Professional Documents
Culture Documents
Wykad 9
http://www.pegaz.uj.edu.pl
http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/PCK2011
Efekt fotoelektryczny
Trwao atomw Widmo emisyjne atomu wodoru Hipoteza de Brogliea dualizm korpuskularno falowy Dowiadczenie Davissona i Germera Efekt Comptona
HCN
HCN
Postulat o stanie kwantowomechanicznym Postulat: Zasada superpozycji stanw Postulat o nieodrnialnoci czstek identycznych Postulat o reprezentacji wielkoci mechanicznych Postulat o zagadnieniu wasnym Postulat o wartoci redniej
Rwnanie Schrdingera
( x) E ( x) H n n n
Rwnanie Schrdingera
Rozwizania analityczne proste ukady:
czstka swobodna; ukad czstek nieoddziaujcych; czstka w pudle potencjau; bariery potencjau oscylator harmoniczny; oscylator Morsea; rotator sztywny; atom wodoru; harmonium (atom dwuelektronowy z elektronami oddziaujcymi z jdrem potencjaem harmonicznym)
Atomy wieloelektronowe i czsteczki chemiczne - rozwizania metodami przyblionymi
Metody przyblione
O N
HY EY
Y ??????
O
O O O O O
O O O O
O O
N O N O N N N O
Metody przyblione
HY EY
Y ??????
Przyblienie adiabatyczne i Borna-Oppenheimera Zasada wariacyjna Metoda Ritza Przyblienie orbitalne Metoda Hartree-Focka Metoda SCF LCAO MO Metody ab initio i metody pempiryczne Korelacja elektronowa Metody post-HF i teoria DFT
Dane do oblicze kwantowo-chemicznych; GAMESS, ADF Geometria czasteczki; bazy funkcyjne; parametry wpywajce na dokadno ; input/output programw GAMESS, ADF
Optymalizacja geometrii
Geometria startowa
SCF rozkad gstoci
Nowa geometria
DIIS ERROR 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.000000000
INTEGRALS SKIPPED 228 228 228 228 228 228 228 228 228 228
!!!!!!!!!!
Uzyskana geometria
H
1 2 3 H O H 0.0000000 0.9895770 * 1.5163224 * 3.000
O
0.9895770 * 0.0000000 0.9895770 *
H
1.5163224 * 0.9895770 * 0.0000000
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Wspczynniki MO
3 -0.5938 A 0.449234 0.000000 0.000000 -0.612709 0.000000 0.000000 -0.449234 4 -0.4597 A -0.295174 -0.104030 0.538123 0.000000 -0.755816 0.000000 -0.295174 5 -0.3926 A 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -1.000000 0.000000
1 2 3 4 5 6 7
H O O O O O H
1 2 2 2 2 2 3
S S S X Y Z S
1 2 3 4 5 6 7
H O O O O O H
1 2 2 2 2 2 3
S S S X Y Z S
Wspczynniki MO
3 -0.5938 A 0.449234 0.000000 0.000000 -0.612709 0.000000 0.000000 -0.449234 4 -0.4597 A -0.295174 -0.104030 0.538123 0.000000 -0.755816 0.000000 -0.295174 5 -0.3926 A 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -1.000000 0.000000
1 2 3 4 5 6 7
H O O O O O H
1 2 2 2 2 2 3
S S S X Y Z S
1 2 3 4 5 6 7
H O O O O O H
1 2 2 2 2 2 3
S S S X Y Z S
Przyczynki do energii
1.0000000000
WAVEFUNCTION NORMALIZATION =
ONE ELECTRON ENERGY = TWO ELECTRON ENERGY = NUCLEAR REPULSION ENERGY =
37.9605280269 -196.3496926191 8.9050029278 -----------------TOTAL POTENTIAL ENERGY = -149.4841616645 TOTAL KINETIC ENERGY = 74.5182605095 VIRIAL RATIO (V/T) = 2.0060071269
...... PI ENERGY ANALYSIS ...... ENERGY ANALYSIS: FOCK ENERGY= -45.9103756492 BARE H ENERGY= -121.8314321096 ELECTRONIC ENERGY = -83.8709038794 KINETIC ENERGY= 74.5182605095 N-N REPULSION= 8.9050029278 TOTAL ENERGY= -74.9659009516 SIGMA PART(1+2)= -76.0476994864 (K,V1,2)= 69.4607980575 -176.4310506479 30.9225531041 PI PART(1+2)= -7.8232043930 (K,V1,2)= 5.0574624520 -19.9186419712 7.0379751261 SIGMA SKELETON, ERROR= -67.1426965586 0.0000000000 MIXED PART= 0.00000E+00 0.00000E+00 0.00000E+00 0.00000E+00 ...... END OF PI ENERGY ANALYSIS ......
