2012

TUTORIAL PDB
PROFESORA: M en C. MARITERE DOMINGUEZ ROJAS

BIOINFORMATICA

DIANA EVELIN GARCIA PERALTA 15/03/2012

PROTEIN DATA BANK (PDB) TUTORIAL

Para efectuar la bsqueda de una estructura macromolecular de importancia biolgica, es necesario acceder a uno de las 4 organizaciones que componen a wwPDB.

RCSB PDB mantiene un sitio web que permite al usuario implementar bsquedas simples o complejas de informacin, anlisis y visualizacin de resultados; as como, efectuar una revisin de detalles sobre la historia, funcin, progreso y futuros estructuras disponibles en PDB

PAGINA DE INICIO DE RCSB PDB donde se puede encontrar primero las caractersticas de la molcula posteriormente aparece la parte de de explorar archivos y al ultimo la opcin de vista en 3D de la molcula en cuestin.

Pagina de resultados de la bsqueda general de FOXP2 En estructura hits se muestran las figuras encontradas tras la bsqueda general en este caso FOXP2 se puede visualizar el numero de acceso correspondiente a la macromolcula y algunos otros accesos directos a herramientas particulares como son descargar el archivo de PDB, visualizar el archivo de PDB y tambin la opcin de vista en 3D con Jmol que permite el anlisis de la macromolcula en tercera dimensin.

Adems de lo sealado con anterioridad, Structure Hits permite conocer caractersticas generales de la macromolcula, su clasificacin, composicin y autores que participaron en el estudio de dicha macromolcula. En el apartado de citations permitir acceder a artculos publicados sobre la macromolcula de inters o bien, que se encuentren correlacionados a esta. Para la protena FOXP2 solo hay 2 artculos para este tema.

En Ligand hits: Muestra los ligandos encontrados en la o las macromolculas resultantes tras la bsqueda de inters, permitiendo revisar cada uno de ellos de manera particular y conocer las estructuras de las que forman parte. Solo hay 1 ligando.

Tras la eleccin de la macromolcula Structure of the DNA binding domains of NFAT and FOXP2 bound specifically to DNA.La ventana de resultados muestra una serie de pestaas que permitirn acceder a diferentes caractersticas sobre la informacin disponible de la macromolcula. En la ventana de Summary Presenta informacin general y una vista bidimensional de la macromolcula de inters.

En la opcin de primary citation (recuadro naranja) se muestra la referencia primaria sobre FOXP2 y un artculo relacionado con dicha macromolcula as como informacin general de dicho artculo y las ligas necesarias para seguirlo. En molecular descriptions (recuadro verde) Presenta desde la clasificacin y peso molecular de FOXP2 hasta las caractersticas particulares de cada una de las subunidades que la componen.

En la opcin source (recuadro rosa) Permite conocer el organismo del que proviene cada una de las subunidades de FOXP2, as como el organismo (sistema) en el cual se lleva a cabo la expresin de dicho polmero mediante tcnicas biotecnolgicas en el caso de FOXP2 es en el humano ( Homo Sapiens).

En la opcin related PDB entries (recuadro amarillo) Permite la entrada a otras macromolculas relacionadas con FOXP2 registradas en PDB En la opcin ligand chemical component (recuadro verde) Se presentan los ligandos qumicos presentes en FOXP2 que en este caso es el ion magnesio.Este componente permitir acceder a una visualizacin en 3D de la ubicacin del ligando.

VISTA DE FOXP2 CON JMOL A DETALLE EN LA VENTANA DE SEQUENCE Permite revisar a detalle la secuencia de la macromolcula proteica o si es el caso de cada una de sus cadenas. Se muestra lo referente a todos los dominios de la molcula como son pol 4,3,2 y 1

Adems Sequence permitir al usuario la secuencia de la macromolcula en un formato FASTA o TEXT de PDB,

En la ventana de sequence similarity report Muestra los resultados obtenidos tras un alineamiento de secuencias, permitiendo acceder a cada una de las secuencias que cuenten con un mnimo de 30% de similitud.

Finalmente, el anlisis de una macromolcula debe completarse con el estudio de su estructura en 3D. PDB cuenta con la aplicacin Jmol, que es el software que permitir apreciar la macromolcula en su totalidad, permitiendo llevar a cabo diversas modificaciones en su estructura, como puede ser, color, vista, componentes mostrados, medicin de los enlaces y cada componente, tomos particulares, inclusive el idioma, o bien salvar la macromolcula visualizada o abrir estructuras antes estudiadas.