma covalente sal interna o
indetectable zwitterion
Desde el punto de vista estereoquímico, 19 de los aminoácidos esenciales poseen al menos un átomo de carbono
asimétrico (la única excepción es la glicina), con la configuración que se muestra en la figura 2.
1
Figura 2 CO2 CO2 CO2
H3N H H3N H C
H
R
R R NH3
Proyección
de Fischer
Esto equivale a decir que al representarlos en proyección de Fischer, con el grupo ácido en la parte superior y el grupo R
en el extremo inferior, el grupo amino siempre estará en el lado izquierdo, En todos los casos, excepto en dos
aminoácidos con azufre, corresponde a la configuración S,
Propiedades ácido-base
En solución acuosa, todos los aminoácidos presentan un equilibrio ácido-base que deriva de las propiedades de los
grupos que lo constituyen. En virtud de este equilibrio un mismo aminoácido puede existir en forma ácida, forma neutra
o forma básica. La forma predominante depende del pH de la solución y de los valores de pKa de c/ u de los grupos con
actividad ácido-base, como lo muestra la figura 3 en el caso de la alanina.
Figura 3: Esquema de equilibrios ácido-base de un aminoácido en función de pH para la alanina
CO2H CO2 CO2

HO- HO-
C C C
H H3O+ H H3O+ CH3
H
CH3 CH3
NH3 NH3 NH2
H2A + HA A-
forma ácida forma neutra forma básica
predomina a pH < 2,0 pH = 3 - 9 pH > 11
El esquema de la figura 3 no debe confundirse con las ecuaciones de equilibrio ácido-base que están gobernadas por las
C N
correspondientes constantes de equilibrio K a y K a , según se muestra a continuación, partiendo desde el extremo
ácido, equilibrios que ocurren de manera secuencial.
CO2H CO2
Ecuación 1 C + H2O C + H3O
+ K aC = 4,57 ⋅ 10 −3
H H
CH3 CH3
NH3 NH3
CO2 CO2
+
Ecuación 2 C
H + H2O C
H
+ H3O K aN = 2,04 ⋅ 10 −10
CH3 CH3
NH3 NH2
La tabla 3 muestra las estructuras de los diversos aminoácidos en su forma predominante a pH neutro junto a los cuales
se dan los valores de los pKa correspondientes a la ionización de los grupos –CO2H (en rojo), –NH3+ (en azul) y al grupo
ácido presente en la cadena lateral –R (en verde).
Ejercicio
Escriba ecuaciones que describan los equilibrios ácido-base que ocurren al disolver en agua (a) cloruro de alaninio; (b)
alaninato de sodio y (c) alanina neutra (todas son sólidos iónicos).
2
Tabla 3: Clasificación y propiedades de los aminoácidos esenciales

Estructuraa Nombre pKb Otras propiedadesc
Glicina N = 9,60 I,H = 0,67; no hidrofílico
CO2 Gly C = 2,35 PM = 75,07
C G pI = 5,97 Abundancia molar = 7,5%
A H
H
NH3
Alanina N = 9,69 I,H, = 1,0; hidrofóbico
L CO2 Ala C = 2,34 PM = 89,09
C A pI = 6,01 Abundancia molar = 9,0%
H
CH3
I NH3
Valina N = 9,62 I,H, = 2,3; hidrofóbico

F CO2 Val C = 2,32 PM = 117,15
C V pI = 5,97 Abundancia molar = 6,9%
H
A (CH3)2CH
NH3
T Leucina N=9,60 I,H, = 2,2; hidrofóbico

CO2 Leu C=2,36 PM = 131,18
C L pI=5,98 Abundancia molar = 7,5%
I (CH3)2CHCH2
H
NH3
C Isoleucina N = 9,68 I,H, = 3,1; hidrofóbico

CO2 Ile C = 2,36 PM = 131,18
I pI = 6,02 Abundancia molar = 4,6%
O C
H
CH3CH2CH
NH3
S CH3
Prolina N = 10,96 I,H, = -0,29; no hidrofóbico

CO2 Pro C = 1,99 PM = 115,13
C P pI = 6,48 Abundancia molar = 4,6%
H
NH2
A CO2
Cisteína N = 10,28 I,H, = 0,17; no hidrofílico
Cys C = 1,96 PM = 103
Z C R = 8,18 Abundancia molar = 2,8%
C
U HS CH2
H pI = 5,07
NH3
F
R
A
Metionina N = 9,21 I,H, = 1,1; hidrofóbico
D CO2 Met C = 2,28 PM = 131
O C M pI = 5,74 Abundancia molar = 1,7%
H
S CH3S CH2
NH3
3
Fenilalanina N = 9,13 I,H, = 2,5; hidrofóbico