Analiza populacyjna
----- POPULATIONS IN EACH AO ----MULLIKEN LOWDIN 1 H 1 S 0.83481 0.88427 2 O 2 S 1.99784 1.99629 3 O 2 S 1.84899 1.71154 4 O 2 X 1.07304 1.10071 5 O 2 Y 1.41051 1.42291 6 O 2 Z 2.00000 2.00000 7 H 3 S 0.83481 0.88427 ----- MULLIKEN ATOMIC OVERLAP POPULATIONS ----(OFF-DIAGONAL ELEMENTS NEED TO BE MULTIPLIED BY 2) 1 1 2 3 0.6263499 0.2538399 -0.0453762 2 3
7.8226930 0.2538399
0.6263499
BOND ORDER
ATOM 1 H 2 O 3 H
Optymalizacja geometrii
Eke
RXY Dwuetapowe rozwizanie rwnania Schrodingera dla molekuy: 1) Rozwizanie rwnania elektronowego dla wielu geometrii czsteczki wyznaczenie potencjau efektywnego dla ruchu jder 2) Rozwizanie rwnania dynamiki jder poruszajacych si na PES (w efektywnym potencjale od elektronw)
TS
TS Punkty charakterystyczne na PES: -minima odpowiadaj geometriom rwnowagowym (substraty, produkty reakcji chemicznych); - punkty siodowe stany przejciowe (TS) reakcji chemicznych cieki reakcji chemicznej krzywe na PES czce substraty i produkty reakcji poprzez odpowiedni TS
Optymalizacja geometrii
Geometria startowa
SCF rozkad gstoci
Nowa geometria
Optymalizacja geometrii
Problem minimum lokalnych geometria kocowa zalena od geometrii startowej
wsprzdna
TS
Optymalizacja geometrii
- metody optymalizacji, - wybr wsprzdnych
Poszukiwanie
minimum na PES
Poszukiwanie
minimum na PES
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk/|gk|
vk=-gk+bkvk-1
vk=-gk+bkvk-1
vk=-gk+bkvk-1
vk=-gk+bkvk-1
Fletcher-Keeves Polak-Ribiere Hestenes-Stiefel bk=gkTgk / gk-1Tgk-1 bk=gkT(gk - gk-1) / gk-1Tgk-1
xk+1= xk Hk-1 gk
Optymalizacja geometrii
Wybr wsprzdnych w ktrych przeprowadzana jest optymalizacja - wsprzdne kartezjaskie ( X ) lub wewntrzne ( R - macierz Z)
gXi= E / Xi
gZi= E / Ri
Xi+1
Ri+1
Optymalizacja geometrii
Wybr wsprzdnych optymalizacji Przykad: etan konformacja porednia
Gradienty we wsprzdnych kartezjaskich:
Atom X 1C 2C 3H 4H 5H 6H 7H 8H Cartesian (a.u./angstrom) Connection Numbers Y Z R Alpha Beta 0 1 1 1 1 2 2 2 0 0 2 2 2 1 1 1 Internal
(au/angstr) (a.u./radian) 0 0 0 3 4 4 4 5 0.000363 -0.000100 -0.000062 0.000024 0.000023 0.000041 0.000023 0.000013 0.000122 0.000162 -0.000067 0.000242 0.000001 0.000082 -0.000124 -0.000042 0.000202 -0.004540
----------------------------------------------------------------------------------------------0.000188 0.006039 0.002161 -0.000129 -0.004363 -0.004628 0.000090 -0.000060 0.000055 -0.000028 -0.000035 0.000018 -0.000156 -0.004163 -0.001094 0.000003 0.000239 -0.000168 0.000067 0.000040 -0.000121 0.000340 0.002304 0.003777
Optymalizacja geometrii
Wybr wsprzdnych optymalizacji Przykad: etan konformacja porednia
Gradienty we wsprzdnych kartezjaskich oraz we wsprzdnych wewntrznych:
