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ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DE LOS CIDOS NUCLICOS

Vernica Burriel Coll


Qumica Aplicada a la Ingeniera Biomdica Master en Ingeniera Biomdica

INTRODUCCIN
Definicin
Los cidos Nucleicos son las biomolculas portadoras de la informacin gentica. Son biopolmeros, de elevado peso molecular, formados por otras subunidades estructurales o monmeros, denominados Nucletidos. Desde el punto de vista qumico, los cidos nucleicos son macromolculas formadas por polmeros lineales de nucletidos, unidos por enlaces ster de fosfato, sin periodicidad aparente. De acuerdo a la composicin qumica, los cidos nucleicos se clasifican en cidos Desoxirribonucleicos (ADN) que se encuentran residiendo en el ncleo celular y algunos organelos, y en cidos Ribonucleicos (ARN) que actan en el citoplasma. Los cidos nucleicos estn formados por largas cadenas de nucletidos, enlazados entre s por el grupo fosfato. El grado de polimerizacin puede llegar a ser altsimo, siendo las molculas ms grandes que se conocen, con molculas constitudas por centenares de millones de nucletidos en una sola estructura covalente. De la misma manera que las protenas son polmeros lineales aperidicos de aminocidos, los cidos nucleicos lo son de nucletidos. La aperiodicidad de la secuencia de nucletidos implica la existencia de informacin. De hecho, sabemos que los cidos nucleicos constituyen el depsito de informacin de todas las secuencias de aminocidos de todas las protenas de la clula. Existe una correlacin entre ambas secuencias, lo que se expresa diciendo que cidos nucleicos y protenas son colineares; la descripcin de esta correlacin es lo que llamamos Cdigo Gentico, establecido de forma que a una secuencia de tres nucletidos en un cido nucleico corresponde un aminocido en una protena.

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Son las molculas que tienen la informacin gentica de los organismos y son las responsables de su transmisin hereditaria. El conocimiento de la estructura de los cidos nucleicos permiti la elucidacin del cdigo gentico, la determinacin del mecanismo y control de la sntesis de las protenas y el mecanismo de transmisin de la informacin gentica de la clula madre a las clulas hijas. Existen dos tipos de cidos nucleicos, ADN y ARN, que se diferencian por el azcar (Pentosa) que llevan: desoxirribosa y ribosa, respectivamente. Adems se diferencian por las bases nitrogenadas que contienen, Adenina, Guanina, Citosina y Timina, en el ADN; y Adenina, Guanina, Citosina y Uracilo en el ARN. Una ltima diferencia est en la estructura de las cadenas, en el ADN ser una cadena doble y en el ARN es una cadena sencilla

Un poco de historia
El descubrimiento de los cidos nucleicos se debe a Meischer (1869), el cual trabajando con leucocitos y espermatozoides de salmn, obtuvo una sustancia rica en carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y un porcentaje elevado de fsforo. A esta sustancia se le llam en un principio Nuclena, por encontrarse en el ncleo. Aos ms tarde, se fragment esta nuclena, y se separ un componente proteico y un grupo prosttico, este ltimo, por ser cido, se le llam cido Nucleico. En los aos 30, Kossel comprob que tenan una estructura bastante compleja. En 1953, James Watson y Francis Crick, descubrieron la estructura tridimensional de uno de estos cidos, concretamente del cido Desoxirribonucleico (ADN).

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BASES PRICAS Y PIRIMIDNICAS


Definicin
Las Bases Nitrogenadas son las que contienen la informacin gentica. En el caso del ADN las bases son dos Purinas y dos Pirimidinas. Las purinas son A (Adenina) y G (Guanina). Las pirimidinas son T (Timina) y C (Citosina). En el caso del ARN tambin son cuatro bases, dos purinas y dos pirimidinas. Las purinas son A y G y las pirimidinas son C y U (Uracilo).

Como son aromticas, tanto las bases pricas como las pirimidnicas son planas, lo cual es importante en la estructura de los cidos nucleicos.

Tambin son insolubles en agua y pueden establecer interacciones hidrfobas entre ellas; estas interacciones sirven para estabilizar la estructura tridimensional de los cidos nucleicos. Las bases nitrogenadas absorben luz en el rango ultravioleta (250-280 nm), propiedad que se usa para su estudio y cuantificacin.

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Bases pricas
Estn basadas en el Anillo Purnico. Puede observarse que se trata de un sistema plano de nueve tomos, cinco carbonos y cuatro nitrgenos. En esta imagen puede observarse como se forman Adenina y Guanina a partir de una Purina. El anillo purnico puede considerarse como la fusin de un anillo pirimidnico con uno imidazlico.

