Ácidos Nucleicos

(ADN y ARN)

Salvador Resino García

 Ácidos Nucleicos
NH2

 DNA (ácido desoxirribonucleico) O

N
N
 RNA (ácido ribonucleico) -
O P O CH2
O
N N
O- H H
H
OH OH
-Ácido fosfórico Pentosa Base
-Pentosa (ribosa o Nucleósido
desoxirribosa)
Fosfato

-Bases nitrogenadas Nucleótido

 Cada monómero de ácido nucleico es un nucleótido formado por la

unión del ácido fosfórico + azucar (ribosa, desoxiribosa) + base
nitrogenada
 Enlace fosfodiester
Ácido fosfórico Polinucleótido NH2
N
- Une los nucleótidos entre N

sí asociando las pentosas de

O P O CH2 N
O N
-
O NH2
dos nucleótidos consecutivos N
N
O
- La unión se produce con el
OH
O P O CH2 N
O N
carbono 3’ de un nucleósido
-
O NH2

con el carbono 5’ del O OH

N
N

siguiente Enlace O P O CH2

-
O
N N
fosfodiéster O
- Enlace de alta energía muy
estable. O OH Enlace
-glicosídico
Azúcar y base nitrogenada

DNA Y RNA (Diferencias)

 Before we continue some terminology
Nucleotide Name Table
Purines Pyrimidines
Adenine (A) Guanine (G) Cytosine (C) Thymine (T) Uracil (U)

Nucleotides in DNA deoxyadenylate deoxyguanylate deoxycytidylate deoxythymidylate

or thymidylate
Nucleotides in RNA adenylate guanylate cytidylate uridylate
Abbreviations
Nucleoside AMP GMP CMP TMP UMP
monophos phates
Nucleoside ADP GDP CDP TDP UDP
diphos phates
Nucleoside ATP GTP CTP TTP UTP
triphos phates
For deoxynucleotides add 'd ' in front of the above three.

e.g., AMP is a ribonucleotide, dAMP is a deoxyribonucleotide

 20 Å

GC
AT

CG
TA

Minor
Groove
34 Å AT
GC
TA

DNA:
Major
Groove
TA
3.4 Å CG
AT

ESTRUCTURA DE LA Strands are

antiparallel GC

DOBEL HELICE
CG
GC
Composición en bases del DNA en algunas especies

A G C T
Hombre, H.sapiens 0.29 0.18 0.18 0.31
Bovino, Bos taurus 0.26 0.24 0.23 0.27
Levadura, S.cerevisiae 0.30 0.18 0.15 0.29
Mycobacterium sp. 0.12 0.28 0.26 0.11

Reglas de Chargaff
1. La relación purinas/pirimidinas es igual a 1
Es decir, A+G = C+T
2. En todos los DNA estudiados, la proporción molar
de A es igual a la de T, y la de G igual a la de C.
Es decir, A = T y G = C
 Modelo de Watson-Crick

1. El DNA es una doble hélice

plectonémica y dextrógira,
con un paso de rosca de 3.4 nm

5’ 3’
3.4 nm

3’ 5’
2. Cada una de las dos hélices es un polinucleótido entrelazado con
el otro de manera que su polaridad es opuesta (es decir, corren en
sentido antiparalelo)
 Modelo de Watson-Crick

3. El eje ribosa-fosfato se sitúa hacia el exterior

de la doble hélice, en contacto con el solvente

4. Mientras que las bases nitrogenadas (anillos

planares) se sitúan, apiladas, hacia el interior de la
estructura, en un entorno hidrofóbico
 Modelo de Watson-Crick

0.34 nm

5. Las bases están situadas en planos aproximadamente perpendiculares al

eje mayor de la doble hélice. La distancia entre planos es de 0.34 nm
 Modelo de Watson-Crick
CH3
6. Cada base interacciona con su
H H
O T opuesta a través de enlaces de
A N hidrógeno, y de manera que:
N N • Adenina (A) sólo puede
N H
N nteraccionar con timina (T) (y
O viceversa), a través de dos
N N puentes de hidrógeno.
H C
N
H
G O
N N •Guanina (G) sólo puede
N H nteraccionar con citosina (C) (y
N
O viceversa), a través de tres
N N N
H puentes de hidrógeno

