Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola.

Captulo 3

3. Actividad microbiana
3.1. Suelo
El medio donde se desarrollan los microrganismos telricos est dividido en una multitud de microambientes donde las condiciones pueden ser muy diferentes unas de otras, confirindole una microheterogeneidad inusual. El soporte orgnico y mineral no es inerte y los diversos procesos fsicos, qumicos y biolgicos que ocurren en el suelo estn ntimamente intrincados. La energa necesaria para el desarrollo de los microorganismos hetertrofos, que son la mayora de las micropoblaciones del suelo, proviene indirectamente de la fotosntesis. Hay tambin una microfauna que a veces interviene activamente al lado de la microbiota (1). El suelo est formado por cinco componentes principales: materia mineral, agua, aire, materia orgnica y seres vivos. La cantidad de estos constituyentes no es la misma en todos los suelos. El aire y el agua juntos representan aproximadamente la mitad del volumen del suelo. El agua que se mueve por la gravedad se encuentra en los poros ms grandes del suelo, que frecuentemente estn llenos de aire. Parte del agua es retenida por interacciones con otros constituyentes del suelo y slo una fraccin de sta es aprovechable por los organismos vivos. La aireacin y la humedad estn directamente relacionados ya que los poros que no contienen agua estn llenos de gas. La atmsfera subterrnea es diferente de la superficial porque contiene generalmente de diez a cien veces ms CO2, y menos O2, debido a la actividad biolgica (2). Un corte vertical del suelo revela un perfil definido por capas horizontales: O) una mantillo superficial, delgado o grueso, de restos orgnicos en descomposicin; A) un horizonte del cual han desaparecido algunos constituyentes inorgnicos durante el largo perodo de formacin del suelo pero ms o menos rico en materia orgnica, que contiene races, pequeos animales y la mayora de los microorganismos; B) otro horizonte en el cual se depositan algunos constituyentes provenientes de las capas superiores, que contiene poca materia orgnica, algunas races y escasos microorganismos; C) un estrato de composicin semejante al material original del cual se origin el suelo, donde hay pocas formas de vida (3). Distribucin de los microorganismos en un suelo expresado como miles por gramo (3) Profundidad Bacterias Bacterias Actinomicetos Hongos Algas cm aerobias anaerobias 3-8 7.800 1.950 2.080 119 25 20-25 1.800 379 245 50 5 35-40 472 98 49 14 0,5 65-75 10 1 5 6 0,1 135-145 1 0,4 ... 3 ... Los microorganismos no e stn distribudos regularmente en el suelo pues hay un mosaico discontnuo de microambientes, aqullos favorables para el desarrollo microbiano se caracterizan por su limitada extensin en el tiempo y en el espacio. La dispersin de los microorganismos, con excepcin de los fotosintetizantes, sigue la distribucin vertical de los nutrientes pero es alterada por varios factores: la

Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 composicin de la atmsfera del suelo, el pH, la humedad, la cantidad de minerales asimilables, la presencia de substancias antimicrobianas (1). Tipos de bacterias del suelo (3) Gram-negativas Gram-positivas formadoras de endosporos Gram-positivas no formadoras de endosporos Actinomicetos Pleomrficas 19 24% 12 18 % 2 6% 11 25 % 36 46 %

La figura 1 muestra los principales tipos de distribucin de las bacterias en un suelo. En la curva ms frecuente, de tipo decreciente, la densidad microbiana que alcanz un mximo muy cerca de la superficie disminuye progresivamente con la profundidad. La reduccin en los primeros centmetros de suelo se debe a la luz solar y la desecacin. En la curva de tipo convexo, la densidad microbiana aumenta en un horizonte intermedio, por ejemplo en el caso de ciertos suelos forestales donde el mantillo aporta substancias inhibidoras de Azotobacter y otras bacterias que no son biodegradadas rpidamente en el horizonte superior. La curva de tipo cncavo muestra que la densidad microbiana en el horizonte intermedio es menor que en la superficie y la profundidad, esto ocurre cuando se acumulan compuestos inhibitorios, vegetales o producidos por microorganismos, mientras que la estimulacin de la profundidad suele deberse a un aumento del pH por la proximidad del material calcreo de base (1). La distribucin microbiana horizontal est ligada a la macroheterogeneidad del suelo y puede ser debida a la induccin de la vegetacin que modifica el ambiente superficial a la vez que por el efecto de las races. La figura 2 muestra la heterogeneidad del pH debida a la acidificacin por el mantillo de Pinus . Las interacciones entre los vegetales y los microorganismos del suelo se manifiesta de modo especial en zona que est en contacto con las races o rizsfera. La microbiota es modificada por la estimulacin, en algunos casos inhibicin, debida a los exudados radicales y los restos tisulares. No solamente la intensidad del efecto rizosfrico sino tambin la intensidad de la colonizacin del rizoplano, vara en las diferentes partes de un mismo sistema radical (2). Cada especie o variedad de planta induce un efecto rizosfrico caracterstico., pero cuando las races envejecen desaparece progresivamente este efecto dando lugar a la proliferacin de los microorganismos que

Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 intervienen en la descomposicin de los tejidos vegetales muertos (2). Efecto rizosfrico del trigo sobre varios grupos microbianos (1) Densidad fuera de Densidad en la rizsfera (S)* la rizsfera (R)* Bacterias totales 52.700.000 1.121.000.000 Hongos 120.000 1.160.000 Protozoos 990 2.400 Algas y cianobacterias 26.900 4.500 Bacterias nitrificantes 100.000 100.000 Bacterias esporuladas 575.000 927.000 Bacterias celulolticas aerobias 2.700 720.000 Bacterias celulolticas anaerobias 120.000 409.000 Otras bacterias anaerobias 33.000 389.000 Bacterias amonificantes 1.800.000 >100.000.000 Bacterias desnitrifiantes 140.000 12.650.000 * unidades formadoras de colonias (o nmero de individuos) por gramo de suelo Grupo

R/S 21,3 9,7 2,4 0,17 1,0 1,6 267 3,4 11,8 > 50 90,4

Los factores ecolgicos fsicos (humedad, temperatura, luz) actan directamente sobre la microbiota rizosfrica o indirectamente por intermedio de la planta modificando la calidad y cantidad de los exudados radicales. La elevacin de la humedad del suelo por sobre un cierto nivel puede modificar considerablemente el equilibrio microbiano (2). Variacin de la poblacin fngica, en miles por gramo, a diferentes niveles de humedad (3) Humedad promedio Total Hifas Esporas Esporas como del suelo % % del total 8,9 99 60 39 39,4 11,2 89 57 32 36,0 18,5 142 113 29 20,5 24,2 149 133 16 10,7 27,1 173 153 20 11,5

Influencia del anegamiento sobre la densidad, en miles por gramo, de diferentes grupos microbianos en la risfera de maz cultivado en un suelo salino (1) Suelo a la capacidad de campo Suelo anegado Grupos Densidad en Densidad R/S Densidad en Densidad R/S microbianos la rizsfera fuera de la la rizsfera fuera de la (R) rizsfera (S) (R) rizsfera Sulfatoreductores 44 17 2,6 550 11 50 Azotobacter 0,8 0,8 1,0 6 1 6 Amonificantes 4.200 15 280 22.000 4.500 5 La temperatura acta directamente sobre los microorganismos del suelo no rizosfrico como se observa en el cuadro siguiente, pero tambin indirectamente controlando los exudados radicales correspondientes a las temperaturas ptimas de crecimiento de las plantas consideradas, 30-32C para soja y 13-16C para trigo (1).