En el siguiente cuadro se muestran los nombres de las principales purinas: Purinas


Nombre comn Nombre sistemtico

Adenina Guanina

6-amino purina 2-amino 6-oxo purina

Las purinas que comnmente encontramos en el ADN y ARN son Adenina y Guanina. La forma degradativa final de las purinas en los primates es el cido rico, 2,6,8-trioxo purina.

Bases pirimidnicas
Estn basadas en el Anillo Pirimidnico. Es un sistema plano de seis tomos, cuatro carbonos y dos nitrgenos. En esta imagen puede observarse como derivan Citosina, Timina y Uracilo de Pirimidina. Las distintas bases pirimidnicas se obtienen por sustitucin de este anillo con grupos oxo (=O), grupos amino (-NH2) o grupos metilo (-CH3).

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En el siguiente cuadro se muestran los nombres de las principales pirimidinas: Pirimidinas


Nombre comn Nombre sistemtico

Citosina Uracilo Timina

2-oxo 4-amino pirimidina 2,4 dioxo pirimidina 2,4 dioxo5-metil pirimidina

Las pirimidinas que encontramos en el ADN son Citosina y Timina. En el ARN encontramos Citosina y Uracilo. Las pirimidinas son degradadas completamente a agua, anhdrido carbnico y urea.

Bases modificadas
Adems de las purinas y pirimidinas de las que hemos hablado anteriormente, es frecuente encontrar Bases Modificadas. Entre las ms abundantes encontramos: la 5-metilcitosina, la 5-hidroximetilcitosina y la 6-Metiladenina que se han relacionado con la regulacin de la expresin del DNA la 7-metilguanina y el dihidrouracilo que forman parte de la estructura de los RNA Hipoxantina y Xantina como intermediarios metablicos y productos de reaccin del DNA con sustancias mutagnicas.

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NUCLESIDOS Y NUCLETIDOS
Nuclesidos
La unin de una base nitrogenada a una pentosa da lugar a los compuestos llamados Nuclesidos.

La unin base-pentosa se efecta a travs de un enlace glicosdico, con configuracin beta () entre el carbono uno de ribosa o desoxirribosa, y un nitrgeno de las base, el 1 en las pirimidinas, y el 9 en las purinas, con la prdida de una molcula de agua. Para evitar confusiones en la nomenclatura de nuclesidos y nucletidos, los tomos de la pentosa se designan con nmeros seguidos de un apstrofe (1', 2', 3', 4' y 5'), para distinguirlos de los de la base, por lo que los enlaces de los nuclesidos se designan como (1-1) en las pirimidinas y (1-9) en las purinas. La pentosa puede ser DRibosa (D-ribofuranosa), en cuyo caso hablamos de Ribonuclesidos, o bien 2-DDesoxirribosa (Ddesoxirribofuranosa), constituyendo los Desoxirribonuclesidos.

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Los nuclesidos son ms solubles que las bases libres y los planos de la base y el azcar son perpendiculares entre si. Como el enlace glicosdico es sencillo, las bases pueden presentar dos conformaciones diferentes: anti cuando el plano de la base est alejada del plano de la pentosa syn cuando las bases estn sobre el plano de la pentosa

Los nuclesidos pricos pueden presentar ambas conformaciones, aunque la anti es ms estable; los pirimidnicos slo pueden existir en anti, porque el Oxgeno en el carbono 2 no permite que se forme la syn. Veremos en la siguiente tabla las estructuras de los distintos Ribonuclesidos. DESOXIRRIBONUCLETIDOS
Base Nuclesido

Citosina Uracilo Timina Adenina Guanina

Pirimidinas Desoxicitidina Desoxiuridina Timidina Purinas Desoxiadenosina Desoxiguanosina

Obsrvese la nomenclatura: se utiliza el sufijo -osina sobre el nombre radical de la base en el caso de las Purinas, y el sufijo -idina en el de las Pirimidinas. El Ribonuclesido de Timina recibe el nombre de Ribotimidina. Por su parte, el Ribonuclesido de Hipoxantina recibe el nombre de Inosina.

Por su parte, los Desoxinuclesidos se denominan con el prefijo desoxidelante del nombre del nuclesido. RIBONUCLESIDOS
Base Nuclesido

Pirimidinas Citosina Citidina Uracilo Uridina Timina Ribotimidina Purinas Adenina Adenosina Guanina Guanosina Hipoxantina Inosina

Se excepta el Desoxirribonuclesido de Timina, que recibe el nombre de Timidina.

