GLI ACIDI NUCLEICI Gli acidi nucleici sono i polimeri responsabili di tutte le caratteristiche dei sistemi viventi, compresa

la specificit delle proteine. I monomeri degli acidi nucleici si chiamano nucleotidi. Esistono due tipi di acidi nucleici: il DNA e l'RNA. La prima sigla sta per acido deossiribonucleico; la seconda per acido ribonucleico. Il DNA il depositario dellinformazione genetica che viene trascritta (cio copiata) in molecole di RNA. LRNA contiene il codice per sintetizzare specifiche proteine. DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA: DNA RNA PROTEINA Il cosiddetto dogma centrale della biologia molecolare il principio secondo il quale il flusso dell'informazione genetica monodirezionale e parte dagli acidi nucleici per arrivare alleproteine. In questo processo sono identificabili tre punti: l'informazione genetica conservata nel DNA, che viene trasformato sotto forma di RNA, il quale viene successivamente tradotto in proteine, la forma "operativa" dell'informazione contenuta nel genoma. Trascrizione: processo enzimatico attraverso il quale linformazione genetica contenuta nel DNA viene riprodotta in una sequenza complementare di RNA. Avviene allinterno del nucleo. Traduzione: Processo mediante il quale linformazione genetica presente in una molecola di mRNA viene tradotta dal linguaggio degli acidi nucleici (sequenza di nucleotidi) al linguaggio delle proteine (sequenze di amminoacidi) nel processo di sintesi proteica. Avviene allesterno del nucleo, nel citoplasma. (Il processo di sintesi proteica ha inizio con l'arrivo dell'RNA messaggero sul ribosoma, al primo codone letto sul filamento di RNA messaggero viene appaiato l'RNA trasportatore che possiede le basi complementari del primo codone. Sull'RNA messaggero legato l'amminoacido corrispondente a tale codone che viene cos deposto come primo amminoacido della catena peptidica. Successivamente verr letto il secondo codone e deposto il secondo amminoacido, fino al completamento della sintesi della proteina.) Ogni nucleotide una struttura complessa originata dall'unione di tre molecole: un derivato dell'acido fosforico, chiamato gruppo fosfato; uno zucchero a 5 atomi di carbonio, che pu essere il deossiribosio o il ribosio; una molecola contenente azoto, chiamata base azotata. Uno zucchero pentoso uno zucchero la cui molecola costituita da 5 atomi di carbonio. La base azotata legata al carbonio 1 dello zucchero pentoso, mentre il gruppo fosfato legato al carbonio 5 che esterno allanello dello zucchero. I nucleotidi si legano tra loro medianti legami fosfodiesterici che collegano il C3 del pentoso di un nucleotide al C5 del nucleotide successivo. In questo modo lacido fosforico impiega due dei suoi tre gruppi acidi nel legame fosfodiesterico 3-5. Il gruppo acido restante conferisce alla molecola di acido nucleico particolari propriet acide. Lo zucchero pentoso il ribosio nellRNA e il deossiribosio nel DNA. La differenza tra i due che al deossiribosio manca lossigeno legato al C2. Le basi azotate si chiamano cos perch contengono molti atomi di azoto e possono essere di due tipi: purineo pirimidine. BASI AZOTATE PURINE PIRIMIDINE Formate da due anelli Formate da un solo anello condensati che derivano da che deriva da una molecola una molecola detta purina detta pirimidina 1. ADENINA (DNA-RNA) 2. GUANINA (DNA-RNA) 1. CITOSINA (DNA-RNA) 2. TIMIDINA (DNA) 3. URACILE (RNA)
trascrizione traduzione