H
 Modelo de Watson-Crick

Surco
estrecho 3.4

0.34

Surco
ancho
2.4

10. El eje de la doble hélice no pasa por el centro

geométrico del par de bases. Esto determina que la
hélice presente un surco ancho y un surco estrecho
Modelo De WATSON-CRICK
 Cada molécula de DNA está formada por dos largas cadenas de
polinucleótidos que corren en direcciones opuestas formando una hélice
doble alrededor de un eje imaginario central. De esta forma la
polaridad de cada cadena es opuesta

 Cada nucleótido está en un plano perpendicular al de la cadena

polinucleótida

 Las dos cadenas se encuentran apareadas por uniones de hidrógeno

establecidas entre los pares de bases

 El apareamiento es altamente específico. Existe una distancia física de

11 A entre dos moléculas de desoxirribosa en las cadenas opuestas (sólo
se pueden aparear una base púrica con una pirimídica. A-T G-C entre A
y T hay dos puentes de hidrógeno y entre G-C hay tres. Son imposibles
otras uniones)

 La secuencia axail de bases a lo largo de una cadena de polinucleótidos

puede variar considerablemente, pero en la otra cadena la frecuencia
debe ser complementaria
Modelo De WATSON-CRICK
Interacciones débiles que H O

3’
5’ N

mantienen la estructura del

-
O O H O
N
P O N CH2

DNA
- H
O N O
O N O
H O-
N P
H 2C N N
O H O O-

N
-
O O N O
O
H H CH2
P N
-

1. Enlaces de hidrógeno entre

O N N O
O H O-
N

bases complementarias
N P
H 2C H H
N O O O-
O
H N
N O
-
O O N
H CH2
P O
- N N
O H3C H O
O N O-
2. Interacciones hidrofóbicas H 2C
P
N O O-
entre planos de bases contiguos O H 3C O

(int. de apilamiento, stacking)

O
-
O O H O
H N N CH2
P N
- H
O N O O
O N O-
P
3. Interacciones iónicas del fosfato
H 2C N
O
N H O O-

con moléculas electropositivas

N
-
O O H O
N
CH2
(histonas, poliaminas, etc.) P O N
- H
O N O
O N O
H O-
N P
H 2C N N
O H O O-

3’ O 5’
 Curvas de fusión: Estudio de estabilidad del DNA

Tm= temperatura a la cual el 50%

del DNA es fusionado

Base de muchas técnicas de biología molecular.

 G-C content determines melting temperature: varies
among organisms

La desnaturalización térmica del DNA

sigue una curva sigmoide. El punto medio,
Tm, está relacionado con el contenido en
G+C. Así, la muestra B tiene un mayor
contenido en G+C que A.
La Tm es característica de cada especie
 Implicaciones genéticas del modelo

1. El material genético ha de ser lineal y aperiódico; el DNA

cumple esa condición.

2. El apareamiento de bases sugiere un modelo para la replicación

del mismo de forma que las dos moléculas hijas son idénticas
a la parental:

5’-CGTTGCAATTGCGAT-3’
3’-GCAACGTTAACGCTA-5’

5’-CGTTGCAATTGCGAT-3’ 5’-CGTTGCAATTGCGAT-3’
3’-GCAACGTTAACGCTA-5’ 3’-GCAACGTTAACGCTA-5’
 Implicaciones genéticas del modelo
3. La reactividad de las bases y la estructura general del DNA
explican perfectamente la acción de los mutágenos químicos

4. La tautomería de las bases explica en parte las tasas de mutación

espontánea:

H
H3C O H O N
H3C O H N N
N H N N
N H N N
N N
N N
O H N
O
H

Par Timina (ceto) - Adenina Par Timina (enol) - Guanina

 DNA-A DNA-Z

1. Doble hélice plectonémica y dextrógira 1. Doble hélice plectonémica y levógira

2. Planos de bases oblicuos respecto al eje de la doble hélica 2. Zonas de secuencia alternante -GCGC-
3. Propio de RNAs en doble hélice, o de híbridos DNA-RNA 3. Conformación de G es syn- en lugar de anti-
4. Más ancha y corta que DNA-B 4. Más estrecha y larga que DNA-B
 Superhélices de DNA