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Nuclesidos modificados
En los tRNA existen en forma caracterstica, nuclesidos modificados como la Seudouridina, formada por Uracilo y Ribosa unidos a travs de un enlace (15). Tambin se encuentra un nuclesido de Timina y Ribosa, la Ribotimidina. Otro nuclesido presente en el tRNA es la Dihidrouridina, formado por Ribosa y Dihidrouracilo unidos por enlace (1-1). En el metabolismo de las bases pricas se forma un nuclesido con Hipoxantina y Ribosa llamado Inosina.

Nucletidos
Los nucletidos son los steres fosfricos de los nuclesidos. Estn formados por la unin de un grupo fosfato al carbono 5 de una pentosa. A su vez la pentosa lleva unida al carbono 1 una base nitrogenada.

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Se forman cuando se une cido fosfrico a un nuclesido en forma de in fosfato (PO43-) mediante un enlace ster en alguno de los grupos -OH del monosacrido. El enlace ster se produce entre el grupo alcohol del carbono 5 de la pentosa y el cido fosfrico. Aunque la ribosa tiene tres posiciones en las que se puede unir el fosfato (2, 3 y 5), y en la desoxirribosa dos (3 y 5), los nucletidos naturales ms abundantes son los que tienen fosfato en la posicin 5. Nucletidos con fosfato en 3 aparecen en la degradacin de los cidos nucleicos. Se nombra como el nuclesido del que proceden eliminando la a final y aadiendo la terminacin 5-fosfato, o bien monofosfato; por ejemplo, adenosn-5-fosfato o adenosn-5-monofosfato (AMP). Los nucletidos pueden formarse con cualquier nuclesido, con una nomenclatura idntica. Veamos a continuacin, a modo de ejemplo, los nucletidos de Adenosina: Adenosina Monofosfatos
Nombre sistemtico Abreviatura

Adenosina-5'-monofosfato Adenosina-3'-monofosfato Adenosina-2'-monofosfato

5'-AMP, AMP 3'-AMP 2'-AMP

Adenosina Polifosfatos
Nombre sistemtico Abreviatura

Adenosina-5'-monofosfato Adenosina-5'-difosfato Adenosina-5'-trifosfato

AMP ADP ATP Molcula de ATP (adenosn trifosfato): Es el portador primario de energa de la clula. La mayora de las reacciones metablicas que requieren energa estn acopladas a la hidrlisis de ATP.

El fosfato puede aparecer esterificado a dos grupos simultneamente. Tal es el caso de los llamados Nucletidos Cclicos. Veamos como ejemplo el Adenosina-3',5'-monofosfato cclico (cAMP), en el cual el fosfato esterifica simultneamente a los hidroxilos 3' y 5'.

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En lo que se refiere a los desoxinucletidos, la diferencia es que no pueden formarse en el carbono 2' por razones obvias (no hay grupo -OH) por lo que slo puede haber 3' y 5'-desoxinucletidos. Veremos a ttulo de ejemplo los nucletidos de las cuatro bases que forman parte del DNA:

Desoxinucletidos
Nombre sistemtico Abreviatura

Desoxiadenosina-5'-monofosfato Desoxiguanosina-5'-monofosfato Desoxicitidina-5'-monofosfato Timidina-5'-monofosfato

dAMP dGMP dCMP TMP

Adems de formar la estructura de los cidos nucleicos los nucletidos tienen otras funciones relevantes: 1. El nuclesido Adenosina tiene funciones de neurotransmisor. 2. ATP es la molcula universal para transferencia de energa; 3. UDP y el CDP sirven como transportadores en el metabolismo de glcidos, lpidos y otras molculas; 4. AMPc, GMPc y el propio ATP cumplen funciones reguladoras; 5. AMP forma parte de la estructura de coenzimas como FAD, NAD+, NADP+ y CoA. Aparte de su carcter como monmeros de cidos nucleicos, la estructura de nucletido est generalizada entre las biomolculas, y particularmente como coenzimas. Entre las ms representativas podemos nombrar: Niacina adenina dinucletido (forma reducida, NADH). Flavina Adenina dinucletido (FAD). Coenzima A (forma acetilada, Acetil-CoA). Uridina difosfato glucosa (UDPG).