Caratteristiche del DNA sono ADENINA, GUANINA, CITOSINA e TIMIDINA. Caratteristiche dellRNA sono invece ADENINA, GUANINA, CITOSINA e URACILE. ATP (adenosintrifosfato): un particolare nucleotide con tre acidi fosforici, uniti tra loro con legami ad alto contenuto energetico. Infatti questa una molecola fondamentale per la cellula perch rappresenta la principale forma di accumulo di energia. ADP (adenosina difosfato): un nucleotide, solitamente derivante dall'adenosina trifosfato (o ATP) per perdita di un gruppo di fosfato con conseguente liberazione di energia. Esso avviene a causa dei legami instabili tra il secondo gruppo fosfato ed il terzo dell'ATP che si possono rompere facilmente nella cellula con l'aiuto di un enzima. L'ADP prodotto grazie ad una reazione esoergonica e esso viene poi riutilizzato dalla cellula per ricreare l'ATP con una reazione endoergonica. AMP (adenosina monofosfato): nucleotide costituito da adenosina esterificata. Pu derivare dalla idrolisi dell'ATP, per liberazione di una molecola di acido pirofosforico. Esercita una azione inibitrice su diversi enzimi. AMPc (adenosina monofosfato ciclico): un secondo messaggero importante in molti processi biologici ed un derivato dalladenosina trifosfato (ATP). utilizzato per la trasmissione del segnale intracellulare in molti organismi. Secondo il modello di Watson e Crick la struttura del DNA rappresentata da una doppia elica formata da due catene polinucletoidiche. Le due catene sono antiparallele: i legami 3-5 fosfodiesterici sono rivolti in direzione opposta. Questo vuol dire che se una catena inizia con il C3 libero e finisce con il C5 libero, laltra catena disposta in modo contrario. Le due catene sono unite tra loro mediante legami a idrogeno che si instaurano tra le basi complementari. Le uniche coppie tra le quali possibile il legame sono A-T e C-G. Nel DNA ci sono eguali quantit di adenina e timina (A=T) e eguali quantit di guanina e citosina (G=C). Tra A e T si instaurano due legami a idrogeno mentre tra C e G se ne formano tre, quindi la coppia C-G pi stabile. A=T CG Le due catene possono essere separate tra loro rompendo il legame a idrogeno tra le coppie di basi. Questo pu essere fatto mediante riscaldamento o uso di reagenti chimici (DENATURAZIONE DEL DNA). Dopo la denaturazione si pu riottenere la conformazione a doppia elica lasciando raffreddare lentamente il DNA, in modo che le basi possano riappaiarsi (APPAIAMENTO DEL DNA). La struttura dellRNA simile a quella del DNA, tranne che per la presenza del ribosio invece del deossiribosio e delluracile invece della timina. Inoltre LRNA costituito da una catena singola. Ma le molecole di RNA, avendo estese regioni complementari allinterno di una stessa catena, spesso si ripiegano e tra le basi della catena si instaurano legami a idrogeno, formando delle anse a forcina. Ci sono tre tipi di RNA: 1. RNA messaggero (mRNA): copia linformazione genetica da un tratto di DNA e la trasporta sui ribosomi. 2. RNA transfer (tRNA): ha la funzione di interprete durante la traduzione. Trasferisce gli aminoacidi al ribosoma per formare la proteina. 3. RNA ribosomico (rRNA): rappresenta l80% dellRNA cellulare. Non codifica direttamente le proteine, ma il componente essenziale (circa i due terzi) dei ribosomi, macchine catalitiche che provvedono all'assemblaggio delle proteine, presenti in tutte le cellule viventi. Tutti e tre i tipi di RNA servono per la SINTESI PROTEICA, ovvero il processo biochimico attraverso il quale l'informazione genetica contenuta nel mRNA, viene convertita in proteine che svolgono nella cellula un'ampia gamma di funzioni.