El DNA se presenta habitualmente en forma de superhélices,

cuando la doble hélice, a su vez, se enrolla sobre sí misma. Esto
permite el empaquetamiento de la molécula en el interior de la
célula o del núcleo celular.
 DNA circular: plasmidos,genoma bacteriano

DNA circular, relajado DNA circular, con Se produce superhelicidad negativa cuando desenrollamos
superhélice negativa unas cuantas vueltas de doble hélice en un DNA circular.
 Nucleosomas
 DNA mide aproximadamente 2
metros de largo.
 Estructura repetitiva de
cromatina.
 Estructura “beads-on-string”.
 Forma dada por la H1:
 Zig-Zag
 Lineal
 Modelo del Solenoide.
 Histonas: 2H2a, 2H2b, 2H3, 2H4
 DNA: aprox. 196 pares de bases
 Histonas
 Hay 5 tipos diferentes: H1, H2A,
H2B, H3 y H4.
 Poseen un alto grado de conservación
entre organismos.
 La histona H3 es la mejor
conservada, también lo son la H2A y
H2B, no así la H1.
 Hay dos fuentes de variabilidad:
 Reiteración génica
 Modificación post-traslacional
 La principal modificación en las
histonas es la acetilación,
importante rol en la actividad génica.
 Entre otras modificaciones se
encuentra la metilación y la
fosforilación de residuos como Ser,
Treonina, Lys, His.
5’
-
O O
P O
- H
O N
O N

ESTRUCTURA DEL RNA

H
N
H 2C N N
O H

OH
-
O O

2’-OH en la pentosa
P H H
-
N
O
O
N
H 2C
N O
O

-
O O OH
P O
-
O H
Uracilo en lugar de timina
O N

H 2C N O
O

-
O O OH H
H N
P
-Constituido por ribonucleótidos (nucleótidos
-
O N
O N

H 2C N N de ribosa)
-Los ribonucleótidos se unen entre sí, igual
O

que en el DNA, a través de un ácido

-
O O OH
P O

fosfórico en sentido 5’3’

- H
O N
O N
H
H 2C N N
N
-El RNA es casi siempre monocatenario
O H

3’ O OH
 RNA

Los distintos tipos de RNA permiten la expresión fenotípica del

DNA:

 Como mensaje genético que determina la secuencia de

aminoácidos en la síntesis de proteína: RNA mensajero o mRNA

 Como molécula que activa a los aminoácidos para poder ser

incorporados en una nueva proteína: RNA de transferencia o
tRNA

 Como elemento estructural básico de las partículas encargadas

de llevar a cabo la síntesis proteica, los ribosomas: RNA
ribosómico o rRNA
 Características
 Reactividad química: El RNA, al tener el grupo 2’-OH, es mucho más
reactivo químicamente que el DNA. En concreto, puede ser
completamente hidrolizado por álcali a una mezcla de 2’- y 3’-
nucleótidos.
 Estructura tridimensional: Las formas en doble hélice del RNA
adoptan la configuración A (en lugar de la B, propia del DNA), así como
los híbridos DNA-RNA. La pentosa aparece en forma endo-3’ (y no
endo-2’)
 En el RNA son frecuentes las bases y nucleósidos anómalos
O O
O N O H
H C CH3 O NH2 N
N N
H
CH3 N
HN N HOCH2 HOCH2 N
N N
HN O O H
O N O N
O N HO OH HO O
CH3
N-Acetil citosina Dihidrouracilo 5-Metil citosina
Pseudouridina 2'-O-Metil guanosina