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ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DEL ADN


El ADN
cido Desoxirribonucleico (ADN), material gentico de todos los organismos celulares y casi todos los virus. Es el tipo de molcula ms compleja que se conoce. Su secuencia de nucletidos contiene la informacin necesaria para poder controlar el metabolismo un ser vivo. El ADN lleva la informacin necesaria para dirigir la sntesis de protenas y la replicacin. En casi todos los organismos celulares el ADN est organizado en forma de cromosomas, situados en el ncleo de la clula. Est formado por la unin de muchos desoxirribonucletidos. La mayora de las molculas de ADN poseen dos cadenas antiparalelas (una 5-3 y la otra 3-5) unidas entre s mediante las bases nitrogenadas, por medio de puentes de hidrgeno. La adenina enlaza con la timina, mediante dos puentes de hidrgeno, mientras que la citosina enlaza con la guanina, mediante tres puentes de hidrgeno. El estudio de su estructura se puede hacer a varios niveles, apareciendo estructuras, primaria, secundaria, terciaria, cuaternaria y niveles de empaquetamiento superiores.

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Estructura Primaria

Se trata de la secuencia de desoxirribonucletidos de una de las cadenas. La informacin gentica est contenida en el orden exacto de los nucletidos. Las bases nitrogenadas que se hallan formando los nucletidos de ADN son Adenina, Guanina, Citosina y Timina. Los nucletidos se unen entre s mediante el grupo fosfato del segundo nucletido, que sirve de puente de unin entre el carbono 5' del primer nucletido y el carbono 3' de siguiente nucletido. Como el primer nucletido tiene libre el carbono 5' y el siguiente nucletido tiene libre el carbono 3', se dice que la secuencia de nucletidos se ordena desde 5' a 3' (5' 3').

Estructura Secundaria
Es una estructura en doble hlice. Permite explicar el almacenamiento de la informacin gentica y el mecanismo de duplicacin del ADN. Fue postulada por James Watson y Francis Crick. Es una cadena doble, dextrgira o levgira, segn el tipo de ADN. Ambas cadenas son complementarias, pues la adenina de una se une a la timina de la otra, y la guanina de una a la citosina de la otra. Estas bases enfrentadas son las que constituyen los Puentes de Hidrgeno. Adenina forma dos puentes de hidrgeno con Timina. Guanina forma tres puentes de hidrgeno con Citosina. Ambas cadenas son antiparalelas, pues el extremo 3 de una se enfrenta al extremo 5 de la otra. Las dos hebras estn enrolladas en torno a un eje imaginario, que gira en contra del sentido de las agujas de un reloj. Las vueltas de estas hlices se estabilizan mediante puentes de hidrgeno. Esta estructura permite que las hebras que se formen por duplicacin de ADN sean copia complementaria de cada una de las hebras existentes. - 12 -

Existen tres modelos de ADN:

ADN-B: ADN en disolucin, 92% de humedad relativa, se encuentra en soluciones con baja fuerza inica se corresponde con el modelo de la Doble Hlice. Es el ms abundante y es el descubierto por Watson y Crick. ADN-A: ADN con 75% de humedad, requiere Na, K o Cs como contraiones, presenta 11 pares de bases por giro completo y 23 de dimetro. Es interesante por presentar una estructura parecida a la de los hbridos ADN-ARN y a las regiones de autoapareamiento ARN-ARN. ADN-Z: doble hlice sinistrorsa (enrollamiento a izquierdas), 12 pares de bases por giro completo, 18 de dimetro, se observa en segmentos de ADN con secuencia alternante de bases pricas y pirimidnicas (GCGCGC), debido a la conformacin alternante de los residuos azcar-fosfato sigue un curso en zig-zag.

Estructura terciaria
El ADN presenta una estructura terciaria, que consiste en que la fibra de 20 se halla retorcida sobre s misma, formando una especie de super-hlice. Esta disposicin se denomina ADN Superenrollado, y se debe a la accin de enzimas denominadas Topoisomerasas-II. Este enrollamiento da estabilidad a la molcula y reduce su longitud. Vara segn se trate de organismos procariontes o eucariontes: a) En procariontes se pliega como una super-hlice en forma, generalmente, circular y asociada a una pequea cantidad de protenas. Lo mismo ocurre en la mitocondrias y en los plastos.

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b) En eucariontes el empaquetamiento ha de ser ms complejo y compacto y para esto necesita la presencia de protenas, como son las histonas y otras de naturaleza no histona (en los espermatozoides las protenas son las protamnas). A esta unin de ADN y protenas se conoce como Cromatina, en la cual se distinguen diferentes niveles de organizacin: Nucleosoma Collar de perlas Fibra cromatnica Bucles radiales Cromosoma.

