Diversidad y Ecologa

Microbiana
UNIDAD 2

Diversidad Prokariota
Taxonoma y concepto de especie en
prokariotas
Nomenclatura de prokariotas
Filogenia
Arboles filogenticos
Principales grupos

TAXONOMA
Clasificacin
Estructura los organismos en grupos (taxones) en base
a su similitud

Nomenclatura
Asigna nombres a los taxones . El gnero se escribe
con la primera letra en mayscula y la especie en
letras minsculas. Se adapta al latn.

Identificacin
Determina a que taxones pertenece un organismo que
se aisla.
Caracterizacin por nmero limitado de tests adecuados
al
problema. Comparacin con especies conocidas.

Clasificacin de los procariotas

1.- Las categoras de clasificacin

taxonmica son arregladas en
orden jerrquico siendo la
especie, la unidad bsica.
2.- Las categoras taxonmicas
incluyen especie , gnero, orden
clase, phylum o divisin y
dominio.

Ejemplos de jerarquas taxonmicas

Figure 10.5

RANGOS TAXONOMICOS EN
CLASIFICACION BACTERIANA
Taxones:

Dominio

Phylum
Clase
Orden
Familia
Gnero
Especie
Sub-especie

importancia en
estudios clnicos y
ecolgicos

Cmo definimos una especie bacteriana?

Una especie bacteriana es una categora
que circunscribe un grupo de aislamientos
individuales genticamente relacionados
que comparten un alto grado de similitud
en caractersticas independientes
Otras definiciones:

Coleccin de cepas que comparten varias propiedades

estables y difieren significativamente de otros grupos de
cepas.
Coleccin de cepas con similar composicin de G+C en el
ADN y con 70% de similitud en las secuencias de su ADN

Es una definicin en constante revisin..

Categoras de clasificacin a nivel de sub-especie (tipificacin)

Variedades o tipos
Serovariedad o serotipo (antgenos
distintos)
Fagovariedad (tipificacin por fagos)
Biovariedad (diferencias bioqumicas y
fisiolgicas)
Patovariedad (patogenicidad)
Morfovariedad (diferencias
morfolgicas)
Genomovariedad (grupos con ADN
similares)

Qu es un gen?
Un segmento de ADN que codifica
para un determinado
fenotipo/funcin.
.y en ausencia de una funcin
demostrable?
Un gen puede ser caracterizado por
una secuencia, transcripcin u
homologa

Un individuo de cada especie posee:

Genotipo: Conjunto de caractersticas
genticas
Fenotipo: Conjunto de caractersticas
genticas que se expresan
Filogenia: Historia del desarrollo
evolutivo en relacin o parentesco
con otras especies

a)Clasificacin Fentica
) Agrupa organismos en base a
caractersticas similares del fenotipo
observable.
) Puede relacionar las especies
evolutivamente pero no emplea anlisis
filogentico.

b) Clasificacin Filogentica
Tambin llamada sistema de clasificacin filtica
Filogenia
Desarrollo evolutivo de las especies

Generalmente basada en las comparaciones

directas del material gentico y/o productos de
los genes.

TAXONOMIA CLSICA
Basada en caracteres fenotpicos (morfologa, nutricin,
etc.) y algunos caracteres genotpicos (% G + C ;
Hibridacin ADN-ADN)
Ponderacin de caracteres (llaves dicotmicas)
TAXONOMIA NUMRICA
Agrupacin de unidades taxonmicas o taxones por
mtodos numricos. Se basa en un gran nmero de
caracteres
Cada carcter tiene igual peso. La similitud es funcin de
la proporcin de caracteres comunes.
TAXONOMIA MOLECULAR
Aade tcnicas moleculares a la identificacin de los
organismos
Utiliza caracteres y anlisis filogenticos

TAXONOMA
POLIFSICA
Es la tendencia
moderna. Consenso en la
integracin de distintos tipos de
caracteres:
Fenotpicos: - clsicos (morfologa, nutricin, etc)
- marcadores quimiotaxonmicos
- perfil de protenas totales y enzimas

Genotpicos:

clsicos: % G+C
hibridacin DNA-DNA

nuevos: huella gentica (fingerprinting) (ej. perfiles

moleculares por restriccin o amplificacin de
ADN)

Filogenticos:

basados en el gen del ARNr 16S

Caractersticas
clsicas
Morfolgicas: forma, tipo de colonia, inclusiones,
tincin, movilidad, etc.
Fisiolgicas y metablicas: pH ptimo, rangos de
temperatura, fuente de carbono, nitrgeno, tipo
nutricional, componentes qumicos, etc.
Ecolgicas: preferencias de hbitat, relaciones
simbiticas, formas de vida, etc
Gentico-moleculares: protenas presentes, contenido
de guanina y citosina en el ADN , secuencias de
cidos nucleicos, hibridizacin de cidos nucleicos.