Atom X 1C 2C 3H 4H 5H 6H 7H 8H Cartesian (a.u./angstrom) Connection Numbers Y Z R Alpha Beta 0 1 1 1 1 2 2 2 0 0 2 2 2 1 1 1 Internal (au/angstr) (a.u./radian) 0 0 0 3 4 4 4 5 0.000363 -0.000100 -0.000062 0.000024 0.000023 0.000041 0.000023 0.000013 0.000122 0.000162 -0.000067 0.000242 0.000001 0.000082 -0.000124 -0.000042 0.000202 -0.004540
----------------------------------------------------------------------------------------------0.000188 0.006039 0.002161 -0.000129 -0.004363 -0.004628 0.000090 -0.000060 0.000055 -0.000028 -0.000035 0.000018 -0.000156 -0.004163 -0.001094 0.000003 0.000239 -0.000168 0.000067 0.000040 -0.000121 0.000340 0.002304 0.003777
Optymalizacja geometrii
Wybr wsprzdnych optymalizacji Przykad: propylen CH2=CH-CH3 niepaskie ugrupowanie olefinowe
CH3
Atom X 1C 2C 3H 4H 5H 6C 7H 8H 9H
(au/angstr) (a.u./radian) 0 0 2 1 1 2 1 1 1 0 0 0 3 3 4 2 7 7 0.000251 -0.000056 0.000120 -0.000017 0.000001 0.000075 -0.000103 -0.000233 0.000000 -0.000403 -0.000398 0.026071 0.000021 0.000060 -0.000036 -0.000068 -0.000092 0.000036 -0.000020 0.000028 -0.000060
----------------------------------------------------------------------------------------------0.004453 -0.012848 -0.021160 -0.003778 0.013119 -0.026014 -0.000086 -0.000102 -0.000047 0.004576 -0.006522 0.027103 -0.000246 -0.000017 -0.000009 0.003906 0.006348 0.019993 -0.000044 -0.000036 0.000084 0.000047 0.000106 0.000018 0.000078 -0.000047 0.000032
----------------------------------------------------------------------------------------------
Optymalizacja geometrii
Wybr wsprzdnych optymalizacji Przykad: propylen CH2=CH-CH3 niepaskie ugrupowanie olefinowe
CH3
Atom X 1C 2C 3H 4H 5H 6C 7H 8H 9H
----------------------------------------------------------------------------------------------
Optymalizacja geometrii
Wybr wsprzdnych w ktrych przeprowadzana jest optymalizacja - wsprzdne kartezjaskie ( X ) lub wewntrzne ( R - macierz Z)
gXi= E / Xi
gZi= E / Ri
Xi+1
Ri+1
- ktre wybra?
R1,2 R1,3 R1,4 R1,5 ... R1,N R2,3 R2,4 R2,5 ... R2,N ... RN-1,N
P. Pulay, G. Fogarasi, F. Pang, and J. E. Boggs, J . Am. Chem. Soc., 101, 2550 (1979 P. Pulay and G. Fogarasi, J . Chem. Phys., 96, 2856 (1992). G. Fogarasi, X. Zhou, P. Taylor, and P. Pulay, 1. Am. Chem. Soc., 114, 8191 (1992) J. Baker, J. Comp. Chem., 14, 1085 (1993) C. Peng, P.Y.Ayala, H.B. Schlegel, M.J.Frisch, J. Comp. Chem. 17, 49 (1996)
(NZVAR=0)
Analiza konformacyjna
CH3CH2----CH2CH3
RHF/3-21G 12 10
E [kcal/mol]
CH3
H3C CH3
CH3
CH3 CH3
8 6 4 2
CH3
CH3
-30
30
60
90
kt torsyjny
CH3CH2----CH2CH3
Pena optymalizacja geometrii dla punktw na zboczach RHF/3-21G doprowazi do znaleziema minimw.