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Influencia de la temperatura sobre la densidad microbiana, en millones por gramo, en la rizsfera y el rizoplano de trigo y soja (1) C Suelo no Rizosfera R/S Rizoplano Rizsfera R/S Rizoplano rizosfrico de trigo trigo de trigo de soja soja de soja 30-32 167 266 1,6 147 3.570 21,4 138 21-24 120 710 5,9 150 230 1,9 62 13-16 78 1.165 14,9 308 186 2,4 28

3.2. Metabolismo
La energa requerida para el mantenimiento de la vida y para la sntesis de los componentes celulares es obtenida por la transformacin ordenada de las substancias que ingresaron a la clula. stas son modificadas por una serie de reacciones enzimticas sucesivas, a travs de rutas metablicas especficas. Las vas metablicas tienen las funciones de proveer los precursores para los componentes celulares y obtener energa para los procesos de sntesis y otros que requieran energa. Primero, los nutrientes son rotos en pequeos fragmentos durante el catabolismo y luego convertidos por las reacciones del metabolismo intermediario en cidos orgnicos y steres de fosfato. La mayora de los compuestos de bajo peso molecular que representan las unidades para sintetizar la clula, son aminocidos, bases pricas y pirimidnicas, fosfatos de azcares, cidos orgnicos y otros metabolitos, algunos producidos al final de largas cadenas de reacciones. Estas substancias sirven para la sntesis de las macromolculas (cidos nucleicos, protenas, materiales de reserva, constituyentes de la pared celular) durante el anabolismo (6). La figura 3 representa las vas metablicas de organismos que respiran aerbicamente.

3.3. Degradacin de biopolmeros

Los carbohidratos son los productos predominantes de la fotosntesis vegetal y son, tambin, los principales nutrientes de la mayora de los microorganismos en los ambientes naturales. Las macromolculas son comnmente degradadas fuera de las clulas a unidades mono o dimricas por la accin de exoenzimas y esos productos son absorbidos por las mismas.

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La mayor parte de la biomasa es descompuesta aerbicamente por pro y eucariotas, predominando estos ltimos en la red de alimentacin. Tambin participan en esta red los invertebrados tales como gusanos, moluscos, insectos y sus larvas. Por otra parte, los microorganismos siempre participan en la digestin de los nutrientes en el tracto intestinal de los animales, e inclusive en la degradacin de substancias fibrosas, tales como lignocelulosa y celulosa que constituyen ms de la mitad de la biomasa vegetal. Esta actividad ocurre bajo condiciones anaerbicas. Otros ecosistemas anxicos son los sedimentos de aguas estancadas, los campos de arroz, las cinagas, los suelos inundados, los depsitos de deshechos y los silos (5). Los carbohidratos constituyen el 5 a 25% de la materia orgnica del suelo. Los restos vegetales contribuyen en forma de azcares simples, hemicelulosas y celulosa, los que son descompuestos en distinto grado por bacterias, actinomicetos y hongos. Estos organismos a su vez sintetizan sus polisacridos y otros carbohidratos que constituyen la mayor parte de los glcidos hallados en el suelo (5). Las protenas son las molculas orgnicas ms abundantes en el interior de las clulas y constituyen ms del 50% de su peso seco. Los polinucletidos forman parte del ncleo celular y del citoplasma. Los diversos lpidos estn en las membranas citoplasmticas, las paredes celulares y los materiales de reserva de vegetales y microorganismos. Los polmeros son degradados mediante enzimas extracelulares que producen mono y oligmeros convenientes para la nutricin microbiana (6). Los xenobiticos son substancias sintetizadas qumicamente que no se encuentran en la naturaleza. Muchos son agregados voluntariamente al suelo. Entre los

Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 polmeros xenobiticos se encuentran polietileno y polipropileno que son prcticamente no-degradables. La composicin de la biomasa del suelo aproximadamente est representada por la figura 4. La figura 5 muestra el curso de la descomposicin de la materia orgnica en el suelo.

3.3.1. Degradacin de la celulosa

La celulosa es el componente bsico de los vegetales y consta de unidades de -Dglucopiranosa reunidas por enlaces 1,4-glicosdicos. La molcula de celulosa tiene regiones cristalinas alternadas con zonas amorfas. La insolubilidad de la celulosa y su alta resistencia mecnica se debe a la presencia de puentes hidrgeno inter e intramoleculares y a fuerzas de Van der Waals (4). Los aportes de celulosa al suelo varan mucho con la regin, el clima y los cultivos (3). La celulolisis es catalizada por un sistema constitudo por tres enzimas: endo--1,4-glucanasa que ataca los enlaces -1,4 en las regiones amorfas internas de la macromolcula dando largos fragmentos solubles (oligosacridos), exo--1,4-glucanasa que separa el disacrido celobiosa desde los extremos de la molcula, -glucosidasa que hidroliza la celobiosa con formacin de glucosa (8). La hidrlisis de la celulosa intacta se cumple mejor cuando estas tres enzimas operan al unsono, como ocurre en el celulosoma de Clostridium thermocellum que se encuentra entre la clula y el substrato al cual hidroliza. El celulosoma est constitudo por nueve sitios polipeptdicos de adhesin a la molcula de celulosa, unidos a segmentos duplicados que a su vez se unen a otro polipptido sobresaliente de la capa S en la pared celular (7). En los suelos bien aireados la celulosa es degradada y utilizada por varios microorganismos aerobios (hongos, mixobacterias y otras eubacterias). En el rumen, bajo condiciones anaerbicas, la celulosa es atacada por bacterias y unos pocos hongos anaerbicos del grupo Chytridiomycetes (4). Los hongos tienen ms xito que las bacterias durante la celulolisis en los suelos cidos o en la madera (lignocelulosa). Excretan celulasas que pueden ser aisladas del medio de cultivo as como del micelio. Las bacterias deslizantes y las mixobacterias no excretan celulasas al medio, pero se adhieren a las fibras de celulosa para digerirlas. En los ambientes anaerbicos la celulosa es degradada por eubacterias meso y termoflicas, por ejemplo Clostridium thermocellum. Esta bacteria crece en un medio mineral con celulosa pero no con glucosa. La digestin de la celulosa por diversas bacterias est acompaada de la secrecin de una substancia carotenoide amarilla que sirve como indicador de la hidrlisis. En el rumen, el 90% de la celulosa es metabolizada, siendo el sistema natural ms eficiente (4). En la figura 6 se muestra un esquema de la celulosa y las microfibrillas.

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Los principales factores ambientales que afectan la descomposicin de la celulosa en el suelo son el nivel de nitrgeno disponible, la temperatura, la aireacin, la humedad, el pH, la presencia de otros glcidos y la proporcin de lignina en los restos vegetales (3). Algunos microorganismos que digieren celulosa (4, 7) Organismos eucariticos Quitridiomicetos Hongos mitospricos Ascomicetos Basidiomicetos Neocallimastix Aspergillus Chaetomium Coprinus Orpinomyces Botrytis Fomes Piromonas Fusarium Pleurotus Sphaeromonas Humicola Polyporus Myrothecium Trametes Trichoderma Rhizoctonia Organismos procariticos Mixobacterias Bacterias Bacterias Bacterias Actinomicetos deslizantes aerobias anaerobias Archangium Cytophaga Cellulomonas Bacteroides Micromonospora Polyangium Sporocytophaga Pseudomonas Butyrivibrio Streptomyces Sorangium Clostridium Streptosporangium Eubacterium . Ruminococcus En suelos con pH 6,5 - 7,5 se encuentra Cellulomonas, a pH 5,7 - 6,2 an desarrolla Cytophaga y si la acidez desciende predominan los hongos. Se pueden encontrar bacterias celulolticas anaerobias tambin en suelos cidos con pH 4,3. Las mixobacterias son las ms sensibles a la acidez por lo que se las encuentra en el mantillo de huertos, en suelos abonados y en los ricos en calcio. Los actinomicetos se hallan en suelos muy diversos, entre pH 4,6 y 9,5. Al tratar el suelo con cal cambia la composicin de la microbiota activa (3). La celulolisis puede producirse en un amplio rango de temperatura, de 5 a 65C. Entre los microorganismos termfilos se encuentran Clostridium, Streptomyces, Chaetomium, Humicola, presentes en el estircol y los vegetales en descomposicin. Los microorganismos celulolticos del suelo son principalmente mesfilos. Una humedad por debajo del 50 al 60% de la capacidad de camp o favorece a las formas filamentosas. En un suelo anegado la degradacin se debe a las bacterias anaerobias. Los actinomicetos persisten a un 20% de la capacidad de campo. La influencia de la salinidad suele encontrarse en la naturaleza enmascarada por los otros factores. En el horizonte A de los suelos halomorfos hay mayor diversidad de organismos, mientras que en el B por la acumulacinlas sales se hallan solamente hongos halotolerantes (1). Las substancias con las que est asociada la celulosa en los desechos vegetales influyen sobre la velocidad de la descomposin. La degradacin de 30 g de celulosa, de los cuales 20 a 30% sirven para la sntesis microbiana, exigen la provisin de 1 g de nitrgeno. Cuando la presencia de lignina hace ms lenta la celulolisis se requiere menos cantidad de nitrgeno, porque ste es poco a poco reciclado. Para los hongos que hidrolizan lignina y celulosa la relacin C/N es mayor que 300. Los nitratos favorecen la actividad de las bacterias mientras que el amonio y los aminocidos son mejor utilizados por las mixobacterias y los hongos. Azotobacter y otros organismos que fijan nitrgeno atmosfrico junto a las bacterias solubilizadoras de fosfatos, favorecen la celulolisis (1). La aplicacin de nitratos, amonio, urea y estircol elevan la velocidad de la descomposicin (3). El clculo del nitrgeno necesario durante la degradacin de 100 kg de material vegetal supuestamente libre del mismo, parte de considerar que solamente el 80% se

Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 puede descomponer con facilidad y la mitad es carbono. Entonces se tiene 40 kg de C para transformar, de los cuales 2/3 se convertirn en CO2 y 1/3 (13 kg) sern incorporados a las clulas microbianas involucradas en el proceso. Estas clulas vivas contienen aproximadamente 1 parte de N por cada 10 partes de C y como el 50% del material celular es C, entonces el 5% es N. Por lo tanto los 13 kg de C producirn 26 kg de biomasa microbiana si hay disponible 1,3 kg de N, durante la descomposicin de los 100 kg de material vegetal (3). Pero debido a la formacin de complejos tanino-protenas en ciertos mantillos (lo que inactiva a las exoenzimas) y a que las substancias hmicas son fuentes de N (aunque mediocres), la relacin C/N en los restos vegetales no es suficiente para determinar la velocidad de la degradacin (1).

3.3.2. Degradacin de almidn

El almidn es el material de reserva que predomina en las plantas y comnmente se presenta en grnulos con una tpica estructura en capas. Est compuesto de dos glucanos: amilosa y amilopectina. La amilosa es soluble en agua caliente y se tie de azul con una solucin acuosa de yodo. Consiste de una cadena helicoidal no ramificada de unas 200 - 500 unidades de D -glucosa con enlaces 1,4--glicosdicos. La amilopectina se hincha en agua caliente dando una pasta y toma un color pardo violceo con yodo. Es tambin un polmero 1,4--D-glucosa que, como el glicgeno, est ramificado por enlaces 1,6--glucosdicos aproximadamente cada 25 unidades de glucosa (8). Los almidones de distinto origen difieren mucho en su ramificacin, el nmero de unidades por cadena y los residuos fosfato e iones calcio y magnesio que los acompaan. Hay tres tipos de descomposicin enzimtica de los glucanos: fosforlisis, hidrlisis y transglicosilacin. La fosforlisis por la -1,4-glucanfosforilasa slo ocurre intracelularmente. La transglicosilacin es la formacin de ciclodextrinas con 6 -8 unidades de glucosa a partir del almidn, por accin de Bacillus macerans y otros (4). El ataque extracelular del almidn es debido a la accin hidroltica de las amilasas, segn se observa en el esquema de la figura 7. La -amilasa ataca los enlaces 1,4--glicosdicos an en el centro de la cadena, por lo que se la conoce como endoamilasa, produciendo glucosa, maltosa y oligmeros de 3 a 7 unidades. Est presente en plantas, animales y microorganismos. La viscosidad de la solucin de almidn y el color de su reaccin con yodo se reducen rpidamente

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durante la hidrlisis. Producen amilasas muchos hongos del suelo as como bacterias de los gneros Bacillus, Pseudomonas, Streptomyces entre otras. La -amilasa, presente en plantas y bacterias, tambin degrada los enlaces 1,4-glucosdicos pero comienza su accin por el extremo libre no reductor del almidn, liberando maltosa mientras contina el color frente al yodo. La hidrlisis se detiene en los puntos de ramificacin de la amilopectina y el residuo se conoce como dextrina lmite (6). La pululanasa o isoamilasa hidroliza los enlaces 1,6--glicosdicos quitando las ramas de la amilopectina o las dextrinas. La maltasa hidroliza la maltosa a glucosa (3). Si estas enzimas acompaan a las anteriores se logra una degradacin total del almidn. Las amilasas son inducibles, pero su produccin depende del tipo de almidn empleado. Las -amilasas de Bacillus stearothermophilus y B. licheniformis son termo estables as como las excretadas por algunos clostridios termfilos, los que tambin excretan pululanasas (4). La actividad amiloltica vara a veces con el tipo de vegetacin, la humedad y las caractersticas del suelo. El almidn es degradado por clostridios fijadores de nitrgeno en los suelos anegados, a los que recientemente se incorpor material vegetal rico en polisacridos (3).

3.3.3. Degradacin de levanos

Los levanos (polifructosanos) son substancias de reserva producidas por algunas plantas, por ejemplo la inulina de los tubrculos de dalia con enlaces -2,1 glicosdicos (figura 8), pero otros levanos tienen uniones -2,6 glicosdicas. Los levanos constituyen el 12-15% del peso seco de algunas pasturas y son degradados por numerosas bacterias, actinomicetos y hongos (4). La inulinasa produce unidades de levulosa (fructosa). Algunos Streptomyces tienen tambin 2,6fructosanasa que forma levanobiosa (fructobiosa) y ciertos hongos una 2,1-fructosanasa que origina oligmeros (3).

3.3.4. Degradacin de xilanos y otras hemicelulosas

Las hemicelulosas consisten en polmeros de pentosas (xilosa, arabinosa), hexosas (glucosa, manosa, galactosa) o cidos urnicos (glucurnico, galacturnico). Son substancias de soporte o de almacenamiento en las plantas (4). La figura 9 representa las hemicelulosas en la pared vegetal. El xilano es el polisacrido ms abundante despus de la celulosa. La corteza de los rboles y la paja contienen hasta 30% de xilano, la madera de conferas 7 - 12% y la de rboles de hojas caducas 20 - 25%. La cadena consta de 30 - 100 unidades de -D-xilopiranosa con enlaces 1,4 -glicosdicos.

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 Algunos xilanos tambin presentan arabinosa, glucosa, galactosa y glucuronato en ramas laterales unidas al C3 de la xilosa. El xilano es degradado ms rpidamente que la celulosa. La xilanasa que es constitutiva en algunos clostridios e inducible en otros organismos, produce xilosa, xilobiosa y oligmeros de 2 a 6 unidades. Muchos organismos excretan xilanasas, en los suelos neutros o alcalinos predominan Bacillus, Sporocytophaga, Clostridium y otras bacterias pero en los cidos, los hongos (4). La temperatura ptima para la descomposicin es 37C, y para los actinomicetos termfilos entre 45 y 50C. Los mananos constituyen el 11% del peso seco de la madera de algunas conferas. Son hidrolizados por muchos organismos que tambin actan sobre galactomananos y glucomananos. Los galactanos son degradados ms lentamente que otras hemicelulosas y tienen enlaces -1,4 y -1,3 glicosdicos. Las galactanasas microbianas producen galactosa, galactobiosa y galactotriosa. Algunos organismos producen varias enzimas simultneamente, como Fusarium oxysporum que creciendo en tomate sintetiza arabanasa, xilanasa, galactanasa y glucanasa. Las enzimas extracelulares pueden ser adsorbidas por las arcillas, disminuyendo su actividad (3). La degradacin de las hemicelulosas est determinada la disponibilidad de nitrgeno como ocurre con la descomposicin de la celulosa. Las hemicelulosas de plantas maduras son degradadas ms lentamente que las del tejido ms joven. Por otra parte, al mismo tiempo que se degradan los polmeros vegetales, los microorganismos sintetizan otros polisacridos como los glucanos y pentosanos de los mohos, los mananos de las levaduras, los glucanos y levanos de las cpsulas bacterianas (1).