Bases anómalas Nucleósidos anómalos

 Características
 Tamaño molecular: aun con ser grande, es de bastante
menor tamaño que el DNA. Está presente en todas las
células, sean del tipo que sean.
 RNA como material genético: Algunos virus tienen como
material genético el RNA. Entre éstos, los hay que a partir
de su RNA sintetizan un DNA complementario mediante una
enzima conocida como transcriptasa inversa. Son los
retrovirus.
 RNA como enzima: Algunos RNA son capaces de catalizar
reacciones químicas del mismo modo que las enzimas
(ribozimas).
 Participa en el procesado del transcrito primario para dar lugar
al RNA mensajero o mRNA,
 Participa en la formación de enlace peptídico en la síntesis de
proteínas.
 3’
Extremo aceptor
-
O O
5’ P O
- H
O N
O N
H

RNAt Lazo DHU

Lazo T--C H 2C
O
N N
N
H
Lazo variable
OH
-
O O
tRNA P H H
-
N
Lazo anticodon O
O
Estructura tridimensional del tRNA

3’
H 2C
N
N

O
C
O
5’
-
O O OH
H H
P N
Extremo -
aceptor O
O N

Lazo TYC H 2C N O
C
O

OH
Lazo O
- H
O
H N
variable P
-
O N

Lazo H 2C
O N

N
A
anticodon O
N

H O OH
Unión del aminoácido al H 3N C C
extremo 3’ del tRNA R O
Secondary structure diagram Tertiary structure diagram

Cr.LSU rRNA intron Tetrahymena rRNA intron

Replicación del DNA
Características
 El DNA es el portador del mensaje genético
 La cantidad de DNA en las células de individuos de la misma
especie es constante
 Cuanto más compleja es la especie mayor cantidad de DNA
contiene
 La luz ultravioleta de 360 nm es la más absorbida por el
DNA y la qué provoca más mutaciones (reconocidas por una
descendencia anormal)
 Debido a la temporalidad de los seres vivos para que una
especie no se extinga ha de haber al menos un momento en
el que la información biológica (características morfológicas
y fisiológicas) se replique y a partir de esas copias
aparezcan los descendientes.
El proceso de duplicación del DNA es controlado enzimáticamente, asegurando así una
alta fidelidad en la información que contiene la copia. Entre las enzimas que participan en
el proceso de replicación o duplicación del DNA tenemos:
DNA polimerasa, participa en la replicacion y reparación del DNA.
Topoisomerasas, desenrollan al DNA.
Helicasas, separan las dos hebras del DNA para que cada una actúe como molde.
Primasas, sintetizan al RNA cebador usando como molde una hebra del DNA.
Nucleasas, rompen una de las hélices, dando lugar a un origen de replicación, reparan
lesiones del DNA.
Ligasas, unen fragmentos de DNA adyacentes a través de enlaces fosfodiester.
Características de la Replicación del DNA

 La duplicación consiste en la disociación de las dos cadenas de

forma que cada una sirve como molde para la síntesis de dos hebras
complementarias, produciéndose dos moléculas de DNA con igual
constitución molecular

 Es semiconservativa ya que al final de la duplicación, cada molécula

de DNA presenta una hebra original y una hebra nueva.

 Es bidireccional, ya que a partir de un punto dado, la duplicación

progresa en dos direcciones.

 La replicación avanza adicionando mononucleótidos en dirección 5'

→ 3'

 Es semidiscontinua, ya que en una de las hebras (hebra conductora)

sesintetizan filamentos bastante grandes y de forma continua,
mientras que en la otra (hebra retardada) la síntesis es discontinua,
ya que se van sintetizando fragmentos pequeños que se disponen de
manera separada.
Gen
 Un gen es un fragmento de ácido nucleico
que tiene información para un
determinado carácter y ocupa una
posición fija en el hilo de DNA (LOCUS).

 Para un mismo locus puede haber más de

un tipo de información. Cada información
que hay en un mismo locus se le llama
ALELO
Alteración en la Secuencia de Nucleótidos:
mutaciones

 Las mutaciones posibilitan la aparición de individuos distintos

 Existe la posibilidad de que alguno de los nuevos individuos
se adapte a las posibles variaciones ambientales
 Las mutaciones aparecen por acción de agentes externos
(radiaciones, agentes químicos, virus, etc.) o causa interna
(error de copia, entrecruzamientos, recombinación genética).

