BIOQUMICA APLICADA

CAPITULO 2
AMINOCIDOS

Aminocido

monmeros de las protenas. . formados por un carbono unido a un grupo carboxilo, un grupo amino, un hidrgeno y una cadena R de composicin variable, que determina las propiedades de los diferentes aminocidos Existen unos 20 aminocidos distintos componiendo las protenas. La unin qumica entre aminocidos (enlace pptidico) Se hablar de protena (cadena polipeptdica supere los 50 aminocidos)

Estructura bsica de un aminocido

EL AMINOACIDO La formula general de un aminocido es tomo carbono H

grupo amino

NH2

C R

COOH

grupo carboxilo

grupo cadena lateral R es uno de los 20 diferentes cadenas laterales. A pH 7 tanto el grupo amino como el carboxilo estn ionizados

H
+ NH3 C R COO

Aminocidos
Grupo amino (protonado)

Grupo carboxilo (disociado)

COO H 3N
Cadena lateral

C H R
Carbono a

Alanina

Acido Asprtico

Arginina

Estructura general de un aminocido

Tcnicamente se les denomina alfa-aminocidos, debido a que el grupo

amino (NH2) se encuentra a un tomo de distancia del grupo carboxilo (COOH). Como los grupos funcionales poseen H en sus estructuras qumicas, son grupos susceptibles a los cambios de pH. En el pH de la clula, prcticamente ningn aminocido se encuentra de esa forma, sino que se encuentra ionizado.

 AA a pH bajo (cido) se encuentran mayoritariamente en su forma catinica (con carga positiva) AA a pH alto (bsico) se encuentran en su forma aninica (con carga negativa). Existe un pH especifico para cada aminocido, donde la carga positiva y la carga negativa se encuentran en equilibrio, y la molcula es elctricamente neutra.(forma de zwitterion.)

LOS AMINOCIDOS ESENCIALES

ARGININA
FENILALANINA HISTIDINA ISOLEUCINA METIONINA LEUCINA LISINA

Los diez aminocidos esenciales. Estos aminocidos no pueden ser sintetizados por las clulas animales y deben ser suministrados por la dieta

VALINA
TREONINA TRIPTOFANO

COMPORTAMIENTO ANFTERO DE LOS AMINOACIDOS

En disolucin acuosa, los aminocidos son capaces de ionizarse, dependiendo del pH: como un cido (cuando el pH es bsico), como una base (cuando el pH es cido) o como un cido y una base a la vez (cuando el pH es neutro).
El pH en el cual un aminocido tiende a adoptar una forma dipolar neutra (igual nmero de cargas positivas que negativas) se denomina Punto Isoelctrico. La solubilidad en agua de un aminocido es mnima en su punto isoelctrico.

Clasificacin de AA
Existen muchas formas de clasificar los aminocidos.
Segn las propiedades de su cadena. (caractersticas qumicas) Segn su obtencin.

SEGN LA CADENA
Neutros polares, polares o hidrfilos : Serina (Ser,S), Treonina (Thr,T), Cistena (Cys,C), Asparagina (Asn,N), Glutamina (Gln,Q) y Tirosina (Tyr,Y). Neutros no polares, apolares o hidrfobos: Glicina (Gly,G), Alanina (Ala,A), Valina (Val,V), Leucina (Leu,L), Isoleucina (Ile,I), Metionina (Met,M), Prolina (Pro,P), Fenilalanina (Phe,F) y Triptfano (Trp,W). Con carga negativa, o cidos: cido asprtico (Asp,D) y cido glutmico (Glu,E). Con carga positiva, o bsicos: Lisina (Lys,K), Arginina (Arg,R) e Histidina (His,H). Aromticos: Fenilalanina (Phe,F), Tirosina (Tyr,Y) y Triptofano (Trp,W) (ya incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares).

AA: Por la carga

Apolares. Polares Bsicos cidos.