3.3.5. Degradacin de pectinas

Las pectinas son substancias intercelulares de los tejidos de plantas jvenes y abundantes en las frutas. Estn constitudas por cadenas no ramificadas de cido Dgalacturnico con enlaces 1,4--glicosdicos, parcial o completamente esterificadas con metanol (4), como se presenta en la figura 10. En las pectinas insolubles (protopectina) las cadenas estn entrecruzadas por cationes Ca ++ y Mg++ unidos a los grupos carboxilos (3).

La degradacin microbiolgica de las pectinas es llevada a cabo por esterasas y despolimerasas. La pectinesterasa hidroliza los steres y libera metanol. La poligalacturonasa hidroliza las uniones glucosdicas de los cidos poligalacturnicos residuales (coloidales o solubles), produciendo monmeros y oligmeros del cido Dgalacturnico. La polimetilgalacturonasa hidroliza los enlaces glucosdicos de las pectinas (1). Las enzimas que fragmentan las cadenas por transferencia de protones generando desoxicidos (transeliminacin) se denominan pectinliasa o pectatoliasa segn acten sobre pectinas o cidos pcticos. Alrededor del 1-10% de los microorganismos del suelo hidrolizan las pectinas, estimulados por el substrato (3). La fitopatogenicidad de algunos microorganismos (Erwinia, Botrytis, Fusarium) es debidad a la capacidad de excretar "pectinasas". Los microorganismos que descomponen pectinas intervienen en el enriado de lino y camo, liberando los haces de fibras de celulosa del tejido vegetal. Los hongos intervienen en el proceso aerobio mientras en el anaerobio intervienen bacterias butricas como Clostridium pectinovorum (4). Las

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bacterias anaerbicas pectinolticas son ms abundantes en los suelos anegados y en los abonados con estircol (1).

3.3.6.Degradacin de quitina
La quitina le sigue a la celulosa en abundancia. Forma parte del exoesqueleto de artrpodos y de la pared celular de hongos filamen -tosos. Est constituda por unidades de Nacetil-glucosamina con enlaces -1,4-glicosdicos (6). La degradacin por la quitinasa produce poca N-acetilglucosamina y predominan los oligmeros (quitobiosa, quitotriosa). Los oligmeros son convertidos en monmero por la -N-acetil-glucosaminidasa. La quitin-desacetilasa transforma la quitina en quitosano y acetato por hidrlisis de los grupos acetamida (10). Un gran nmero de bacterias y actinomicetos pueden hidrolizar quitina. Entre los hongos con tal propiedad se encuentran Mucor y algunos Aspergillus (4). La sntesis de quitinasas es inducida en las plantas por los agentes patgenos. La figura 11 muestra fibrillas de quitina obtenidas de la pared fngica.

3.3.7. Degradacin de lignina

El contenido en lignina del tejido leoso vara entre 18 y 30% del peso seco. Est ubicada en la lmina secundaria de las paredes celulares y es el componente de las plantas degradado ms lentamente. No es qumicamente uniforme y tiene una estructura muy compleja (3). Los monmeros son todos derivados del fenilpropano, principalmente alcohol coniferilo. La complejidad resulta del gran nmero de diferentes enlaces que unen a los monmeros. Las diferencias en la composicin de la ligninas se manifiestan en el contenido de grupos metoxi: 21% en rboles de hojas

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 caducas, 16% en abeto, 14% en gram neas (4). Las unidades fenilpropano estn entrecruzadas por mltiples enlaces ter y C-C, que son extremadamente resistentes al ataque enzimtico. La lignina es un producto final inerte del metabolismo vegetal y solamente es degradada por microorganismos (1). Dos grupos de hongos se distinguen entre los destructores de madera: los que causan la podredumbre parda que degradan celulosa y hemicelulosas dejando la lignina como residuo. y los que provocan la podredumbre blanca que degradan lignina. Entre estos ltimos se encuentran Stereum, Phanerochaete, Pleurotus, Ganoderma, Polyporus, Xylaria (3). La degradacin de lignina ocurre en presencia de oxgeno y glucosa. El sistema enzimtico contiene peroxidasas que catalizan la ruptura oxidativa de los enlaces -O-4 ter y los C-C de la lignina y requieren H2 O2 proveniente de la oxidacin por la glucosa-oxidasa. La formacin de peroxidasas es promovida por la limitacin de nitrgeno y la descomposicin de la lignina parece tener como principal objetivo el acceso a los componentes nitrogenados de la madera. Sobre los compuestos fenlicos de bajo peso molecular liberados actan luego las fenoloxidasas (4). En la figura 12 se observa un esquema simplificado de la lignina, mientras que la figura 13 muestra la velocidades de la descomposicin de algunos componentes del mantillo.

3.3.8. Degradacin de lpidos

De 1,2 a 6,3% de la materia orgnica del suelo se encuentra como grasas, ceras y resinas, aunque los valores pueden ser mayores en suelos forestales y turba. Los fosfolpidos constituyen el 1-5% de los compuestos fosforados del suelo y son de origen microbiano. La fraccin hidrfoba de las gramneas es de unos 2% de la materia seca, pero es ms abundantes en ciertos microorganismos que contienen ms de 10%. Algunos de los componentes de los lpidos son fitotxicos, mientras que otros (vitaminas) estimulan el crecimiento de las plantas (5). Por otra parte, ceras y materiales similares son los responsables de la condicin

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hidrfuga de ciertas arenas. Numerosos microorganismos telricos, entre ellos Aspergillus y Penicillium, sintetizan substancias lipdicas que contribuyen a la estabilidad estructural del suelo (1). Los lodos de aguas residuales digeridas anaerbicamente, que suelen agregarse al suelo, contienen 19,1-19,8% de grasas, aceites y ceras (5). Numerosos microorganismos del suelo producen lipasas, capaces de hidrolizar los glicridos dando glicerol y cidos grasos, as como fosfolipasas. El catabolismo posterior de los cidos grasos se lleva a cabo por una serie de -oxidaciones, pero en el suelo esta degradacin es lenta y limitada. La figura 14 da un esquema de la hidrlisis de un triacilglicrido. Muchas levaduras de la filosfera degradan las ceras de la epidermis vegetal, tambin mohos tales como Penicillium y Mucorales, y algunas bacterias (1).

3.3.9. Degradacin de protenas

Las protenas estn constitudas por una o varias cadenas polipeptdicas donde los -aminocidos estn unidos por enlaces amida. Las protenas conjugadas tienen adems otros componentes: nucletidos, lpidos, glcidos, cationes metlicos o grupo hemo. Los catalizadores biolgicos (enzimas) son tambin protenas. Antes que las protenas puedan incorporarse a las rutas catablicas deben experimentar hidrlisis completa hasta transformarse en aminocidos, ya que las molculas proteicas intactas y la mayora de los pptidos no pueden atravesar la membrana citoplasmtica, mientras que los aminocidos libres son absorbidos fcilmente (6). Las proteasas excretadas por los microorganismos producen aminocidos y oligopptidos al hidrolizar de las uniones peptdicas. Los pptidos son hidrolizados por las exo- y endo-peptidasas. Las exopeptidasas se dividen en dos grupos: las que comienzan su accin por el enlace peptdico adyacente al grupo amino terminal y las que lo hacen por el cercano al carboxilo terminal. Las otras hidrolizan los enlaces del interior de la cadena y son muy especficas, como por ejemplo la accin hidroltica de la tripsina usada en la produccin de peptonas, ocurre solamente si el aminocido que aporta el grupo carboxilo en la unin peptdica es lisina o arginina (4). La figura 15 muestra la hidrlisis de la unin peptdica. Las protenas de los organismos muertos son descompuestas por un gran nmero de hongos y bacterias. Las bacterias termoflicas producen proteasas termoestables. Algunas proteasas

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 extracelulares actan como toxinas, mientras que ciertos polipptidos bacterianos son antibiticos. La degradacin de protenas en el suelo va seguida de la formacin de amonio por la posterior descomposicin de los aminocidos (6).