Caractersticas de cultivo
Colonia
Forma
Margen
Elevacin
Superficie
Opacidad
Textura
Pigmentaci
n

Caractersticas
Morfolgicas Clula
Forma
Tamao
Inclusiones
Esporas
Flagelo
Cpsula
Tincin Gram

Algunas caractersticas metablicas y fisiolgicas

utilizadas en la identificacin y clasificacin de
microorganismos

Fuentes de carbono y nitrgeno

Temperatura ptima de crecimiento y rango
Atmsfera Aerbica, Anaerbica o Facultativa
pH ptimo de crecimiento y rango de pH
Tipo nutricional
Concentracin de NaCl, requerimientos y tolerancia
Composicin de la pared celular
Productos del metabolismo
Sensibilidad a inhibidores y antibiticos
Movilidad
Mecanismos de conservacin de energa
Pigmentos de fotosntesis
Produccin de metabolitos secundarios
Formas de vida
Respuesta serolgica

Test de
inhibicin

Sensibilidad a los
antibiticos
Inhibicin por
agentes
qumicos y
colorantes
Sensibilidad ante
bacteriocinas

Test Serolgicos

Precipitacin
Aglutinacin
Neutralizacin
Inmunofluoresce
ncia
ELISA

Marcadores quimiotaxonmicos
Caractersticas:
- anlisis qumico con equipamiento especializado
- no son universales, pero muy tiles dentro de algunos
grupos
- alto grado de discriminacin
- presentes en abundantes y distintas estructuras celulares
Ejemplos:
- Pared: peptidoglucanos en todas las bacterias salvo en
Planctomyces y Mycoplamas
- Membrana externa Gram negativos: lipopolisacridos
- Membrana citoplasmtica: acidos grasos (Fatty Acid
Methyl Ester), cidos miclicos en un grupo de bacterias
Gram positivas (Actinomicetes), pigmentos carotenoides en
bacterias fottrofas anoxignicas.
- Cadena de transporte electrnico: citocromos, quinonas.
- Sistema fotosinttico: bacterioclorofilas.
- Citoplasma: poliaminas en metanognicas y Gram

sis de cidos grasos (FAME: fatty acid methyl

Caracterizacin de cidos grasos de la membrana

plasmtica y pared celular.

Perfil de cidos grasos es particular de cada bacteria.
Los cidos grasos son extrados, tratados e identificados por
cromatografa
gaseosa.
Resultado: cromatograma con tipo y cantidad de cidos
grasos.
Comparacin con bases de datos.
Uso rutinario
Desventajas:
Requiere estandarizacin:
cidos grasos varan en
distintas condiciones.
Imposible para algunos
organismos.
Variabilidad intraespecfica.

Kits comerciales
para
Identificacin.
Sistemas
Multi-test
Enterotubo
Oxi-ferm
API

Diagnstico de
Enterobacterias

Contenido de Guanina- Citosina

Contenido G + C
Mol% G + C =
(G + C/G + C + A + T)100
Generalmente determinado a travs de la temperatura de
fusin o desnaturalizacin (Tm). DNA con mayor porcentaje
de G+C se desnaturaliza a mayor temperatura. Tambin
se utiliza gradiente de CsCl y cromatografa.
Es un carcter excluyente . Por ejm: el mismo valor G+C
no significa necesariamente que dos organismos estn
estrechamente relacionados , pero si ellos difieren en ms
de 5%, entonces ellos pertenecen a especies diferentes.
Es una informacin esencial en cualquier descripcin de
un nuevo gnero.