Segn su obtencin
A los aminocidos que necesitan ser ingeridos por el cuerpo para obtenerlos se les llama esenciales. Para el ser humano, los aminocidos esenciales son: Valina (Val) Leucina (Leu) Treonina (Thr) Lisina (Lys) Triptfano (Trp) Histidina (His) Fenilalanina (Phe) Isoleucina (Ile) Arginina (Arg) (Requerida en nios y tal vez ancianos) Metionina (Met)

TIPOS DE PROTEINAS
Protenas simples. solo estn compuestas de aminocidos Composicin: C= 50%, O=23%, N=16%, H=7%, S=3%. Anlisis de Kjeldhal. P = Np(100/16) Protenas conjugadas.

Propiedades aminocidos
cido-bsicas. pueden comportarse como cido y como base, (sustancias anfteras. ) Cuando una molcula presenta carga neta cero est en su punto isoelctrico. Los aminocidos y las protenas se comportan como sustancias tampn. pticas. Todos los aminocidos excepto la glicina, tienen el carbono alfa asimtrico lo que les confiere actividad ptica (desvan el plano de polarizacin cuando un rayo de luz polarizada se refracta en la molcula). Si el plano es a la derecha, se denominarn dextrgiras y las que lo desvan a la izquierda se denominan levgiras. Adems, cada aminocido puede presentar configuracin D o L dependiendo de la posicin del grupo amino en el plano. Esta ltima configuracin D o L es independiente de las formas dextrgira o levgira.

. Qumicas. Las que afectan al grupo carboxilo (descarboxilacin). Las que afectan al grupo amino (desaminacin). Las que afectan al grupo R.

Aminocidos: estereoisomera

COOH H 2N C H R
L-Alanina L-Gliceraldehido

CHO HO C H CH2OH

Aminocidos: estereoisomera

COOCOO+

H C NH3+ CH3

H 3N C H CH3
L-Alanina D-Alanina

ENANTIOMEROS
.

La estructura tetradrica regular del tomo de carbono permite enlazar un mximo de 4 sustituyentes distintos. Dos ismeros son posibles. Uno, y su imagen en el espejo (enantimeros). La relacin de enantiomera es llamada quiralidad

PROPIEDADES IONICAS
Los AA tienen altos puntos de fusin ( 200 C), y alto valor del momento dipolar. Debe tratarse de estructuras dipolares. Pero no todos lo AA tienen cadena polar (R ). El carcter solo puede deberse a los grupos NH2 y COOH. En solucin se disocian a switeriones

La forma de zwitterion predomina a pH fisiolgico

 La mayora de las clulas tiene valores de pH aproximadamente neutros; por lo tanto, la forma predominante de los aminocidos en las clulas es el ion dipolar. Puesto que el anin carboxilato -COO-, esta cargado negativamente, y el grupo amino protonado -NH3+, est cargado positivamente, el ion dipolar es una especie qumica neutra. Si la forma inica dipolar de un aminocido se coloca entre dos electrodos cargados opuestamente (electrlisis): Los iones dipolares neutros no son afectados. Las formas aninica y catinica de los aminocidos migran hacia los electrodos

 Es una forma simplificada de observar la constante de equilibrio K

pKa

La oxidacin de 2 cistenas vecinas permite formar puentes dislfuro. Estos enlaces pueden unir covalentemente cadenas polipeptdicas diferentes o tambin imponerle restricciones espaciales a una misma cadena polipeptdica.

La ecuacin de Henderson-Hasselbach rige la disociacin de cualquier cido o base dbil a un pH determinado. Sin embargo, no predice el comportamiento de un policido, tal como una protena.

Donde,

HA

H+ + A-

Ka = [ H+][A-]

pH = -log [ H+]

[HA]

pH = - log [H+]

Cadenas laterales cidas, pueden formar interacciones inicas, dependientes del pH

Estas cadenas laterales tienen propiedades cido-base, pueden formar interacciones inicas.

Clculo del Punto isoelctrico (pI) de un aminocido.

El punto isoelctrico (pI) corresponde al valor de pH al cul una molcula tiene carga neta (z) igual a cero. En un zwitterion simple, pI = (pK1 + pK2)/2 (a); Para un aminocido de cadena lateral cido-base, pI es el promedio De los pK entre la especie con carga +1 y -1 (b).
Z= +1 0 -1 +2 +1 0 -1

(a)

PROPIEDADES OPTICAS DE AMINOACIDOS

Un cromforo es una molcula capaz de absorber luz en un cierto rango de longitudes de onda caracterstico, en el espectro UV-VIS. La absorbancia de un compuesto en solucin es medida en un espectrofotmetro.