3.3.10. Degradacin de polinucletidos

Los nucletidos estn formados por una base nitrogenada derivada de la purina o la pirimidina, una pentosa y cido fosfrico. Son los monmeros de los polinucletidos donde estn unidos por puentes fosfodister, como se muestra en la figura 16. Los cidos nucleicos son el 0,2-2,5% de los compuestos fosforados del suelo y su hidrlisis da oligonucletidos y mononucletidos con baja relacin C/N (2). Los mononucletidos a su vez son convertidos en nuclesidos (N-glicsidos de purinas o pirimidinas). stos son despus hidrolizados en las bases nitrogenadas y pentosas. Luego en el suelo el proceso continua con la amonificacin de las purinas y pirimidinas. Las exonucleasas atacan solamente los extremos de las cadenas polinucleotdicas mientras que las endonucleasas hidrolizan enlaces de cualquier punto de las mismas. Las desoxi-ribonucleasas degradan el ADN y las ribonucleasas el ARN, aunque algunas fosfo -diesterasas hudrolizan uniones de nuclotidos de ambos cidos nucleicos. Entre los numerosos organismos que excretan nucleasas se encuentran algunos Clostridium
(4).

3.4. Metabolismo productor de energa

Para su crecimiento y multiplicacin, los micro-organismos llevan a cabo diversos procesos metablicos, destinados a obtener energa y nuevo material celular. Los microorganismos fotosintticos son capaces de utilizar la energa de la luz para convertir el CO 2 , junto con el hidrgeno del H 2O (cianobacterias, algas) o el H S 2 (bacterias), en materia orgnica celular. Los autotrficos tambin fijan el CO2 pero con una fuente qumica de energa. Los microorganismos heterotrficos necesitan substratos orgnicos para desarrollarse. Los microorganismos pueden dividirse, de acuerdo con sus necesidades ambientales, en tres grupos. Se encuadran en el primero los aerbicos estrictos, que nicamente pueden respirar y crecer en presencia de oxgeno atmosfrico. En el segundo grupo se hallan los anaerbicos estrictos, que no slo fermentan y crecen en ausencia de oxgeno libre, sino que requieren su eliminacin, por serles perjudicial. En el tercer grupo estn los organismos facultativos, capaces de crecer en presencia o en ausencia de oxgeno, que pueden subdividirse en dos grupos segn puedan cambiar su metabolismo aerbico (respiracin) en anaerbico (fermentacin) adaptndose al ambiente donde se hallan, o bien son nicamente fermentadores que toleran el oxgeno (aerotolerantes) (6).

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Dentro de los aerbicos estrictos estn muchas bacterias y casi todos los mohos y las actinobacterias. Los anaerobios estrictos estn representados por miembros del gnero bacteriano Clostridium, por ejemplo C. pasteurianum que es un fijador de nitrgeno. Las levaduras y las bacterias coliformes, que pueden respirar o fermentar ciertos substratos, son organismos facultativos. Las bacterias lcticas pertenecen al grupo que obtiene su energa exclusivamente de la fermentacin y no sufren lesin por parte de una reducida presin parcial de oxgeno. El metabolismo anaerbico es siempre menos eficiente que la respiracin, ya que la fermentacin no aprovecha toda la energa del substrato orgnico (por ejemplo, un azcar) para la produccin del combustible universal de la clula (el ATP) ni, por tanto, para la sntesis de material celular. Las clulas excretan el producto de degradacin que, a su vez, podra ser oxidado ulteriormente a CO2 y H2O. Pero, los productos de la fermentacin, tales como el etanol liberado por levaduras, no pueden ser metabolizados, en condiciones anaerbicas, por el organismo que los produce. El crecimiento aerbico, por otra parte, capacita a algunos organismos para oxidar completamente una cierta fraccin del substrato y extraer as la mxima energa para convertir el resto del substrato en masa celular. Si el objetivo del cultivo microbiano es aumentar la biomasa, por ejemplo en la produccin de levadura de panadera, resulta una ventaja obvia tener tener un crecimiento aerbico con utilizacin completa del substrato por respiracin (13).

3.5.Respiracin
3.5.1. Degradacin de hexosas
Hay varias vas para convertir la glucosa a piruvato, uno de los compuestos intermediarios ms importantes del metabolismo. Una es la va de la fructosa-1,6-difosfato), esquematizada en la figura 17 . El balance es la formacin de dos molculas de ATP (energa qumica por fosforilacin a nivel de substrato) y dos de NADH2 (poder reductor), por lo que constituye la secuencia de reacciones ms importante para los orga nismos anaerbicos. Otra es la va oxidativa de la pentosa-fosfato que se muestra en la figura 18, la cual adems provee ribosafosfato para la sntesis de nucletidos. El camino inverso es la ruta ms importante en la fijacin autotrfica de CO2 . La va del ceto-desoxi-fosfo-

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 gluconato que se observa en un amplio grupo de bacterias, se detalla en la figura 19. La oxidacin del piruvato se produce, por caminos distintos segn los organismos dando acetil-CoA, que en el caso de los aerobios entra en ciclo del cido tricarboxlico (4).

3.5.2. Ciclo del cido tricarboxlico

Este ciclo, cuyo esquema se da en la figura 20, sirve no solamente para la oxidacin terminal de los nutrientes sino tambin para la generacin de precursores de biosntesis. Si algunos intermediarios se derivan por otro camino, cesa de funcionar este ciclo. Pero, entonces entra en juego la secuencia de reacciones anaplerticas para reaprovisionar los intermediarios faltantes (6). El ciclo del citrato es tambin la ruta final para la oxidacin de las cadenas carbonadas de los aminocidos despus de la desaminacin (ver figura 14).

3.5.3. Cadena de transporte de electrones

Es llamada tambin cadena respiratoria. En los eucariotas las enzimas de la respiracin estn en unos orgnulos denominados mitocondrias mientras que en los organismos procariticos se encuentran en la membrana citoplasmtica. Cada molcula de NADH2 proveniente del ciclo anterior se reoxida a travs de esta cadena con la ganancia de 3 molculas de ATP mientras que cada molcula de FADH2 genera 2 de ATP. La figura 21 representa la secuencia del transporte de electrones en la membrana de algunas bacterias, desde la flavoprotena hasta el O2 u otro aceptor terminal, mientras que los H + son bombeados fuera. Cuando el oxgeno se reduce, requiere protones del citoplasma para completar la reaccin, los que se originan por la disociacin del agua. El resultado neto es la generacin de un gradiente de pH y un potencial electroqumico a travs de la membrana, con la parte interna cargada negativamente, y la externa con carga positiva. Este estado energizado de la membrana se expresa como fuerza motriz de protones (6). La energa puede ser

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usada directamente en el transporte de iones, la rotacin de los flagelos o la produccin de los enlaces fosfato del ATP a travs del sistema ATPasa (fosforilacin oxidativa) anclado en la membrana. La respiracin provee 38 molculas de ATP por cada molcula de glucosa oxidada.

3.6. Fermentaciones
Las rutas bioqumicas de la fermentacin varan mucho. Por ejemplo, las levaduras pueden fermentar una molcula de un monosacrido de seis carbonos, como la glucosa o la fructosa, produciendo dos molculas de etanol y dos de CO2. Pero, para las bacterias, se pueden agrupar esas vas en dos tipos generales: homofermentativos (un producto principal) o heterofermentativos (dos o ms productos). Los productos de la fermentacin no pueden ser metabolizados, en condiciones anaerbicas, por el organismo que los produce. En las fermentaciones el ATP se produce por fosforilacin a nivel de substrato, pues se sintetiza durante el catabolismo de un compuesto y en pasos enzimticos concretos, pero requiere que la fuente genere un intermediario de alta energa (6).