CO2 Phe C = 1,83 PM = 147
C F pI = 5,48 Abundancia molar = 3,5%
H Absorbe en el UV
CH2
NH3
O CO2
Tirosina N = 9,11 I,H, = 0,08; no hidrofílico
Tyr C = 2,20 PM = 163
C Y R = 10,07 Abundancia molar = 3,5%
M CH2
H pI = 5,66 Absorbe en el UV
NH3
T
OH
I
Triptofano N = 9,39 I,H, = 1,5; hidrofóbico
C CO2 Trp C = 2,38 PM = 186
C W pI = 5,89 Abundancia molar = 1,1%
H Absorbe en el UV
CH2
O NH3
S
N
H
Serina N = 9,15 I,H, = -1,1; hidrofílico

CO2 Ser C = 2,21 PM = 87
P S pI = 5,68 Abundancia molar = 7,1%
C
O HOCH2
H
NH3
L
Treonina N = 9,62 I,H, = -0,75; hidrofílico
A CO2 Thr C = 2,11 PM = 101
R C T pI = 5,87 Abundancia molar = 6,0%
H
CH3CH
E NH3
S OH
Asparagina N = 8,08 I,H, = -2,7; hidrofílico
CO2 Asn C = 2,02 PM = 114
N O
C N pI = 5,41 Abundancia molar = 4,4%
H
E H2NCCH2
NH3
4
U CO2
Glutamina N = 9,13 I,H, = -2,9; hidrofílico
Gln C = 2,17 PM = 128
T O
C Q pI = 5,65 Abundancia molar = 3,9%
R H2NCCH2CH2
H
NH3
O
S
Ác, Aspártico N = 9,60 I,H, = -3,0; hidrofílico
CO2 Asp C = 1,88 PM = 115
P D R = 3,65 Abundancia molar = 5,5%
C
O O2CCH2
H pI = 2,77 ácido
NH3
L
Ác, Glutámico N = 9,67 I,H, = -2,6; hidrofílico
A CO2 Glu C = 2,19 PM = 129
R C E R = 4,25 Abundancia molar = 62%
H pI = 3,22 ácido
O2CCH2CH2
E NH3
S H Histidina N = 9,17 I,H, = -1,7; hidrofílico
N His C = 1,82 PM = 137
CO2 H R = 6,00 Abundancia molar = 2,1%
pI = 7,59 básico
C
I N CH2
H
NH3
O
Lisina N = 8,95 I,H, = -4,6; hidrofílico
N CO2 Lys C = 2,18 PM = 128
I C K R = 10,53 Abundancia molar = 2,1%
H pI = 9,74 básico
C H3NCH2CH2CH2CH2
NH3
O Arginina N = 9,04 I,H, = -7,5; hidrofílico
CO2 Arg C = 2,17 PM = 156
S NH2
C R R = 12,48 Abundancia molar = 4,7%
H pI = 10,76 básico
H2NCNHCH2CH2CH2
NH3
a
Forma predominante a pH = 7;
b
valores de pKa de C = CO2H; N = NH3+ y R = grupo ácido o básico en grupo R; pI = punto isoeléctrico;
c
I.H., índice de hidrofobicidad; Abundancia molar: abundancia promedio en proteínas
El punto isoeléctrico (pI) representa el pH al cual la concentración de las formas básica y ácida es igual y el aminoácido
(o la proteína) presenta su menor solubilidad en agua. En aminoácidos con sólo dos equilibrios ácido-base, el valor de
pI se calcula como la semisuma de los 2 valores de pKa involucrados.
La figura 4 muestra una representación de la curva de titulación experimental obtenida al tratar 0,020 moles de cloruro
de alaninio con solución 1,0 M de NaOH y la concentración de cada especie en función del pH. Para efectos
estequiométricos, las ecuaciones 1 y 2 para la alanina pueden reescribirse en forma abreviada en la forma indicada por
las ecuaciones 1’ y 2’. Éstas destacan la capacidad de cada una de las formas del aminoácido de captar o ceder protones
en los correspondientes equilibrios ácido-base, sin detalles estructurales. En la figura de la izquierda, se muestra el
cambio de pH al iniciar el agregado de NaOH
+ +
Ecuación 1' H 2A + 2H O HA + 3H O sobre el ion alaninio (H2A+). La curva muestra
dos saltos de pH (aprox. a 20 y 40 mL) corres-
HA + H2O A -
+ H3O
+ pondientes a los puntos finales de neutralización
Ecuación 2'
del grupo –CO2H y –NH3+ respectivamente.
5
Figura 4: (a) Curva de neutralización de la alanina; (b) Variación de la concentración de las diversas especies en
equilibrio en función del pH.
Ejercicio
Escriba ecuaciones que ilustren los procesos ácido-base que experimenta (a) 1,00 g de alanina sólida al disolverse en
agua para preparar 1 L de solución; (b) 1,00 g de alaninato de sodio sólido al disolverse en agua para preparar 1 L de
solución. En cada caso, calcule el pH de la solución.
Al margen de las reacciones ácido-base descritas, un aminoácido puede dar reacciones propias del grupo amino (por
ejemplo alquilación y acilación) y el grupo ácido (por ejemplo esterificación.
Péptidos y Proteínas
Dos aminoácidos pueden unirse entre sí formando un enlace de amida, lo que da origen a dos péptidos posibles, como se
muestra en la figura 5. Como se puede observar, el dipéptido formado tiene un terminal carbonado (terminal-C) y un
terminal nitrogenado (terminal-N)
Figura 5: Dipéptidos de alanina y valina
terminal-N enlace peptídico terminal -C
O H CH3 H CH(CH3)2
O O O
H3N C C O H3N C C O
C NH C H3N C + H3N C
N C
C O C O C
H CH(CH3)2 O
H CH3 H O
H CH3 H CH(CH3)2
valilalanina alanina valina alanilvalina
El número de péptidos que pueden formarse a partir de unos pocos aminoácidos es enorme, lo que explica la infinita
diversidad de proteínas existentes en la naturaleza, formadas tan sólo a partir de 22 aminoácidos. A modo de ejemplo, la
vasopresina es un nonapéptido que regula la excreción de agua en el riñón y la presión arterial es uno de los 362.880
péptidos posibles, formados por sólo 9 aminoácidos, tomando en cuenta que éstos puedan unirse entre sí en cualquier
6
orden. La insulina es un péptido formado por 51 aminoácidos, cuya función principal es regular la concentración de
glucosa en la sangre y es uno entre la enorme cantidad de péptidos que se pueden formar con los mismos aminoácidos
que la constituyen. La figura 6 muestra una representación estructural de la vasopresina, junto a una representación
funcional usando abreviaturas para cada aminoácido (ver tabla 3).
Figura 6: Representaciones de vasopresina O NH2