Rango del contenido de G+C

Temperatura de fusin y composicin de bases del

ADN

Hibridizacin ADNADN
Mide homologa de secuencias
Procedimiento
Ligar ADN radioactivo a una membrana de
nitrocelulosa
Incubar la membrana con ADN radioactivo de
una sola hebra.
Medir la cantidad de ADN radioactivo que se
une a la membrana

Tcnica

Huella gentica
Una forma indirecta de comparar
secuencias de ADN de diferentes bacterias
Se usa PCR para copiar y amplificar ADN el cual es
utilizado como huella digital

Varios mtodos
Ribotipeado
Amplified DNA Restriction Endonuclease
Digest Analysis (ADRDA)
Multilocus sequence typing (MLST)
Variable Number Tandem repeat (VNTR)

Ribotipeado: Anlisis del RNA

ribosmico

Digestin del ADN total con enzimas de restriccin

Separacin en gel por electroforesis
Transferencia del ADN a membrana
Hibridacin con sonda de rRNA
Los sitios de corte en el rRNA son particulares de cada bacteria.
Comparacin con trabajos anteriores.

http://highered.mcgraw-hill.com/sites/0072556781/student_view0/chapter14/animation_quiz_5.html

Taxonoma Numrica
- caracteres fenotpicos (no menos de 60)
- coeficiente de similitud

a + b +c
- coeficiente de concordancia =

a+d

.
a+b+c +d
a: nmero de caracteres positivos en ambas
cepas
b: nmero de caracteres positivos slo en
cepa 1
c: nmero de caracteres positivos slo en
cepa 2
d: nmero de caracteres negativos en
ambas cepas

Taxonoma
Numrica

Caractersticas
filogenticas

Plantean hiptesis de evolucin (determina

relaciones de parentesco entre las especies)
Compara la secuencia de molculas
(cronmetros evolutivos) y establece la
relacin entre ellas
Las secuencias de las molculas son el
registro histrico de la evolucin

Filogenia Microbiana
Identifica cronmetros moleculares u
otras caractersticas para usar en la
comparacin de microorganismos
Ilustra las relaciones evolutivas a
travs de rboles filogenticos

RNA mejor cronmetro o reloj

molecular

Debido a la antigedad del proceso de

sntesis de protenas, el RNA es una
excelente molcula para discernir relaciones
evolutivas entre organismos vivientes
Tiene distribucin universal y cumple una
misma funcin
Cambia muy lentamente
Posee regiones altamente conservadas en
todos los organismos y regiones con mayor
variabilidad.
Permite comparaciones entre organismos
muy relacionados o poco relacionados

16S rRNA como cronmetro

de evolucin

16S
RNA
Estructura secundaria de la
molcula 16S rRNA de
Escherichia coli. Las bases son
numeradas desde 1 en el
extremo 5 hasta 1,542 en el
extremo 3 . Cada diez
nucletidos se hace una marca,
y cada dcimo quinto
nucletido es numerado. Las
interacciones terciarias con
fuerte evidencia comparativa
son conectadas con lneas
slidas.
www.rna.icmb.utexas.edu;

Conservacin y variacin en la subunidad

menor del rRNA

Regiones conservadas y
variables de la subunidad
rRNA (16S in procariotas o
18S in eucariotas).
Cada punto y tringulo
representa una posicin con
un nucletido que se
encuentra en el 95% de
todos los organismos
secuenciados, aunque el
nucletido presente (A, U, C,
o G) pueda variar entre
especies.
www.rna.icmb.utexas.edu

Estructura secundaria
del ARNr 16S de E. coli

Lneas gruesas:
dominios de
conservacin universal
Lneas normales:
dominios de
conservacin
intermedia
Lneas punteadas:
regiones
hipervariables

Secuencia del ARNr 16S

Estructura primaria:

Dominios de conservacin universal

Regiones altamente variables
Dominios de nivel intermedio de
conservacin, con cambios de secuencia,
pero conservacin de estructura secundaria

Estructura secundaria:

Similar en todos los organismos

Acotada por su funcin en la sntesis de
protenas: funcin ancestral

Arbolesfilogenticos
Modelo/ estructura matemtica que se usa
para modelar la historia evolutiva de un
grupo de secuencias o de organismos.
Longitud de la lnea entre organismos es
proporcional a la distancia evolutiva
Similitud de secuencias implica similitud de
los genes

rbolfilogentico1alineamientomltiple.
rbolobtenidodependientedeestealineamiento.