3.6.1. Fermentaciones lcticas

Las lactobacterias llevan a cabo este tipo de fermentacin en presencia o ausencia de aire, aunque prefieren concentraciones reducidas de oxgeno. En cambio las enterobacterias slo producen cido lctico en condiciones anaerbicas. El ambiente natural de lactobacterias es la leche y los lugares donde es procesada ( Lactobacillus delbrueckii var. bulgaricus, Lactococcus lactis), la superficie de plantas intactas o podridas ( Lactobacillus plantarum, L. delbrueckii, Leuconostoc mesenteroides), el tracto intestinal y las mucosas de animales y humanos (Lactobacillus acidophilus, Enterococcus faecalis). Por tal motivo suele encontrarse cultivos puros naturales, como en algunos productos lcteos, material ensilado, chucrut (14). Las bacterias homofermentativas (por ejemplo Lactobacillus casei) producen lactato puro o casi puro, metabolizando la glucosa por va de la fructosadifosfato y reduciendo el piruvato a lactato. Segn las especies se forma D (-), L (+) o DL-lactato. Las bacterias heterofermentativas (Lactobacillus brevis) degradan la glucosa al comienzo por la va de las pentosas y luego transforman el acetil-P en etanol o acetato y el piruvato en lactato (6). La figura 23 muestra un esquema de la fermentacin heterolctica. La fermentacin lctica permite la conservacin de los forrajes pues las lactobacterias cido-tolerantes

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 desarrollan en cultivo prcticamente puro en el material ensilado, en especial si fu previamente acidificado. Las lactobacterias son imprescindibles en la industria lechera como productores de cido en la coagulacin de la casena para ciertos quesos, y aroma por la formacin de diacetilo en algunas especies. Tambin se emplean lactobacterias en la produccin de salames pues la acidificacin contribuye a la conservacin de estos embutidos
(4).

3.6.2. Fermentacin alcohlica

La levadura Saccharomyces cerevisiae y la bacteria Sarcina ventriculi forman etanol va la fructosa-difosfato y descarboxilacin del piruvato. El rendimiento energtico es 2 molculas de ATP por cada molcula de glucosa fermentada. La bacteria Zymomonas mobilis metaboliza la glucosa por la ruta del ceto-desoxifosfogluconato y descompone el piruvato en CO 2 y acetaldehdo, que luego es reducido a etanol (6). Mientras las enzimas de la fermentacin son constitutivas en la levadura y se encuentran en el citoplasma, los de la respiracin son inducibles. La fermentacin con Saccharomyces spp. se emplea para la produccin de bebidas alcohlicas y la produccin industrial de etanol mientras que la fermentacin con Zymomonas se usa en slo en el ltimo caso (13).

3.6.3. Fermentaciones propinicas

La formacin de propionato, por las especies de Propionibacterium es utilizada en la maduracin de quesos tipo suizo. El piruvato proveniente de la ruta de la fructosadifosfato o el lactato resultante de otras fermentaciones son reducidos mediante la va de la metilmalonil-CoA (4) que se muestra en la figura 24. La produccin de propionato debida a Clostridium propionicum y Bacteroides ruminicola ocurre por una ruta ms simple, donde la lactil-CoA se reduce a propionil-CoA. Estas bacterias habitan el rumen y el intestino de los rumiantes (6).

3.6.4. Fermentaciones frmicas

La fermentacin cida-mixta es llevada a cabo por Escherichia coli (bacteria facultativa del intestino) y otras proteobacterias patgenas de humanos y animales (por ejemplo Salmonella spp.). produciendo cidos orgnicos y el pH desciende a 4,2, punto en el que la solucin de rojo de metilo tiene color rojo (figura 25). Se investiga la presencia de los organismos con caractersticas semejantes a E. coli (coliformes) como indicadores de la contaminacin fecal del agua. La fermentacin butanodilica es

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algunos organismos con este tipo de fermentacin.

cumplida por bacterias que se encuentran en el agua y el suelo (por ejemplo Enterobacter aerogenes, Bacillus cereus y Erwinia que es patgena de plantas) con la formacin 2,3-butanodiol como principal producto (14). Un intermediario es la acetona que da positiva la reaccin de VogesProskauer, til para detectar

3.6.5. Fermentacin butrico -butanlica

Los Clostridium son bacterias esporuladas fermentativas pues solo crecen en condiciones anaerbicas. La fermentacin butrico-butanlica comienza por la conversin de los azcares en piruvato por la va de la fructosa-difosfato. El piruvato es descarboxilado dando acetil-CoA y la transformacin de esta ltima da diversos productos (4) como se observa en la figura 26. En las primeras fases los productos predominantes son los cidos butrico y actico pero luego, al bajar el pH del medio, comienzan a acumularse acetona y butanol que son neutros (6).

3.6.6. Fermentaciones acticas

Algunos clostridios (por ejmplo C. thermoaceticum) fermentan la glucosa por la va de la fructosa-difosfato. Luego generan acetato por descarboxilacin del piruvato y la conversin del CO2 e hidrgeno, producidos antes, en acetato. Otras bacterias convierten los monosacridos en acetato como por ejemplo Ruminococcus albus, y el hidrgeno producido es aprovechado por Vibrio succinogenes en un cultivo mixto (4), como se presenta en la figura 27.

3.6.7. Fermentacin de aminocidos

Varios clostridios obtienen energa fermentando aminocidos (por ejemplo C. sporogenes). Algunas cepas fermentan pares de aminocidos, donde uno acta como dador de electrones y es oxidado, y el otro como aceptor de electrones y es reducido (6).

3.7. Oxidaciones incompletas

No todas las reacciones oxidativas catalizadas por microorganismos aerbicos estrictos se llevan hasta el ltimo extremo. Por ejemplo la conversin de etanol en cido actico (vinagre) por Acetobacter spp. Aunque estos suboxidadores obtienen energa en forma de ATP a partir de las oxidaciones incompletas, generalmente no pueden obtener molculas para su crecimiento a partir de dichas reacciones y, por consiguiente, requieren para su desarrollo otros nutrientes suministrados por el medio (6).

3.8. Respiracin anaerbica

Es una variacin de la respiracin en la que los aceptores de electrones utilizados son diferentes al oxgeno, e incluyen nitrato, in frrico, sulfato, carbonato y ciertos compuestos orgnicos. La figura 28 muestra los contrates entre la respiracin aerbica y la anaerbica. Los productos de la respiracin anaerbica son fcilmente detectados: las burbujas de N2 , NO2 , CH4 (inflamable); el olor de H2 S; la formacin de xido de hierro diamagntico (2).

3.8.1. Desnitrificacin

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 La desnitrificacin transitoria y localizada en los suelos consiste en la reduccin anaerbica del nitrato a compuestos voltiles (N2 , N2 O, NO). Es producida por bacterias que respiran y solamente pueden crecer anaerbicamente en presencia de nitrato, por ejemplo Pseudomonas fluorescens, Bacillus licheniformis, Paracoccus denitrificans y Thiobacillus denitrificans. Ocurre con frecuencia en los suelos anegados, especialmente cuando se aplicaron juntos fertilizantes orgnicos y nitrato (1). No se observa este proceso en mohos ni actinomicetos (2). La figura 29 expone la velocidad relativa de la desnitrificacin segn la cantidad de agua que ocupa los poros del suelo y la figura 30 muestra un esquema del ciclo del nitrgeno.

3.8.2. Reduccin a nitritos

Algunas bacterias facultativas como Enterobacter y Escherichia, pueden respirar reduciendo el nitrato a nitrito, que se acumula en el ambiente, pero no producen N2 . Luego reducen el nitrito a amonio por la va asimilatoria, si hay deficiencia de NH 4 + en el medio (4). La figura 22 muestra el proceso de transporte de electrones en Escherichia coli cuando usa nitrato como aceptor de electrones. Es la transferencia de hidrgeno al sulfato aceptor terminal de electrones en la respiracin anaerbica, reducindolo a H S. Este proceso, 2 llamado tambin reduccin desasimilatoria de sulfatos, es cumplido por bacterias anaerbicas obligadas tales como Desulfovibrio, Desulfatomaculum. Los donantes de hidrgeno son lactato, acetato y otros cidos grasos, metanol, etanol y compuestos aromticos. Los microorganismos reductores de sulfato son responsables de la precipitacin de Fe++ y otros cationes metlicos en aguas polutas, y la corrosin de metales enterrados. Desulfuromonas y algunas arqueobacterias termoflicas pueden

3.8.3. Sulfatorreduccin

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reducir el azufre elemental a H2 S (5). Por otra parte, casi todas las bacterias, as como los hongos pueden reducir sulfatos para sintetizar aminocidos azufrados por la va de la reduccin asimilatoria de sulfatos (5). La figura 31 presenta un esquema del ciclo del azufre.