DNA Due catene polinucleotidiche che formano una doppia elica Pentoso: deossiribosio Basi azotate: adenina, citosina, guanina, timina RNA Una sola catena polinucleotidica Pentoso: ribosio Basi azotate: adenina, citosina, guanina, uracile

DUPLICAZIONE DEL DNA La duplicazione del DNA di verifica durante la fase S del ciclo cellulare. Come altre reazioni biochimiche cellulari, la duplicazione del DNA necessita di un gran numero di enzimi differenti, ognuno specifico nel catalizzare una particolare fase del processo. La duplicazione del DNA inizia sempre da una specifica sequenza di nucleotidi, detta punto di origine della duplicazione, che richiede particolari proteine di attivazioni ed enzimi (per esempio le elicasi) che spezzino i legami a idrogeno che tengono unite le basi azotate complementari, aprendo la doppia elica in modo che la duplicazione possa iniziare. Una volta separati i due filamenti, altre proteine si attaccano ai singoli filamenti per tenerli separati. In questo modo si rende possibile la fase successiva della duplicazione, ossia leffettiva sintesi del nuovo filamento, che catalizzata da un gruppo di enzimi noti come DNA-polimerasi (che verr fatta atterrare dalla zona operatore). La regione in cui avviene la sintesi p detta bolla di duplicazione. A entrambe le estremit della bolla la molecola forma una struttura nota come forcella di duplicazione. La duplicazione viene definita bidirezionale perch avviene in due direzioni opposte rispetto al punto di origine. Quando si completata la sintesi dei nuovi filamenti del DNA, le due catene a doppio filamento si separano in due nuove doppie eliche costituite ciascuna da un filamento vecchio e da uno nuovo, per questo la duplicazione di dice semi-conservativa. La DNA-polimerasi catalizza solo lallungamento unidirezionale di una catena, cio pu aggiungere nucleotidi solo allestremit 3 ma non allestremit 5. La DNA-polimerasi pu catalizzare laggiunta di nucleotidi allestremit 3 di una catena esistente ma non in grado di iniziare una nuova catena. Per iniziarla , infatti, necessario un innesco o primer (sintetizzati dallenzima primasi, che inoltre catalizza la formazione di una breve catena di RNA) cui aggiungere (allestremit 3) i nucleotidi in sequenza. N.B. la primasi a differenza della DNA-polimerasi capace di dare inizio ad una catena. I frammenti di Okazaki sono dei brevi frammenti di DNA a lunghezza variabile da alcune centinaia (negli eucarioti) ad alcune migliaia di nucleotidi (nei procarioti), e si formano nel corso della replicazione del DNA per garantire che la sintesi del nuovo filamento (detto lento, come vedremo in seguito) proceda sempre nelladirezione 5'-3'. Come si formano i frammenti di Okazaki? Dal momento che la sintesi del DNA pu avvenire solo in direzione 53 e che l'origine di replicazione (rappresentato da una specifica sequenza di nucleotidi) non si trova mai all'estremit 5' o 3' (motivo per cui si forma la cosiddetta bolla replicativa), solo uno dei due filamenti appartenenti alla stessa corsia, detto filamento guida (o filamento leader, filamento veloce o, in inglese, leading strand), pu essere sintetizzato in maniera continua, utilizzando un unico innesco. Laltro filamento, invece, chiamato filamento in ritardo (detto anche filamento lento o lagging strand in inglese), deve essere sintetizzato in direzione opposta al leading (in direzione 3'- 5'), sotto forma di piccoli frammenti discontinui, definiti appunto frammenti di Okazaki. Per tale motivo, in realt, il filamento tardivo dunque composto da diversi filamenti, la cui sintesi inizia vicino alla forca replicativa a partire da un innesco (in inglese primer) da parte dell'enzima DNA polimerasi. Il primer verr poi rimosso dall'enzima RNAsi e sostituito con DNA da parte della DNA polimerasi. Il frammento viene poi legato al frammento successivo da parte della DNA ligasi tramite un legame fosfodiesterico per creare una catena di DNA continua. Altra funzione della DNA-polimerasi: PROOFREADING Unaltra funzione della DNA-polimerasi quella di correzione della lettura. Durante la sintesi possono avvenire alcuni errori, come per esempio laggiunta di un nucleotide sbagliato al filamento in costruzione; in questo caso il nucleotide aggiunto non sarebbe complementare al nucleotide del filamento stampo. Se si verifica quindi un errore la DNA-polimerasi inverte la propria direzione di marcia, rimuove i nucleotidi fino a che incontrano un nucleotide correttamente appaiato. A questo punto lenzima riprende a muoversi in avanti