C
H2C
CH2 O
O H2C C CH2 NH2
H C N C
C
O H2C NH2 H
O N O
O H CH2 O C H
C H terminal-C
H2N CH2 glicinamida
C C N C H
H C N C C N
H
O NH O H CH2
C
S S
C
CH2 NH H2C H
H H
C N C
O C C NH3
Gln Pro GlyNH2
H2C H O Asn Cys Arg
terminal-N
cisteína Phe Cys
Tyr
OH
Una característica de la vasopresina, común a muchos péptidos y proteínas, es la existencia de uniones S―S, entre dos
moléculas de cisteína. Esta unión se produce por oxidación de los grupos –SH de la cisteína (ver figura 7) y generan un
ciclo cuya consecuencia estructural es la formación de un pliegue en la cadena de aminoácidos del péptido.
Figura 7: Oxidación de cisteína a cistina

O O O O
H3N C C NH3 Oxidación H3N C C NH3
O O O O + H2
+
H H Reduccción H H
S S S S
H H
cisteína cisteína cistina
Otra modificación frecuente es la formación de un grupo amida en alguno de los grupos –COOH, ya sea del terminal-C
(como ocurre con la glicinamida en la vasopresina) o de alguno de estos grupos en la cadena lateral.
El ámbito de los péptidos es extraordinariamente variado y su tamaño, en términos de número de aminoácidos que los
constituyen, puede oscilar entre 8 hasta sobre 200, como se puede apreciar en la tabla 4 que presenta una lista de
péptidos que cumplen funciones de mensajeros químicos (hormonas) de importantes procesos fisiológicos en el
7
organismo humano. Las hormonas peptídicas son producidas por las glándulas endocrinas (páncreas, pituitaria, tiroides,
pineal y suprarrenal, entre otras) y por otros órganos (por ejemplo, estómago, hígado, intestinos, placenta o riñones). A
medida que aumenta el número de aminoácidos que los constituyen, la estructura de un péptido puede hacerse muy
compleja.
Tabla 4: Hormonas peptídicas importantes