3.9. Bacterias autotrficas

Usan CO2 como fuente de carbono a travs del ciclo de la ribulosa-difosfato, excepto las bacterias acetognicas y metanognicas. Obtienen energa y molculas reductoras usando iones amonio, nitrito, sulfuro, tiosulfato, sulfito, ferroso; as como azufre elemental, hidrgeno o monxido de carbono. Tienen los componentes del transporte electrones y la fuerza motriz de protones como los hetertrofos (4). La figura 28 resume los contrastes del metabolismo autotrfico frente al heterotrfico.

3.9.1. Metanognesis

El ecosistema donde ocurre la metanognesis comprende pantanos, arrozales, sedimentos de lagos, estanques y estuarios, digestores de aguas residuales y el rumen. En tales ambientes anaerbicos los substratos orgnicos son fermentados a acetato, CO2 e H2 . Estos productos son utilizados por las arqueobacterias formadoras de metano entre las que se encuentran Methanobacterium, Methanococcus, Methanosarcina, Methanospirillum (15). Como el CO2 es usado como un aceptor de hidrgeno durante la generacin de energa, el proceso se suele llamar respiracin del carbonato. Algunas bacterias metanognicas tambin pueden convertir el CO en metano. Por otra parte, estas arquibacterias son auttrofas y fijan CO2 por la va acetil-CoA y piruvato, para la sntesis del material celular (4). Ver 5.3.

3.9.2. Nitrificacin
En el curso de la degradacin de substancias nitrogenadas se libera amonio. La conversin del amonio a nitrito es llevada a cabo por las bacterias nitritantes del suelo: Nitrosolobus, Nitrosomonas, Nitrosospira. En el ambiente marino se encuentra Nitrosococcus. No hay bacterias que conviertan directamente el amonio en nitrato. El nitrito es oxidado a nitrato por las bacterias nitratantes Nitrobacter, Nitrococcus (en el mar) y otras. Ambos pasos constituyen la llamada nitrificacin del suelo (1). Estas bacterias autctonas del suelo pueden ser cultivadas en

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 solucin mineral con un tiempo de generacin entre 10 y 20 horas. Nitrobacter winogradskyi puede asimilar acetato (4). La figura 32 muestra las membranas intracitoplasmicas de una bacteria nitrificante. Los iones amonio son oxidados rpidamente en los suelos bien aireados. La conversin de este catin al anin nitrito o nitrato, trae aparejado una acidificacin del suelo con un incremento en la solubilizacin de minerales (potasio, calcio, magnesio y fosfatos). Por tal motivo los microorganismos nitrificantes fueron vistos como un factor significativo de la fertilidad del suelo (3). El amonio es mejor retenido que el nitrato, especialmente por adsorcin sobre arcillas y unin ms o menos firme a los componentes del hum us. El nitrato, por el contrario, es fcilmente eliminado por el agua (4). El nitrato se acumula en las capas freticas y puede afectar la salud de los bebs si la concentracin en el agua potable supera los 50 mg por litro, pues las bacterias del intestino delgado lo reducen y el nitrito que pasa a la sangre se une irreversiblemente a la hemoglobina (16). El proceso de nitrificacin ocurre entre pH 7 y 8, debido a que el amonio libre (en suelos alcalinos) y el cido nitroso (en suelos cidos) son txicos para Nitrobacter (1). En suelos anegados que fueron fertilizados con sales de amonio, Nitrosomonas y Nitrosovibrio pueden llevar a cabo una desnitrificacin. Otras cualidades de las bacterias nitrificantes son su capacidad para oxidar metano, metanol, CO, etileno, propileno, ciclohexano, alcohol benclico y fenol. En cultivo puro la bacteria heterotrfica Arthrobacter es capaz de formar nitrito a partir de substancias nitrogenadas. Tambin algunos hongos pueden oxidar el nitrgeno amnico o el amonio hasta nitrato. Esta nitrificacin hetertrofa no est acoplada al crecimiento y produccin de biomasa, y slo es de importancia en suelos cidos, por ejemplo bosques de pinos (4).

3.9.3. Sulfooxidacin

Los Thiobacillus son unas bacterias capaces de obtener energa por la oxidacin de compuestos de azufre (sulfuro, azufre, tiosulfato) hasta sulfatos. La mayora son auttrofos y dependen de la fijacin de CO 2 como T. thiooxidans, T. denitrificans (1). Entre los hetertrofos se encuentran por ejemplo T. novellus y Sulfolobus acidocaldarius. ste ltimo es una arqueobacteria termoflica de las aguas termales azufradas. T. thiooxidans es un organismo aerobio que produce cido sulfrico y tolera una solucin 1N del mismo. El agregado de azufre permite neutralizar suelos calizos y reducir la incidencia de algunos patgenos vegetales debido a la acidificacin provocada por los sulfooxidantes del suelo. T. denitrificans puede reducir nitratos anaerbicamente pero no lleva a cabo una reduccin asimilatoria y necesita la presencia de sales de amonio en el medio (3). Las bacterias filamentosas Beggiatoa y otras pueden oxidar sulfuros a azufre elemental que se acumula en la clula. Algunas especies de Beggiatoa son organismos heterotrficos (1).

3.9.4. Ferrooxidacin
Las siderobacterias (por ejemplo Gallionella ferruginea y Leptothrix ochracea) pueden oxidar los iones ferrosos a frricos, y tambin Thiobacillus ferrooxidans. La vaina de la

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bacteria filamentosa Leptothrix est recubierta de sales frricas. Gallionella excreta un mucus que se impregna de hidrxido frrico formando una especie de pednculo (1).

3.10. Biosntesis
En el metabolismo normal, todos los compuestos que necesita la clula se sintetizan en la cantidad justa. Este control se realiza por una serie de reacciones reguladoras estrictas que detienen la formacin de productos intermedios y finales de una reaccin metablica, cuando un compuesto dado alcanza una determinada concentracin. Sin embargo, existen mutantes en los que el mecanismo de regulacin es tan defectuoso que hay una sobreproduccin de algunos metabolitos y los excretan al medio, lo que es aprovechado en la produccin industrial (13).

3.10.1. Sntesis de protenas

Casi todos los organismos estn capacitados para convertir el nitrgeno inorgnico en protenas y cidos nucleicos. El N puede asimilarse en forma de iones amonio y por algunas especies en forma de iones nitrato. Ningn moho o ni levadura fijan nitrgeno gaseoso como lo hacen algunas bacterias, por ejemplo, Azotobacter que vive libre en el suelo y Rhizobium que crece como simbionte en los ndulos de las races de leguminosas (14). La mayora de los microoorganismos son capaces de sintetizar todos los aminocidos requeridos para sntesis de protenas. El grupo amino es introducido por aminacin directa o por transaminacin. La asimilacin del nitrgeno molecular, as como la de nitrato y nitrito implica una reduccin a amonio antes de su incorporacin al compuesto orgnico (4). La figura 33 muestra las rutas ms importantes de incorporacin de nitrgeno para formar los aminocidos y la 34 los caminos de sntesis de los aminocidos La informacin contenida en el ADN no es transferida directamente durante la sntesis de protenas que ocurre en los ribosomas. El intermediario es el ARN mensajero (ARNm) monocatenario sintetizado sobre una sola cadena del ADN efectuando la