aggiungendo nucleotidi al filamento in crescita. Questa funzione garantisce una precisa duplicazione del DNA. EUCARIOTI E PROCARIOTI: Gli eucarioti sono gli organismi viventi uni o pluricellulari costituiti da cellule dotate di nucleo, distinti dai procarioti, le cui cellule procarioti, sono prive di nucleo ben differenziato. I procarioti sono un sistema monorepliconico, gli eucarioti polirepliconico. Negli eucarioti lmRNA monocistronico. Questo indica che esso porta l'informazione per un solo gene. Nei procarioti, invece l'mRNA molto spesso policistronico e cio porta l'informazione per pi geni. Ribosoma: Organulo cellulare privo di membrana, presente sia negli eucarioti sia nei procarioti,che prende parte alla sintesi proteica realizzando il processo di traduzione. Polisoma: Complesso costituito da un mRNA unito a due o pi ribosomi; il polisoma permette di sintetizzare contemporaneamente molte copie di uno stesso polipeptide. Plasmide: Particella di DNAcircolare a doppia elica, molto pi piccola del cromosoma, che porta uno o pi geni capaci di conferire ulteriori funzioni a un organismo procariote. Generalmente i plasmidi sono presenti allinterno della cellula batterica in copie multiple. Gene: polipeptide (singola catena dio aminoacidi), unit di informazione genetica ereditaria. una sequenza di DNA che pu essere trascritta in RNA messaggero e tradotta in una proteina. PRODUZIONE DI RNA: PROCESSO DI TRASCRIZIONE Ogni molecola di mRNA viene assemblata a parte da uno dei due filamenti del DNA. Anche ogni molecola di RNA ha unestremit 5 e una 3. I nucleotidi si aggiungono alla catena di RNA in via di formazione a partire dallestremit 3. Il processo di sintesi dellRNA, conosciuto come trascrizione, ha il compito di trascrivere il messaggio contenuto nel DNA in una molecola di RNA complementare. La trascrizione catalizzata dallenzima RNA-polimerasi (questo a differenza del DNA-polimerasi non si auto corregge); nel punto di attacco, il DNA si apre e i due filamenti continuano a separarsi. I nucleotidi sono assemblati nellRNA in direzione da 5 a 3. Quando ha concluso il suo compito, lmRNA si scompone nei nucleotidi che lo costituiscono, i quali poi saranno di nuovo disponibili per la sintesi di altre molecole di mRNA. Per linizio della trascrizione di un gene sul DNA nellRNA messaggero a esso complementare la sequenza nucleotidica del PROMOTORE funge da sito di legame. MATURAZIONE DELLmRNA: La maturazione dell'mRNA una serie di processi chimici che trasformano una molecola di premRNA (trascritto primario) in mRNA. La maturazione dell'mRNA differisce molto tra gli eucarioti ed i procarioti. L'mRNA procariotico gi maturo dopo la trascrizione e non richiede di essere controllato, tranne che in alcuni casi. Il pre-RNA eucariotico invece richiede diversi passaggi. Le tappe della maturazione sono: 1. Splicing: Lo splicing il processo mediante il quale il pre-mRNA viene modificato per la rimozione di alcuni tratti di sequenze non codificanti chiamate introni; i tratti restanti che includono le sequenze per la codifica delle proteine sono chiamati esoni. A volte le informazioni portate dall'mRNA possono essere "montate" in modi diversi, permettendo ad un singolo gene di codificare per diverse proteine. Questo processo chiamato splicing alternativo. 2. Capping: Il capping una delle tappe di maturazione del pre-mRNA a mRNA che consiste nell'aggiunta di un "cappuccio" di 7-metil guanosina al residuo 5-terminale della catena con un insolito legame 5,5' trifosfato (condensazione di una molecola di GTP - nucleotide incorporato nella catena di RNA - con il trifosfato dell'estremit del trascritto e metilazione in posizione 7). Questa modificazione importante per il riconoscimento e l'aggancio appropriato dell'mRNA al ribosoma. Pu essere importante anche per altri processi essenziali, come lo splicing ed il trasporto. In oltre questa modificazione rende pi stabile l'mRNA.