Número de
Hormona Función
aminoácidos
Reduce la concentración de glucosa en la sangre, almacenándola en el hígado
Insulina 51
como glicógeno y/o convirtiéndola en depósitos grasos.
Aumenta la concentración de glucosa en la sangre. El ayuno aumenta la
Glucagón 29
producción de glucagón y reduce la concentración de insulina
Estimula la liberación de la hormona de crecimiento e incrementa la sensación
Grelina 28
de hambre.
Su presencia suprime la sensación de hambre. El ayuno disminuye la
Leptina 167
concentración de leptina.
Conocida por sus siglas en ingles (HGH, Human Growth Hormone), también
Hormona de llamada somatotropina, promueve la captación de aminoácidos por las células
191
crecimiento humano y regula el crecimiento. La concentración de la hormona de crecimiento
aumenta durante el ayuno.
Prolactina 198 Inicia y mantiene la lactancia en mamíferos
Hormona luteinizante 204 Induce la secreción de testosterona en el hombre y progesterona en la mujer
Hormona estimulante
204 Induce la secreción de testosterona y dihidrotestosterona
del folículo
Gonadotropina
237 Producida luego de la implantación del óvulo en la placenta
coriónica
Conocida por sus siglas en inglés TSH (Thyroid Stimulating Hormone).
Hormona estimulante
201 Estimula la secreción de las hormonas tiroídeas tetraiodotiroxina and
de la Tiroides
triiodotironina
Hormona Estimula la producción de corticosteroides producidos por la corteza
39
adrenocorticotrópica suprarrenal (cortisol y costicosterona)
Aumenta la velocidad de reabsorción de agua en los riñones (hormona
Vasopresina 9
antidiurética)
Estimula la producción de leche en las glándulas mamarias y la contracción de
Oxitocina 9
los músculos uterinos durante y después del parto.
Angiotensin II 8 Regula la presión sanguínea estimulando la vasoconstricción
Hormona paratiroide 84 Aumenta la concentración de ion calcio en fluidos extracelulares.
Regula la secreción de ácido gástrico y pepsina, una enzima digestiva
Gastrina 14
constituida por 326 aminoácidos
La complejidad de los péptidos no sólo se refiere al número de aminoácidos que los constituyen, sino, también al hecho
que estos puedan formar subestructuras cíclicas, presentar más de una cadena de aminoácidos y generar microentornos
locales de naturaleza lipofílica o hidrofílica, según los aminoácidos presentes en dicho microentorno. Ello ha dado
8
lugar a diversas formas de representarlos, en función del tipo de información que se desee destacar. La figura 8 muestra
3 formas de representar la insulina, según se quiera destacar simplemente la secuencia de aminoácidos, los pliegues de
las cadenas de aminoácidos o los ángulos de los enlaces entre los diversos átomos que la componen la molécula. Cabe
mencionar que la insulina humana es idéntica a la de cerdo, excepto que el último aminoácido de la cadena-B ésta es
alanina, en lugar de treonina en la hormona humana.
Figura 8: (a) secuencia de aminoácidos y puentes disulfuro
Cadena A (21 aminoácidos)
Cadena B (30 aminoácidos)
(b) Pliegues y ordenamiento espacial de las cadenas; (c) Modelo 3-D con entramado de enlaces y átomos
Reacciones de péptidos y proteínas