12 10
E [kcal/mol]
CH3
H3C CH3
CH3
CH3 CH3
8 6 4 2
CH3
CH3
-30
30
60
90
kt torsyjny
CH3CH2----CH2CH3
12 10
Wymagana jest optymalizacja z wizami, tj. dla kadej RHF/3-21G wartosci kata torsyjnego - optymalizacja pozstaych wsprzdnych, poza tym ktem torsyjnym
CH3
H3C CH3
E [kcal/mol]
CH3
CH3 CH3
8 6 4 2
CH3
CH3
-30
30
60
90
kt torsyjny
- grupa $STATPT: Sowo kluczowe IFREEZ(1)=n,m,k....; gdzie n,m,k numer kolejny elementu macierzy Z
1 rCH 1 rCH
2 aHCH
np.
CONSTRAINTS DIST 7 5 1.330 end CONSTRAINTS ANGLE 8 3 1 109.5end
np. Zakres zmian Constraints angle 2 1 3 start=100.0 end=120.0 End Geometry Transit 5 Optim Deloc End
np. Constraints Lista wartoci dist 7 5 1.3 1.6 1.65 1.9 2.0 End Geometry Transit 5 Optim Deloc End
E [kcal/mol]
kt torsyjny
1
2 0
2 4 1 6 3 5
8 10 7 12 9 11
2 4 1 6 3 5
8 10 7 12 9 11
Zaomy e: - atom 8 zdefiniowany jest wzgldem atomw 7 6 4 - atom 9 wzgldem 7 6 4 wtedy: zmiana kta 8 7 4 6 o warto +d pociga za sob konieczno zmiany kta 9 7 6 4 rwnie o +d W przeciwnym wypadku piercie 7-8-10-12-11-10 zostanie zdeformowany! (atom 9 pozostanie w tej samej pozycji)
2 3 1 6 5 4
8 9 7 10 1211
W tym przypadku pomocna jest zmiana numeracji atomw: - atom 8 zdefiniowany jest teraz wzgldem atomw 7 4 3 - atom 12 (poprzedni 9) wzgldem 11 10 9 Zmiana kta 8 7 4 3 o warto +d Powoduje obrt piercienia bez jego deformacji oraz bez koniecznoci zmian innych ktw.
W przypadku zwizkw acyklicznych rwnie moliwy jest taki wybr macierzy Z, aby obrotu wok wybranego wizania dokonywa poprzez zmian tylko jednego kta Aby to osign naley unika definicji innych ktw poprzez wizanie wok ktrego obracamy.
Przykad:
Obrt dookoa zaznaczonego wizania moliwy jest poprzez zmian kta 9-8-2-1. Jednak przyjta numeracja atomw spowoduje, e zmiana kta 9-8-2-1 pociga za sob konieczno zmiany ktw 10-8-2-1 oraz 11-8-2-1 (o t sam warto) 3 4 5 6 1 2 8 10 7 a
11
Przykad (cd.):
Problem przestanie istnie przy przedstawionej poniej numeracji atomw, jeli atom 4 zdefiniowany zostanie np. wzgldem 3,2,1 A atomy 11 i 12 wzgldem 3, 4, 5. Wwczas obrotu wok wizania 3-2 dokona mona poprzez zmian wycznie kta 4-3-2-1. 9 10 6 1 a 4 7 2 3 5 8 11 12 13 14
Przykad (cd.):
UWAGA! Przy identycznej numeracji atomw problem pojawi si jeli atom 4 zdefiniowany zostanie np. wzgldem 3,2,1 ale atomy 11 i 12 np. take wzgldem 3, 2, 1 !. Wwczas obrotu wok wizania 3-2 dokona mona poprzez zmian kta 4-3-2-1, ale trzeba zadba o zmian ktw 11-3-2-1 i 12-3-2-1. 9 10 6 1 a 4 7 2 3 5 8 11 12 13 14
Podsumowujc, dokonujc obrotu wok wybranego wizania naley dwie grupy atomw, ktre ono rozdziela (grupa A i grupa B) zdefiniowa niezalenie, tj. tak aby tylko jeden atom z grupy B by zdefiniowany z uyciem kta torsyjnego zwizanego z obrotem wok wybranego wizania.