Filamento de Tungsteno: VIS Deuterio: UV

Selecciona rangos estrechos De longitud de onda.

Si A > 0; I < Io

A = log(Io/I)

A = Cl (Ec. de Lambert-Beer)

A, absorbancia; Io, intensidad de luz incidente; I intensidad de luz transmitida al atravesar la muestra en un trayecto l.

PROPIEDADES QUIMICAS DE AA
Reacciones del grupo amino. Reacciones del grupo carboxilo. Reacciones del grupo R

 Reaccin de la Ninhidrina.
La reaccin de la ninhidrina cuantifica la reaccin de los aminocidos del grupo alfa amino. La ninhidrina reacciona rpidamente con el grupo amino, lo oxida y libera amonio el cual se condensa con la ninhidrina reducida, y con otra molcula de ninhidrina libre, para producir un aducto prpura. La ninhidrina descarboxila por oxidacin los a.a. a CO2 y un aldehdo, formndose un complejo de color azulprpura (l : 570 nm). Los a.a. Como la , prolina e hidroxiprolina, producen un color amarillo con ninhidrina.

REACCION DE LA NINHIDRINA

calor

Ninhidrina reducida- N del amincido-Exceso de ninhidrina)

Reaccin de la Ninhidrina

REACCION CON DINITROFLUOROBENCENO. Es una reaccin que se usa para la medicin y deteccin cuantitativa de los aminocidos, Su principal aplicacin s encuentra en la determinacin del residuo Nterminal de cadenas peptidicas. El complejo formado es el dinitrofenil derivado (DNP) de color amarillo; cromatografa en papel o en capa fina de un DNP- aminocido desconocido contra estndares conocidos de DNP aminocidos proporciona la base para identificar al conocido. REACCION CON FENILISOTIOCIANATO. Se le conoce tambin como reaccin de Edman; SE utiliza para la identificacin de aminocidos con la aplicacin principal de determinar la secuencia de cadenas peptdicas desde el extremo N-terminal.

El cloruro de dansilo Reacciona con los a.a., dando origen a derivados estables en condiciones drsticas, como las utilizadas en la hidrlisis de protenas.

SEPARACION DE AMINOACIDOS
Los a.a. son liberados de las protenas mediante una hidrlisis. Un hidrolizado proteico, obtenido por coccin con HCl 6N, presenta una mezcla de a.a.
Cromatografa: En todas las separaciones cromatogrficas, las molculas son separadas dentro de una fase estacionaria y una mvil. Dependindo del tipo de fase estacionaria podemos distinguir: cromatografa en papel, cromatografa en capa fina, cromatografa en columna cromatografa de gases, cromatografa HPLC

La separacin depende de la tendencia relativa de las molculas en la mezcla de asociarse con ms fuerza a una o a otra fase.

Cromatografa en capa fina Es muy similar a la cromatografa en papel, pero se utiliza como fase estacionaria unos soportes adsorbentes como celulosa pulverizada o gel de slica, incorporados en capa fina sobre una placa de vidrio.

Cromatografa de intercambio inico

En el anlisis de los residuos de a.a. despus de la hidrlisis de un polipptido, se utiliza generalmente la cromatografa de intercambio inico. La columna cromatogrfica consiste en un tubo largo relleno de partculas de una resina sinttica, que contiene grupos cargados fijos; las que contienen grupos aninicos se denominan resinas de intercambio catinico (ej.: resina con grupos SO3-) y las que contienen grupos catinicos, resinas de intercambio aninico. La afinidad de cada a.a. por la resina est afectada por el pH (que determinar el estado de ionizacin de la molcula) y la concentracin de iones salinos, que pueda competir con la resina por asociacin con el a.a. Se puede, por lo tanto, conseguir la separacin ptima de los a.a. mediante un cambio gradual del pH o de la concentracin salina de la solucin que se pase a travs de la columna, de manera que se cree un gradiente de pH o de sal.

Cromatografa de intercambio inico