En primer lugar corresponde dar algunas orientaciones sobre el alcance de los términos péptido, polipéptido y proteína
que alude la literatura proveniente de los ámbitos de la biología, medicina, nutrición y química. Estos términos han sido
usados para describir cualitativamente cadenas constituidas por diversos aminoácidos de longitud variable de modo que,
por lo general, se reserva el término péptido a aquéllas de menos de unos 15 a 20 aminoácidos de longitud. Por su parte,
el término polipéptido suele aplicarse a cadenas de aminoácidos de longitud superior, existiendo ambigüedad en el uso
y superposición con el término proteína, al referirse a cadenas largas de aminoácidos. En todo caso, el término
proteína se aplica preferentemente a agregados de cadenas polipeptídicas que no están unidas entre sí por enlaces
covalentes, caso en que claramente no se usa el término polipéptido, que sí tendría aplicación al referirse a cualquiera de
las cadenas individuales que constituyen una proteína como la descrita.
9
Como corresponde a moléculas con múltiples grupos amida, los péptidos y las proteínas pueden sufrir hidrólisis,
generando fragmentos con grupos ácido carboxílico y amina (ver sección 3.2.2 en la unidad de ácidos carboxílicos). En
el caso de la hidrólisis ácida, la velocidad es función de la temperatura y la concentración de ácido y, por ejemplo, las
condiciones experimentales usadas más comúnmente implican calentar el polipéptido o proteína por 24 horas a 100ºC,
en solución acuosa de HCl 6 molar. Sin embargo, la hidrólisis produce la descomposición aminoácidos tales como
triptofano, cisterna y metionina, entre los más sensibles. Por esta razón, el tiempo de reacción y la temperatura de una
hidrólisis siguen protocolos en que estos son parámetros cuidadosamente definidos y controlados, a fin de obtener
resultados comparables.
Para fines de análisis se somete a hidrólisis una masa definida de proteína y la composición cuantitativa de la mezcla de
aminoácidos producto de la reacción puede obtenerse mediante un instrumento denominado analizador de aminoácidos.
El elemento responsable de la separación en este instrumento es una columna de intercambio iónico que se eluye con
una solución en la que se varía el pH a medida que progresa la separación, mediante el uso de tampones ácido-base. En
estas condiciones los aminoácidos se van separando a medida que la solución tamponada (cuyo pH se hace variar a
medida que transcurre la separación) los arrastra a través de la columna. A medida que salen de la columna, cada
aminoácido reacciona con ninhidrina, generando un compuesto coloreado que es detectado monitoreando la absorbancia
a 440 nm (prolina) y 570 nm (para el resto de los aminoácidos). La figura 9 muestra un cromatograma de la separación
aminoácidos en un analizador Hitachi, incluyendo algunos utilizados para detectar enfermedades metabólicas y la
reacción con ninhidrina utilizada para su detección.
Figura 9 (a) Separación cromato-

gráfica de 53 aminoácidos en un
fluido biológico, incluyendo
Intensidad de señal (mV)
aminoácidos usados para detectar

enfermedades metabólicas
Tiempo (min)
Figura 9 (b) Reacción post-columna de un aminoácido con ninhidrina para dar un colorante
O O O
OH ebullición
2 + RCHCO2 N + RCHO + CO2
OH 1-2 min
NH3
O O O
ninhidrina amninoácido azul de Ruhemann (azul-violeta)
El proceso completo es ilustrado en la figura 10 que muestra la separación cromatográfica de una mezcla de
aminoácidos obtenida, por ejemplo, por hidrólisis de un péptido. En la separación cromatográfica una fase móvil
10
constituida por una mezcla de soluciones tampón de diferentes pH, arrastran la mezcla de aminoácidos introducidos en
la columna (la fase estacionaria) de intercambio iónico a través del inyector. La bomba es parte fundamental cuya
tecnología le permite variar la composición en que se mezclan las soluciones tampón y programar esta variación en
función del tiempo.
Figura 10 Esquema modular de la separación cromatográfica de aminoácidos
Bomba Inyector
Buffer A
Buffer B
Buffer C
Columna termostatizada
Ninhidrina
tiempo (min.)
CROMATOGRAMA
Reactor
Determinación de la estructura de un péptido