wizanie
Grupa A
Grupa B
Analiza konformacyjna
X-(CH2)n----(CH2)mY
W oglnym przypadku obrt wok kadego wizania pojedynczego daje trzy nierwnocenne konformacje naprzemianlege
CH2-X Y-H2C CH2-X CH2-X CH2-Y
Y-H2C
Analiza konformacyjna
Y-H2C
Analiza konformacyjna
CH2-X
CH2-X
CH2-Y
Y-H2C
Analiza konformacyjna
Y-H2C
Analiza konformacyjna
Y-H2C
Analiza konformacyjna
Problem znalezienia minimum globalnego - optymalizacja geometrii wystartowana z okolic jednego z wielu minimw lokalnych zakoczy si uzyskaniem struktury tego minimum lokalnego
Analiza konformacyjna
Problem znalezienia minimum globalnego - optymalizacja geometrii wystartowana z okolic jednego z wielu minimw lokalnych zakoczy si uzyskaniem struktury tego minimum lokalnego
W wielu ukadach mona a priori wyeliminowa szereg konformacji, ale czsto ilo minimw jest tak wielka, e problem jest nierozwizywalny
Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
czna liczba atomw: 75
Standardowa molekua testowa dla modeli struktury biaek.
Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
O O N O N N O N N O O O S
Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
22
O1
21
2
N
3 4
O N6 O
20
19 18
O O N 17
8 7
N
10 9
O
N 12
16
11
13 15 14
23
Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
22
O1
21
2
N
3 4
O N6 O
20
19 18
O O N 17
8 7
N
10 9
O
N 12
16
11
13 15 14
23
Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
22
O1
21
2
N
3 4
O N6 O
20
19 18
O O N 17
8 7
N
10 9
O
N 12
16
11
13 15 14
23
Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
22
O1
21
2
N
3 4
O N6 O
20
19 18
O O N 17
8 7
N
10 9
O
N 12
16
11
13 15 14
23
323 = 94 143 178 827 Zak. 1sek. na konformacj - czas oblicze: 2985 lat !
60 50 40 30 20 10 0 0-40 5160 7180 91- 111- 131- 151- 171100 120 140 160 180 1400 1200 1000 800 600 400
E < 1 kcal/mol
E < 3 kcal/mol
200 0 0-40 5160 7180 91- 111- 131- 151- 171100 120 140 160 180
E
< 1 kcal /mol < 2 kcal/mol < 3 kcal/mol
Liczba konformerw
11 69 262
Przeszukiwanie systematyczne
t1 t2
t3
t4 t1 t2 t3 t4 t5 t6 t7
t5 t6
t7
t1 t2 t3 t4 t5 t6 t7
t1 t2 t3 t4 t5 t6 t7
itd.
Przeszukiwanie systematyczne
t1 t2
t3
t4 t1 t2 t3 t4 t5 t6 t7
t5 t6
t7
t1 t2 t3 t4 t5 t6 t7
t1 t2 t3 t4 t5 t6 t7
itd..
Przeszukiwanie systematyczne
t1 t2
t3
t4
t5 t6
t7
Przeszukiwanie systematyczne
konformacje niedopuszczalne
np.