Construccinderbolesfilogenticos
1.Definirconjuntodesecuenciasaanalizar(DNA,
RNAoprotenas)provenientesdedistintos
organismos
2.Alinearcorrectamenteesassecuencias

3.Aplicarmtodosadecuadosparalaconstruccin
derbolesfilogenticos
4.Evaluarestadsticamenteelrbolfilogentico
obtenido

Arboles filogneticos

Arboles filogenticos

Ndulos internos representan especies

ancestrales

Arboles enraizados y sin races

A. Sin raz
Enraizados

B.
Representaciones de la
posible relacin entre 3
especies, A, B, y C.
(A) Un rbol sin raz
mostrado en 2 formatos
(B) Tres posibles rboles
enraizados con un solo
formato.

Genes homlogos son usados para la

construccin de los rboles
filogenticos
Homlogos significa que los genes tienen un
ancestro comn
Ortlogos son genes homlogos que pertenecen a
diferentes especies pero retienen su funcin
original
Parlogos son genes homlogos que se han
obtenido por duplicacin de genes y se
encuentran en un mismo organismo.
Slo los genes ortlogos pueden ser utilizados en
la construccin de rboles filogenticos. El
ejemplo clsico es el gen de la unidad ribosomal
16S

Dendrograma: Trmino general

Cladograma:eselmodelobsicoysimplementemuestraladistanciaalantecesorcomnen
trminosrelativos.Lasramassondeiguallongitudporlocualnoindicaneltiempo
evolutivo.

Filograma:contieneinformacinadicionaldadaporlalongituddelasramas.Losnmeros
asociadosconcadaramacorrespondenaunatributodelassecuencias,talcomocantidad
decambioevolutivo.Esaditivo.Mtricos.
Ultramtricos:tipoespecialderboladitivoenelcuallosextremosdelrbolson
Herramientas - Nancy I. Lpez
proporcionalesaltiempodedivergencia.Ultramtricos.

2011

Construccin de un Cladograma

CLADOGRA
MA

Un clado es la agrupacin que incluye el ancestro comn y todos

sus descendientes, vivos o extintos. Estos conjuntos representan
un grupo natural, pues su clasificacin refleja la evolucin del
grupo.Un clado puede estar conformado por una especie o por
miles.

Relacin entre la definicin de especie

bacteriana y el anlisis del gen ARNr
16S

Definicin especie: % de hibridacin ADN1-ADN2 >

70%
En general se cumple:
Secuencia del gen del ARNr 16S difiere en mas del
3% con el resto de las secuencias conocidas de
bacterias entonces el % de hibridacin ADN-ADN es
menor al 70%
especies diferentes

Los principales grupos

vivientes
Basado en el anlisis del ARN
ribosomal
Tres dominios
Bacteria
Archaea
Eukarya

El Sistema de los Tres Dominios

Figure 10.1

Prokaryotes

Figure 10.6

Dominio Bacteria
Actualmente con mas de 50 divisiones
(phylum), algunas sin organismos
cultivados (secuencias ambientales)
Mas de 400 gneros bien conocidos
Phylum mejores caracterizados:
Proteobacteria (,,,,) con 270
gneros
Gram positivos (Bajo GC y AltoGC)
con 170 gneros

Proteobacteria (~2086 especies)

Bacterias prpuras del azufre

Bacterias nitrificantes
Bacterias azufre y hierro oxidantes
Bacterias hidrgeno oxidantes
Bacterias metantrofas y metiltrofas
Pseudomonas
Bacterias del cido actico
Bacterias fijadoras de nitrgeno de vida libre
Neisseria y Chromobacterium
Bacterias entricas
Vibrio y photobacterium
Rickettsia
Spirilla
Proteobacterias con vaina envolvente
Bacterias en prosteca
Proteobacterias sulfato y sulfuro reductoras

Firmicutes (1421) y Actinobacteria(1626)

Firmicutes (Gram Positivas de bajo
contenido GC)
No esporuladas, bajo contenido GC, Grampositivas: bacterias lcticas y relacionadas .
Formadoras de esporas, bajo contenido GC, Grampositivas : Bacillus (673), Clostridia (536) and
relacionadas (212).
Sin pared celular, bajo contenidoGC, Grampositivas: los Mycoplasmas

Actinobacteria (Gram positivas de alto

contenido GC)
Alto contenido GC, Gram-positivas: Corineformes y
bacterias del cido propinico
Alto contenido GC, Gram-positivas: Micobacterias