A diferencia de moléculas sencillas, la caracterización de la estructura de macromoléculas tales como un péptido o un
polisacárido es muy compleja y por ello se acostumbra a especificar en varios niveles de definición. De esta manera se
habla de la estructura primaria, secundaria, terciaria o cuaternaria de un péptido o proteína.
La estructura primaria de una proteína simplemente establece qué aminoácidos la constituyen y en qué secuencia están
unidos entre ellos. Para ello se requiere un método químico que permita determinar cuál es el aminoácido terminal, así
como métodos selectivos que permitan hidrolizar el péptido en sitios específicos, sin afectar el resto de éste. Entre los
métodos desarrollados se encuentra la degradación de Edman, que permite identificar al aminoácido del terminal-N y
marcarlo químicamente. La figura 11 muestra las reacciones involucradas en este proceso.
Figura 11: Degradación de Edman
C6H5 H O R2 H H O
O R2 H H O HO-
HN N C C N C
N + H2N C C N C C C N C C Péptido
C N C C Péptido
C S H R1 H O R3 H
H R1 H O R3 H
S
H3O+
aminoácido 1 aminoácido 2 aminoácido 3 C6H5
N S
C R2 H H O
O C +
NH C N C
C H2N C C Péptido
R1 H O R3 H
11
La degradación de Edman permite realizar este proceso en forma automática, hidrolizando en condiciones suaves el
enlace entre el derivado del aminoácido terminal en medio ácido, sin hidrolizar el resto de los enlaces peptídicos. Este
ciclo se puede repetir y, de este modo, obtener la secuencia de péptidos o fragmentos de proteínas de 20-30 aminoácidos.
Para péptidos de mayor peso molecular es necesario hidrolizarlos en forma selectiva mediante el uso de enzimas que
realizan la hidrólisis en la unión de aminoácidos específicos con el resto del péptido. La tabla 5 da algunos ejemplos de
estas enzimas.
Tabla 5: Enzimas que hidrolizan péptidos selectivamente
Enzima Peso molecular Aminoácido Extremo en
(Dalton) que actúa
tripsina 24.000 Arg y Lys terminal-C
α-quimotripsina 21.600 Phe, Trp y Tyr terminal-C
pepsina 34.100 Phe, Trp y Tyr terminal-N
termolisina 34.600 Val, Leu, Ile y Phe terminal-N
Estas enzimas permiten hidrolizar el péptido en fragmentos más pequeños, susceptibles de ser secuenciados usando la
degradación de Edman, para finalmente armar la estructura primaria uniendo los fragmentos secuenciados, en base a las
evidencias reunidas.
La estructura secundaria se refiere a la forma en que se dispone en el espacio la cadena de aminoácidos a la de

existencia de los puentes hidrógeno que sustentan esta estructura. Una de las estructuras secundarias estudiadas es la
llamada hélice α que muestra la figura 12.
Figura 12: Estructura