Przeszukiwanie systematyczne
CH3CH2CH2CH2CH2 CH3 t1 t2 d = -120o
33 = 27 konf.
t3
t1
180o
60o
t2
t3
180o
60o
-60o
180o
60o
180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 60 60 60 60 60 o o o o o o 180 o -60 180 o -60 180 o -60 180o o -60o 60 60 60 60
Przeszukiwanie systematyczne
t1 t2 t3 t2 t5
t4
t6 t4
t7
t3
d = -120o
37 = 2187 konf.
t5
180o
60o
t6
t7
180o
60o
-60o
180o
60o
180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 60 60 60 60 60 o o o o o o 180 o -60 180 o -60 180 o -60 180o o -60o 60 60 60 60
Przeszukiwanie systematyczne
t2 t3
d = -120o t5
t4
180o
60o
t6
t7
180o
60o
-60o
180o
60o
180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 180o o -60o 60 60 60 60 60 o o o o o o 180 o -60 180 o -60 180 o -60 180o o -60o 60 60 60 60
Przeszukiwanie systematyczne
Ukady cykliczne: problem z otwarciem piercieni
Przeszukiwanie systematyczne
mao efektywne dla duych ukadw przeszukiwana przestrze konformacyjna ograniczona ze wzgldu na zaoon rozdzielczo zmiana rozdzielczoci przeszukiwania wymaga powtrnego przejcia przez poprzednio zgenerowane konformacje kolejne generowane konformacje nieznacznie rne
Przeszukiwanie systematyczne
Metoda SUMM [Gooman, Still 1991)]
(Systematic unbounded multiple minimum) Punktem wyjcia jest jedno ze znalezionych minimw (wybierana w oparciu o tzw. uniform usage protocol) Sekwencja zmian ktw torsyjnych inna ni w systematycznym podejciu klasycznym, np. (0,0,0,0), (120,0,0,0), (120,120,0,0), (120,120,120,0) itd.
HO
N H N H
HO
N H N H
O N H
HO
N H
N H
Metoda drga normalnych Low Mode Search (LMS) [Kollosovary, Guida 1996]
Przeszukiwanie w oparciu o analiz drga normalnych: systematyczne przesuniecie w kierunku wyznaczonym przez drgania o niskiej czstoci, a do przejcia przez barier
Przeszukiwanie losowe
Random Search
zmiana losowa wsprzdnych kartezjanskich lub ktw torsyjnych
Przeszukiwanie losowe
Wybr struktury startowej do kolejnej iteracji: ostatnia wygenerowana konformacja losowa wybrana spord poprzednio uzyskanych struktura o najniszej energii spord poprzednio uzyskanych
Przeszukiwanie losowe
umoliwia eksploracj rnych obszarw przestrzeni konformacyjnej ju w maej liczbie krokw
moliwe jest powtrne generowanie struktur ju przebadanych niezdefiniowany koniec przeszukiwania
Dynamika molekularna
Struktury do minimalizacji wybrane z trajektorii MD (500K 1000K)
Deformacje PES
metoda rwna dyfuzji [Piela, Kostrowicki, Scheraga, 1989] metoda skalowania odlegloci [Piela, Pillardy 1997]
Chromosom ludzki w stadium metafazy [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Algorytmy genetyczne
Algorytmy genetyczne
Algorytmy genetyczne
Algorytmy genetyczne
Algorytmy genetyczne
Algorytmy genetyczne
Algorytmy genetyczne
Rekombinacja
CTTGCTATTGACACTGAAGAAGAAGAA
ACGTTGACTACATTACGTTGAGTCCTAC
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
CTTGCTATTGACACTGAAGAAGAAGAA
ACGTTGACTACATTACGTTGAGTCCTAC
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
CTTGCTATTGACACTGAAGAAGAAGAA ACGTTGACTACATTACGTTGAGTCCTAC
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
Tetrada w stadium profazy I podz. Mejotycznego; X-chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
Tetrada w stadium profazy I podz. mejotycznego; X: chiazmy powstae na skutek wymiany fragmentw DNA (crossing-over) [Solomon, Berg,Martin, Vilee Biologia, Multico, 1996]
Rekombinacja
chromosomy macierzyste CTTGCTATTGACACTGAAGAAGAAGAA ACGTTGACTACATTACGTTGAGTCCTAC
chromosomy potomne
Mutacja
Mutacja
Mutacja
Mutacja
chromosom macierzysty
chromosom potomny
Koniec
t1 t2
t3
t5
t4
t6
t7
5.625
11.25 16.875 22.5 28.125
AAC
AAG AAT ACA ACC
t1 t2
t3
t5
t4
t6
t7
chromosom:
TTG CGC ACG AGC GAA TCA
..................................