Dominio
Bacteria

Dominio Bacteria, las ramas del rbol

filogentico

Aquifex (12)
Bacterias auttrofas y termfilas
Bacterias verdes no del azufre (Chloroflexus) (12)
Algunas fotosntesis anoxignica, autotrofa por va del hidroxipropionato
Deinococci
Altamente resistentes a la radiacin (D. radiodurans)
Bacterias verdes del azufre (Chlorobium) (13)
Fototrofos anoxignicos, anaerobios estrictos, autotrofa por ciclo reverso
del cido ctrico
Planctomycetes
Bacterias prostecadas, carecen de peptidoglucano, reproduccin por
gemacin,
compartimentalizacin celular (membrana nuclear), annamox fisiologa
nica, Candidatus
Cyanobacteria y prochlorophytes (82)
Bacterias unicelulares o filamentosas, Fotosntesis oxignica

Algunas Proteobacterias

Alfa:
metiltrofas y metantrofas, oligotrofas,
littrofas (Nitrobacter), fij. N2, bacterias
prpuras no sulfreas. Fotosintetizadoras
Beta:
littrofas de NH3 (Nitrosomonas)
Delta:
Myxobacterias, Bdellovibrio, algunas sulfato
reductoras

Dominio Archaea
Cuarenta gneros reconocidos
Tres linajes separados:
Euryarchaeota (halfilos y
metanognicos)
Crenarchaeota (termfilos)
Korarchaeota (solo secuencias
ambientales)

Arbol filogentico del dominio Archaea

basado en el anlisis 16SrRNA

Nuevos fila descubiertos a travs del

anlisis molecular de habitats naturales
Un rbol filogentico
de secuencias 16S
rDNA de Bacteria,
basado en cultivos
puros y libreras
clonales de muestras
naturales. Note la
existencia de varios
fila que an no han
sido cultivados.
(Hugenholz, P., B. M.
Goebel and N. R. Pace.
1998. J. Bacteriol.
180:4765-4774).

Analizando los tres dominios

Termofilia representada en los grupos
de Archaea y Bacteria
Muchos de los linajes ancestrales son
anaerobios o microaeroflicos
Fotosntesis basada en clorofilas:
distribuida en varios linajes de
Bacteria

Algunos hallazgos
interesantes
Tamao de genoma mnimo
Basado en el anlisis del genoma de
Mycoplasma genitalium
El ms pequeo genoma procariota secuenciado
~108-121 genes no son requeridos para el
crecimiento en laboratorio
~265-350 genes son requeridos para el
crecimiento en el laboratorio

Ms hallazgos
Muchos genes identificados no
tienen funcin conocida
Mycoplasma genitalium
22% de genes sin funcin conocida

Haemophilus influenzae
> 40% de genes sin funcin conocida

Methanococcus jannaschii
Un miembro de las Archaea
66% de genes sin funcin conocida

E. coli
~2500 de 4288 genes sin funcin
conocida

Manual de Bacteriologa
Sistemtica de Bergey
Prokaryotes into 25 phyla
Archaea
2

Bacteria
23

Consensus of experts

Manual de Bacteriologa
Sistemtica de Bergey
Documento indispensable de los taxnomos
bacterianos.
Editado por un comit internacional de
taxnomos bacterianos.
Trabajo detallado conteniendo descripciones
de todas las especies procariotas
actualmente identificadas.

Ejemplos de diversidad:
estructura y funcin
Pared: bacterias sin pared (Mycoplasmas, Thermoplasmas)
Membranas: diferente composicin (Mycobacterium)
Forma: Espiroquetas, bacterias con prostecas (Caulobacter),
formacion de hifas (Streptomyces)
Mecanismos de movimiento: bacterias deslizantes
(Beggiatoa)
Diferenciacion celular: microcistos de Cyanobacterias,
comportamiento social (Myxobacterias)
Comportamiento frente a otras bacterias: predacin
(Bdellovibrio)
Obtencin de energa independiente del trasporte de
electrones (fosforilacin oxidativa o fotosntesis) y la
fermentacin, ej.decarboxilasas en Oxalobacter formigenes

Caracteres similares en
taxones filogenticamente
distantes

Chloroflexus y Chlorobium (pertenecen a

divisiones muy alejadas entre s) Son
Fottrofos anoxignicos
Los representantes de ambos gneros poseen
clorosomas con similar funcin y estructura
Posibles explicaciones:
transferencia lateral
evolucin independiente
el gen del ARNr 16S aportara informacin
limitada