El ADN es una molcula muy larga en algunas especies y, sin embargo, en las clulas eucariotas se encuentra alojado dentro del minsculo ncleo. Cuando el ADN se une a protenas bsicas, la estructura se compacta mucho. Las protenas bsicas son Histonas o Protamnas. La unin con Histonas genera la estructura denominada Nucleosoma. Cada nucleosoma est compuesto por una estructura voluminosa, denominada Core, seguida por un eslabn o "Linker". El core est compuesto por un octmero de protenas, Histonas, denominadas H2A, H2B, H3 y H4. Cada tipo de histona se presenta en nmero par. Esta estructura est rodeada por un tramo de ADN que da una vuelta y 3/4 en torno al octmero. El Linker est formado por un tramo de ADN que une un nucleosoma con otro y una histona H1. El conjunto de la estructura se denomina Fibra de Cromatina de 100. Tiene un aspecto repetitivo en forma de collar de perlas, donde las perlas seran los nucleosomas, unidos por los linker.

Estructura cuaternaria
La cromatina en el ncleo tiene un grosor de 300. La fibra de cromatina de 100 se empaqueta formando una fibra de cromatina de 300. El enrollamiento que sufre el conjunto de nucleosomas recibe el nombre de Solenoide. Los solenoides se enrollan formando la cromatina del ncleo interfsico de la clula eucariota. Cuando la clula entra en divisin, el ADN se compacta ms, formando los cromosomas.

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ESTRUCTURA DEL A RN
El ARN
El cido Ribonucleico se forma por la polimerizacin de ribonucletidos, los cuales se unen entre ellos mediante enlaces fosfodister en sentido 5-3 (igual que en el ADN). Estos a su vez se forman por la unin de un grupo fosfato, una ribosa (una aldopentosa cclica) y una base nitrogenada unida al carbono 1 de la ribosa, que puede ser citosina, guanina, adenina y uracilo. Esta ltima es una base similar a la timina. En general los ribonucletidos se unen entre s, formando una cadena simple, excepto en algunos virus, donde se encuentran formando cadenas dobles. Un gen est compuesto, como hemos visto, por una secuencia lineal de nucletidos en el ADN, dicha secuencia determina el orden de los aminocidos en las protenas. Sin embargo el ADN no proporciona directamente de inmediato la informacin para el ordenamiento de los aminocidos y su polimerizacin, sino que lo hace a travs de otras molculas, los ARN. Se conocen tres tipos principales de ARN y todos ellos participan de una u otra manera en la sntesis de las protenas. Ellos son: El ARN mensajero (ARNm), el ARN ribosomal (ARNr) y el ARN de transferencia (ARNt). ARN mensajero (ARNm) Consiste en una molcula lineal de nucletidos (monocatenaria), cuya secuencia de bases es complementaria a una porcin de la secuencia de bases del ADN. El ARNm dicta con exactitud la secuencia de aminocidos en una cadena polipeptdica en particular. Las instrucciones residen en tripletes de bases a las que llamamos Codones. ARN ribosomal (ARNr) Este tipo de ARN una vez trascrito, pasa al nucleolo donde se une a protenas. De esta manera se forman las subunidades de los ribosomas. ARN de transferencia (ARNt) Este es el ms pequeo de todos, tiene aproximadamente 75 nucletidos en su cadena, adems se pliega adquiriendo lo que se conoce con forma de hoja de trbol plegada. El ARNt se encarga de transportar los aminocidos libres del citoplasma al lugar de sntesis proteica. En su estructura presenta un triplete de bases complementario de un codn determinado, lo que permitir al ARNt reconocerlo con exactitud y dejar el aminocido en el sitio correcto. A este triplete lo llamamos Anticodn. - 15 -

Estructura primaria

Al igual que el ADN, se refiere a la secuencia de las bases nitrogenadas que constituyen sus nucletidos. La estructura primaria del ARN es similar a la del ADN, excepto por la sustitucin de desoxirribosa por ribosa y de timina por uracilo. La molcula de ARN est formada, adems por una sola cadena.

Estructura secundaria

La cadena simple de ARN puede plegarse y presentar regiones con bases apareadas, de este modo se forman estructuras secundarias del ARN, que tienen muchas veces importancia funcional, como por ejemplo en los ARNt (ARN de transferencia). Aunque existan zonas apareadas, los extremos 5 y 3 que marcan el inicio y el final de la molcula permanecern libres.

Estructura terciaria

Es un plegamiento complicado sobre la estructura secundaria adquiriendo una forma tridimensional.

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