348.75
354.375
TTG
TTT
t1
t2
t3
t4
t5
t6
t7
5.625
11.25 16.875 22.5 28.125
AAC
AAG AAT ACA ACC GAA 180o GAA 180o GAA 180o GAA 180o GAA 180o GAA 180o GAA 180o
..................................
348.75
354.375
TTG
TTT
CAA 90o
GAA 180o
CAA 90o
GAA 180o
CAA 90o
GAA 180o
CAA 90o
11.2 * 10-4
0.0 10.8 * 10-4 3.0 * 10-4 0.3 * 10-4 0.0 10.4 * 10-4
TCCATAGTTACAGATATTCAA
ATCCGCCGAACTCTTTTGTAC GGAGCTTTCAGAGATCGTGCT CGACCATCACTCTTACAGTCG ATATAATCTTCTTACTTCCAT AGGAGAAATGTAACCCGGTAT GCTAGCGTTGACAATTTGACA AGATGATTGGTACAACACTGT
0.292
0.000 0.286 0.080 0.009 0.000 0.273
TCCATAGTTACAGATATTCAA
ATCCGCCGAACTCTTTTGTAC GGAGCTTTCAGAGATCGTGCT CGACCATCACTCTTACAGTCG ATATAATCTTCTTACTTCCAT AGGAGAAATGTAACCCGGTAT GCTAGCGTTGACAATTTGACA AGATGATTGGTACAACACTGT
0.292
0.000 0.286 0.080 0.009 0.000 0.273
CGACCATCTTCTTACTTCCAT ATATAATCACTCTTACAGTCG
Funkcja przystosowania
[*104]
25
30
40
50
Algorytmy genetyczne
Reprezentacja chromosomu
Zmiennoprzecinkowa Czwrkowa literowa Czwrkowa Binarna
0.0
5.625 11.25 16.875
AAA
AAC AAG AAT
000
001 002 003
000
001 010 011
22.5
28.125
ACA
ACC
010
011
100
101
.................................
Algorytmy genetyczne
Reprezentacja chromosomu
Zmiennoprzecinkowa Czwrkowa literowa Czwrkowa Binarna Kod Graya
0.0
5.625 11.25 16.875
AAA
AAC AAG AAT
000
001 002 003
000
001 010 011
000
001 011 010
22.5
28.125
ACA
ACC
010
011
100
101
110
111
....................................................................
Algorytm genetyczny jest przykadem procedury uywajcej wyboru losowego jako przewodnika w prowadzeniu wysoce ukierunkowanego poszukiwania w zakodowanej przestrzeni rozwiza
D.E. Goldberg, Algorytmy genetyczne i ich zastosowania, WNT, 2003
60 50 40 30 20 10 0 0-40 5160 7180 91- 111- 131- 151- 171100 120 140 160 180 1400 1200 1000 800 600 400
E < 1 kcal/mol
E < 3 kcal/mol
200 0 0-40 5160 7180 91- 111- 131- 151- 171100 120 140 160 180
Metoda
(parametryzacja MM2)
m.in. porwnanie metody LMS z SUMM dla cykloheptadekanu czna liczba konformerw (E < 3 kcal/mol): Czas oblicze: SUMM LMS 186.6 ks 93.4 ks 262
czna liczba konformerw (E < 3 kcal/mol): 262 (parametryzacja MM2) 134 (parametryzacja MM3)
c.d.n.