secundaria de proteínas
en forma de hélice α
12
En esta figura se describen dos representaciones de la cadena de aminoácidos que se enrosca en la forma de un resorte,
con una distancia de 5,4 Å por vuelta. La arquitectura de la hélice está sustentada por múltiples puentes hidrógeno entre
los átomos de hidrógeno de grupos N-H de amida (donante) de un aminoácido dado y el grupo C=O de otro aminoácido
ubicado frente al primero en la rosca de la hélice α.
Otra de las estructuras secundarias de proteínas encontradas es la láminaβ que muestra la figura 13. En ella se describen
dos representaciones de las cadenas de aminoácidos, las cuales se ubican paralelamente, manteniéndose unidas mediante
puentes hidrógeno de manera análoga a como ocurre en la hélice α.
Figura 13. Estructura secundaria de proteínas en láminas β
La definición de la estructura de una proteína admite niveles más elaborados de descripción. De este modo, la presencia
de ciertos aminoácidos da lugar a quiebres en la dirección de la hélice α o la lámina β. Por ejemplo, la formación de
puentes disulfuro (S-S) entre dos moléculas de cisteína cercanas cambian la dirección en que se orienta la cadena de
aminoácidos. Algo similar ocurre con la prolina, único aminoácido que presenta un átomo de nitrógeno secundario y
que al formar parte de un péptido pierde el átomo de hidrógeno unido al nitrógeno y, con ello, la posibilidad de
participar en un puente hidrógeno que es lo que da sustento a este tipo de estructuras. La descripción de los quiebres y
pliegues en la cadena de aminoácidos y los aminoácidos que los producen forma parte de la estructura terciaria de una
proteína. Además, es bastante común en macromoléculas (moléculas de alto peso molecular tales como polisacáridos,
13
polímeros naturales y sintéticos, entre otros) una misma proteína puede presentar diferente ordenamiento espacial en
distintas zonas de la cadena de aminoácidos. Es decir, una podría presentar zonas en que el ordenamiento corresponde a
una hélice α, otras con una disposición en láminas β, intermediadas por zonas sin un ordenamiento específico, todo lo
cual corresponde a la descripción de la estructura terciaria.
La estructura cuaternaria de una proteína contempla la descripción de la asociación de cadenas proteicas diversas, para
formar dímeros, trímeros o agregados más complejos que se denominan proteínas conjugadas. También es posible
encontrar cadenas peptídicas asociadas con grupos o estructuras químicas distintas de una proteína, denominados grupos
prostéticos. De este modo, se describen lipoproteínas, en ésta se encuentran asociadas, por ejemplo, con ácidos grasos,
como es el caso de las lipoproteínas de alta densidad (HDL, por High Density Lipoprotein) y de baja densidad (LDL, por
Low Density Lipoprotein) informadas en los exámenes clínicos de perfil lipídico. También existen glicoproteínas en
que la proteína se encuentra asociada a carbohidratos, como es el caso del colágeno, una familia de glicoproteínas
organizadas en la forma de triple hélices que están presentes en cartílagos, piel y pared de vasos sanguíneos, entre otras
estructuras biológicas. También se pueden citar la mioglobina (presente en músculos) y la hemoglobina (presente en la
sangre) como ejemplos de proteínas con el grupo prostético Heme (ver figura 14) que es un complejo de Fe (II)
responsable de coordinar oxígeno molecular (la 5ª y 6ª posición de coordinación están por encima y por debajo del plano
formado por los átomos de nitrógeno y el fierro) e intercambiarlo con dióxido de carbono en los pulmones y tejidos.
Figura 14: Grupo prostético Heme (a) estructura química; (b) localización esquemática en la mioglobina
(a) (b)
Desnaturalización de proteínas
La compleja estructura de las proteínas es posible por la existencia de una serie de fuerzas de atracción de intensidad
media, pero, ciertamente más débiles que un enlace químico. Diversos agentes externos pueden perturbar, desarmar
temporalmente o destruir irreversiblemente las estructuras secundaria, terciaria o cuaternaria de ellas. En condiciones
extremas, la hidrólisis exhaustiva la reducirá a una mezcla de los aminoácidos constituyentes. Un ejemplo casero de la
desnaturalización de la albúmina (proteína que constituye la clara del huevo) se produce al calentarla para preparar el
típico “huevo duro”. La ruptura de múltiples puentes hidrógeno cambia las propiedades originales entre las que se
encuentran las propiedades viscoelásticas y ópticas de la albúmina (un líquido transparente y viscoso) , convirtiéndola en
un producto opaco y coagulado. Otro ejemplo se puede observar al batir la clara de huevo para formar un “merengue”.
Además del calor, otros agentes que producen desnaturalización de proteínas son los ácidos y bases fuertes, algunos
14
solventes y compuestos orgánicos (por ej. etanol y urea), que compiten por la formación de puentes hidrógeno,
contribuyendo a desarmar la estructura de puentes hidrógeno que sostiene la estructura secundaria de la proteína.
Referencias
http://www.haverford.edu/chem/Scarrow/GenChem/acidbase/polyprotic/alanine_titration.html
http://cti.itc.virginia.edu/~cmg/Demo/titr.html
http://whqlibdoc.who.int/trs/WHO_TRS_935_eng.pdf
http://www.fao.org/docrep/005/ac854t/AC854T00.htm#TOC2
http://www.scientificpsychic.com/fitness/aminoacids1.html
http://en.wikipedia.org/wiki/Peptide
http://www.cem.msu.edu/~reusch/VirtualText/protein2.htm#aacd1
http://www.chem.ucalgary.ca/courses/351/Carey5th/Ch27/ch27-0.html
http://www.uhu.es/08007/documentos%20de%20texto/apuntes/2005/pdf/Tema_04_aminoacidos.pdf
15
Problemas propuestos
1. Los aminoácidos son descritos habitualmente mediante estructuras iónicas denominadas “zwitterion” o sal interna.
Dé dos evidencias que apoyen la hipótesis que esta representación para la alanina es más apropiada que una
representación que incluya grupos amino (-NH2) y ác. carboxílico (-COOH) unidos al carbono quiral.
2. Escriba representaciones de Fischer, y una representación tridimensional de la L-cisterna, L-metionina y L-prolina