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 transcripcin de la informacin. Los aminocidos son reunidos en una cadena polipeptdica segn la secuencia determinada por el ARN-m dura nte la traduccin que implica la participacin del ARN de transferencia de los aminocidos (ARN-t), el ribosoma, varias enzimas y ATP. La figura 35 muestra un esquema de la biosntesis de las protenas en bacterias. La expresin de la nitrogenasa en los bacteroides se modifica por diversos factores aportados por la planta. Una vez establecida la simbiosis, la enzima nitrogenasa se inhibe en presencia de nitrgeno combinado y cesa cuando comienza el desarrollo de las semillas en la planta hospedadora (senescencia de los ndulos). Otros factores que afectan la fijacin son la presencia de hidrogenasa (que aumenta el rendimiento de la misma) y circunstancias ambientales como la temperatura (17). En la figura 36 se muestra un esquema de la actividad metablica en el ndulo. La capacidad para fijar nitrgeno molecular se observa en muchos organismos procariticos de vida libre. La reaccin qumica responsable del proceso de fijacin consiste en la transferencia de seis electrones al N2 para dar NH4 + con el aporte de energa en forma de ATP. La reaccin debe estar acoplada a la fermentacin o a la respiracin de azcares u otros compuestos energticos, o bien a la fotofosforilacin del ADP, para que transcurra espontneamente. Los electrones son provistos a travs de ferredoxina y flavodoxina. El sistema nitrogenasa est constitudo por dos enzimas: la dinitrogenasa reductasa o componente II y la nitrogenasa propiamente dicha o componente I. La dinotrogenasa reductasa tiene dos subunidades idnticas y el grupo prosttico es un centro sulfofrrico. El componente I es un tetrmero con dos subunidades alfa y dos beta, que contienen tomos de hierro y molibdeno (4). Algunas bacterias no-nodulantes capaces de fijar nitrgeno molecular (6) aerbicos facultativos anaerbicos fototrficos Azotobacter Klebsiella Desulfovibrio Chromatium Azomonas Bacillus polymyxa Desulfotomaculum Rhodospirillum Alcaligenes Methanobacterium Rhodobacter Xanthobacter Methanosarcina Heliobacter Beijerinckia Clostridium Chlorobium Derxia Cianobacterias Azospirillum Anabaena Nostoc En algunas bacterias fijadoras de vida libre la nitrogenasa contiene vanadio en lugar de molibdeno. Adems de reducir el nitrgeno molecular, la nitrogenasa puede reducir los H + a H 2 y tambin otros compuestos como se observa en la figura 37. Casi todas las bacterias fijadoras tienen, unida a la membrana, una hidrogenasa (con nquel en su grupo prosttico) como proteccin del sistema nitrogenasa, que transfiere electrones desde el H2 al O2 difundido hacia adentro de la clula (6). Dada la rpida inactivacin

3.10.2. Fijacin de N 2 (ver 2.9)

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de la nitrogenasa en presencia de oxgeno, los microorganismos fijadores has desarrollado diversas estrategias para evitarla: una alta tasa respiratoria, la formacin de estructuras protectoras, la compatimentacin celular o un crecimiento en condiciones anaerbicas o microaeroflicas (17). Las cianobacterias filamentosas son tolerantes al oxgeno ambiental debido a que la actividad nitrogenasa se localiza generalmente en una clula especial, llamada heterocisto. Los heterocistos poseen una pared poco permeable al oxgeno y pueden generar ATP por fotofosforilacin cclica y fosforilacin oxidativa, con lo cual se eliminan las trazas de O2 . El poder reductor necesario para la fijacin proviene de las otras clulas que tienen los dos fotosistemas (6). En la mayora de los microorganismos fijadores de N2 de vida libre, el amonio producido es asimilado para formar glutamina (4).

3.10.3. Sntesis de otros compuestos

Los nucletidos de purina y pirimidina son las unidades para la sntesis de los cidos nucleicos. Tambin forman parte de algunas coenzimas. La parte glicosdica deriva de la ribosa-5-fosfato cuya reduccin a desoxirribosa ocurre a nivel del nucletido (6). La figura 38 muestra los precursores de purinas y pirimidinas. Entre los lpidos bacterianos predominan los cidos grasos saturados o monoinsaturados, los triglicridos y esteroides son raros. Los ms importantes son los lpidos complejos donde un grupo OH del glicerol est esterificado con fosfato o un azcar. El grupo fosfato a su vez est esterificado con serina, etanolamina o glicerol. La formacin de los cidos grasos de cadena larga implica la condensacin, en pasos sucesivos, de los grupos acetilo al butiril-ACP, alargando cada vez la cadena en dos carbonos (6) como se muestra en la figura 39. Cuando las bacterias crecen sobre lactato, piruvato, acetato u otro

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Leonor Carrillo. 2003. Microbiologa Agrcola. Captulo 3 compuesto, se desarrollan rutas metablicas adicionales (reacciones anaplerticas) para mantener funcionando el ciclo de los cidos tricarboxlicos (figura 20) y proveer molculas intermediarias para la sntesis de los azcares (6). La figura 40 muestra un esquema de la biosntesis de glcidos. Muchas bacterias autotrficas y fototrficas, as como las cianobacterias y las plantas, fijan CO2 como nica fuente de carbono a travs del ciclo de la ribulosadifosfato (figura 41). Pero las metanognicas y acetognicas, que tambin son autotrficas, lo hacen por la va reductora del acetil-CoA, mientras que las bacterias verdes del azufre fijan CO 2 por el camino reductor en el ciclo del citrato (4) como se muestra en el cuadro de la pgina siguiente. La actividad de los pigmentos en la fotosntesis de las eubacterias no libera oxgeno como ocurre con las cianobacterias y las plantas. Hay dos tipos de bacterias de color prpura, rojo o pardo porque contienen carotenoides, uno comprende a las anaerbicas (por ejemplo Chromatium dependiente del azufre y Rhodospirillum no dependiente) y otro a las aerbicas (por ejemplo Erythromonas ). En cuanto a las verdes, algunas, por ejemplo Chlorobium, utilizan H2 S como dador de electrones y otras, por ejemplo Chloroflexus, no. Otras bacterias fototrficas anaerbicas y esporuladas, frecuentes en suelos tropicales anegados, estn reunidas en el gnero Helicobacterium. Cualquiera sea el mecanismo de captacin de la luz y transporte de electrones, se genera una fuerza motriz de protones que permite sintezar ATP (fotofosforilacin) (18). La figura 28 resume los contrastes del metabolismo autotrfico frente al fototrfico y la figura 42 muestra el transporte de electrones en algunas bacterias prpura. Los metabolitos secundarios son compuestos no requeridos para la biosntesis celular. Estos productos son sintetizados por algunos microorganismos, generalmente en las ltimas fases del ciclo de crecimiento. Los ejemplos ms conocidos son los antibiticos, otros son las micotoxinas. Los metabolitos secundarios no desempean un papel directo en el metabolismo energtico ni en el crecimiento del organismo, sino que contribuyen a la supervivencia del organismo al inhibir la accin de competidores que pudieran ocupar el mismo nicho ecolgico (14). Ver 6.1.

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Fijacin autotrfica del CO2 (4) Va reductora del acetil-CoA Bacterias fermentadoras homoacetognicas Clostridium thermoaceticum Acetobacter woodii Sporomusa sp La mayora de las bacterias reductoras del sulfato Desulfobacterium autotrophicum Desulfovibrio baarsii Bacterias metanognicas Methanobacterium thermoautotrophicum Methanosarcina barkeri Ciclo reductor del cido tricarboxlico Bacterias verde del azufre Chlorobium limicola Bacterias termoflicasdel hidrgeno Hydrogenobacter thermphilus Algunas bacterias reductoras del sulfato Desulfobacter hydrogenophilus Ciclo de la ribulosa difosfato Bacterias fototrficas anoxignicas Chromatium vinosum Rhodospirillum rubrum Bacterias quimioautotrficas nitrificantes oxidantes del azufre bacterias del hidrgeno y el CO oxidantes del hierro Organismos fototrficos oxignicos Cianobacterias Algas y plantas

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