3. Poliadenilazione: La poliadenilazione il legame covalente di un filamento di adenina ad una molecola di RNA messaggero. Negli organismi eucarioti, la poliadenilazione il meccanismo mediante il quale la maggior parte delle molecole di mRNA vengono completate. La coda di poliA all'estremit 3' terminale aiuta la stabilit dell'mRNA. La poliadenilazione importante anche per la terminazione della trascrizione e la traduzione. (CODA POLI A: coda di adenine che viene aggiunta al 3' di un RNA messaggero.Questa lunga coda di adenine serve per prevenire - o meglio, per ritardare - l'attacco dell'mRNA da parte delle RNasi presenti nella cellula che altrimenti lo degraderebbero velocemente, senza dare possibilit di traduzione) Codice genetico: Linguaggio degli acidi nucleici, basato su sequenze di triplette di nucleotidi (codoni) che codificano amminoacidi specifici nel processo di traduzione dellmRNA in proteine; il codice genetico degenerato, cio un amminoacido codificato da pi triplette. Codone: Unit di base del codice genetico costituita da una combinazione di tre nucleotidi (tripletta) che si trovano adiacenti in una molecola di DNA o mRNA e che codificano uno specifico amminoacido. CODONI DI STOP: UAA, UAG, UGA CODONE DI START: AUG ORF (OPEN READING FRAME): sequenza di DNA che non contiene codoni di stop. MODIFICAZIONE DELLE PROTEINE: 1. 2. 3. 4. Attacco alla proteina di gruppi non proteici. Fosforilazione: Reazione chimica che trasferisce un gruppo fosfato su una molecola. Glicosilazione: Aggiunta di zuccheri (una catena o singoli carboidrati) alla catena peptidica. Proteolisi: Una proteina viene tagliata

Apparato di Golgi: Organulo delle cellule eucariote costituito da quattro o pi sacchi appiattiti chiamati cisterne. Funziona come centro di elaborazione, imballaggio e distribuzione di proteine complesse, glicoproteine o lipoproteine destinate alle membrane cellulari e ad altri organuli,o secrete allesterno della cellula che le produce per raggiungere altri tessuti del corpo. Reticolo endoplasmatico: Organulo cellulare formato da un sistema di membrane connesse tra di loro; il reticolo partecipa al trasporto di sostanze allinterno della cellula e alla loro eventuale rielaborazione. Esistono due tipi di reticolo endoplasmatico: liscio e rugoso. Sulla superficie esterna di quello rugoso sono presenti i ribosomi. L'ubiquitina una piccola proteina regolatoria, ubiquitaria negli eucarioti. Con il termine di ubiquitinazione ci si riferisce alla modificazione post-traduzionale di una proteina dovuta al legame covalente di uno o pi monomeri di ubiquitina. Tale legame porta, solitamente, alla degradazione della proteina stessa. Con il termine espressione genica si intende il processo attraverso cui l'informazione contenuta in un gene (costituita di DNA) viene convertita in una macromolecola funzionale (tipicamente una proteina). Gene costitutivo (Housekeeping): Gene che codifica per una proteina indispensabile per le funzioni vitali della cellula; sempre attivo e non ha bisogno di un controllo particolarmente sofisticato. Gene regolato: Gene espresso solo in particolari condizioni. Gene inducibile: Geni che vengono attivati o spenti a seconda delle necessit contingenti. Proteine HSP: Proteine che intervengono durante uno shock termico per minimizzarne i danni. Operone: Nel cromosoma batterico, un segmento di DNA formato da un promotore, un operatore e un gruppo di geni strutturali adiacenti che codificano proteine coinvolte in una stessa via metabolica. I geni strutturali vengono trascritti in una stessa molecola di mRNA e la loro trascrizione regolata attraverso una

proteina che funge da repressore, codificata da un gene regolatore. OPERONE LAC: loperone del lattosio che formato da tre geni che codificano per i tre enzimi che degradano il lattosio. SEQUENZA EST: sequenza codificante di messaggero realmente espressa. SEQUENZA CDS: sequenza codificante del DNA. (la sequenza ORF, presunta sequenza codificante, diventa in seguito una sequenza CDS). MUTAZIONI: 1. INSERZIONALI: rendono la sequenza non pi leggibile (non senso). 2. DELETIVE: nonostante la perdita di una o due basi, si ha lo stesso risultato (non senso). 3. SOSTITUTIVE: sostituzione di una base con unaltra (indifferente). Possono essere anche CONSERVATIVE perch la sostituzione della base porta ad avere lo stesso aminoacido. Le mutazioni posso produrre un codone di stop (non senso). Le mutazioni possono produrre una proteina completamente diversa, leggibile ma con la perdita di funzionalit (senso).