y, al respecto: (a) señale las diferencias entre los grupos amino de estos aminoácidos; (b) Asigne configuración al
centro quiral en c/u de ellos.
3. Los aminoácidos poseen propiedades ácido-base que pueden racionalizarse en la forma de varias ecuaciones de
equilibrio iónico secuenciales. Considerando los aminoácidos L-cisteína, L-tirosina, ác. L-aspártico, L-lisina, L-
arginina y L-histidina. Complemente sus cálculos usando el archivo curtipot.xls, que encontrará en el curso virtual.
(a) Escriba ecuaciones que describan secuencialmente los equilibrios ácido-base para cada aminoácido, usando
fórmulas estructurales 3-D y señalando la Ka asociada a cada ecuación.
(b) Calcule que % de cada forma de cada aminoácido se encuentra presente en el equilibrio a pH 3,5 y a pH 8,7.
(c) Defina qué es el punto isoeléctrico y calcule el valor para c/u de estos compuestos
(d) Indique qué grupo funcional es responsable de la propiedad ácido-base en cada equilibrio.
4. Un tambor de 500 L está lleno en un 80% con una solución acuosa que contiene 5,5 kg de L-triptofano. Calcule el
pH y la concentración de cada especie presente en el equilibrio. Explique si debe o no considerar la ionización del
grupo amino del anillo. Justifique su respuesta.
5. Busque en tablas el valor de pKa de la alanina y del ácido propanoico. Justifique la diferencia en términos de
efectos estructurales.
6. Dé estructuras para el producto de las siguientes reacciones:

(a) L-fenilalanina + etanol (HCl cat.) →
(b) isoleucina + anhídrido acético →
(c) L-tirosina + iodometano (en NaOH) →
7. Defina y caracterice los siguientes conceptos, indicando a qué se les aplica:

(a) enlace peptídico
(b) estructura primaria
(c) desnaturalización
(d) estructura terciaria
(e) hélice-α
8. Los péptidos bradiquinina, oxitocina y vasopresina son péptidos constituidos por a lo más 10 aminoácidos. Al
respecto:
(a) Busque su estructura en literatura o la Internet y escriba una representación de ellos utilizando las abreviaturas
asociadas a cada aminoácido
(b) Haga una representación estructural de los mismos, señalando cada estructura el enlace peptídico, el terminal-C
y el terminal-N
(c) Escriba una ecuación que describa lo que ocurre cuando se calienta a reflujo la oxiticina con HCl acuoso 6 M por
24 horas.
(d) Dé los productos esperados al tratar separadamente bradiquinina con tripsina, con quimotripsina y con
carboxipeptidasa.
16
9. Dé 2 ejemplos de proteínas globulares y proteínas fibrosas y busque una descripción estructural gráfica en la
Internet. En cada caso señale su función, ubicación en organismos vivos.
10. Busque información y caracterice según los criterios del problema anterior las siguientes proteínas.
(a) Fibroína
(b) veneno de cobra
(c) lisozima
(d) tropomiosina
(e) keratina
17

13 Aminoacidos y Proteinas 2010

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Universidad de Santiago de Chile

Ingeniería de Ejecución Química

AMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS

Nombre ácido propanoico butanamina glicina

Figura 2 CO2 CO2 CO2

Figura 3: Esquema de equilibrios ácido-base de un aminoácido en función de pH para la alanina

CO2H CO2 CO2

Tabla 3: Clasificación y propiedades de los aminoácidos esenciales

Valina N = 9,62 I,H, = 2,3; hidrofóbico

T Leucina N=9,60 I,H, = 2,2; hidrofóbico

C Isoleucina N = 9,68 I,H, = 3,1; hidrofóbico

Prolina N = 10,96 I,H, = -0,29; no hidrofóbico

Fenilalanina N = 9,13 I,H, = 2,5; hidrofóbico

Serina N = 9,15 I,H, = -1,1; hidrofílico

Figura 5: Dipéptidos de alanina y valina

terminal-N enlace peptídico terminal -C

Figura 6: Representaciones de vasopresina O NH2

Figura 7: Oxidación de cisteína a cistina

Tabla 4: Hormonas peptídicas importantes

Figura 8: (a) secuencia de aminoácidos y puentes disulfuro

Cadena A (21 aminoácidos)

Cadena B (30 aminoácidos)

Reacciones de péptidos y proteínas

Figura 9 (a) Separación cromato-

aminoácidos usados para detectar

Figura 10 Esquema modular de la separación cromatográfica de aminoácidos

Determinación de la estructura de un péptido

Figura 11: Degradación de Edman

La estructura secundaria se refiere a la forma en que se dispone en el espacio la cadena de aminoácidos a la de

Figura 12: Estructura

Figura 13. Estructura secundaria de proteínas en láminas β

2. Escriba representaciones de Fischer, y una representación tridimensional de la L-cisterna, L-metionina y L-prolina

6. Dé estructuras para el producto de las siguientes reacciones:

7. Defina y caracterice los siguientes conceptos, indicando a qué se les aplica:

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