 Sustitución de Bases

 Pérdida de Bases

 Mutaciones  Inserción de Bases

 Inversión

 Translocación
La Expresión del Mensaje Genético
Las instrucciones para construir las proteínas están codificadas
en el DNA y las células tienen que traducir dicha información a
las proteínas. El proceso consta de dos etapas:

1.- En el núcleo se pasa de una secuencia de bases nitrogenadas

de un gen DNA a una secuencia de bases nitrogenadas
complementarias que pertenecen a un mRNA
(TRANSCRIPCIÓN)

2.- En los ribosomoas se pasa de una secuencia de

ribonucleótidos de mRNA a una secuencia de aminoácidos
(TRADUCCIÓN)
Transcripción Traducción
DNA mRNA proteinas
El Código Genético
 Existen 20 aminoácidos diferentes y sólo 4 nucleótidos en el
mRNA. Se pueden construir 64 tripletes mediante
combinaciones con repetición de los 4 nucleótidos tomados
de tres en tres. A cada triplete se le llama CODÓN
 Es universal, pues lo utilizan casi todos los seres vivos
conocidos. Solo existen algunas excepciones en unos pocos
tripletes en bacterias.
 No es ambiguo, pues cada triplete tiene su propio significado
 Todos los tripletes tienen sentido, bien codifican un
aminoácido o bien indican terminación de lectura.
 Está degenerado, pues hay varios tripletes para un mismo
aminoácido, es decir hay codones sinónimos.
 Carece de solapamiento,es decir los tripletes no comparten
bases nitrogenadas.
 Es unidireccional, pues los tripletes se leen en el sentido 5´-
3´.
 El Código Genético
Alanina Ala A
Segundo Lugar en el Codón
Arginina Arg R
T C A G
Asparagina Asn N
TTT Phe [F] TCT Ser [S] TAT Tyr [Y] TGT Cys [C] T Aspártico Asp D
TTC Phe [F] TCC Ser [S] TAC Tyr [Y] TGC Cys [C] C
T Cisteina Cys C
TTA Leu [L] TCA Ser [S] TAA Ter [end] TGA Ter [end] A
Fenilalanina Phe F
TTG Leu [L] TCG Ser [S] TAG Ter [end] TGG Trp [W] G
P T Glicina Gly G
r CTT Leu [L] CCT Pro [P] CAT His [H] CGT Arg [R] T e
i r
Glutámico Glu E
CTC Leu [L] CCC Pro [P] CAC His [H] CGC Arg [R] C
m C c Glutamina Gln Q
e CTA Leu [L] CCA Pro [P] CAA Gln [Q] CGA Arg [R] A e
r r
Histidina His H
CTG Leu [L] CCG Pro [P] CAG Gln [Q] CGG Arg [R] G
Isoleucina Ile I
L ATT Ile [I] ACT Thr [T] AAT Asn [N] AGT Ser [S] T L
u
Leucina Leu L
ATC Ile [I] ACC Thr [T] AAC Asn [N] AGC Ser [S] C u
g A g Lisina Lys K
a ATA Ile [I] ACA Thr [T] AAA Lys [K] AGA Arg [R] A a
r ATG Met [M] ACG Thr [T] AAG Lys [K] AGG Arg [R] G r
Metionina Met M
Prolina Pro P
GTT Val [V] GCT Ala [A] GAT Asp [D] GGT Gly [G] T
Tirosina Tyr Y
GTC Val [V] GCC Ala [A] GAC Asp [D] GGC Gly [G] C
G Treonina Thr T
GTA Val [V] GCA Ala [A] GAA Glu [E] GGA Gly [G] A
GTG Val [V] GCG Ala [A] GAG Glu [E] GGG Gly [G] G
Triptófano Trp W
Serina Ser S
Valina Val V
 Organización básica del material genético en
bacterias

Las bacterias contienen una sola molécula de DNA circular en su citoplasma, que
posee todos los genes necesarios para la vida de la bacteria. No está contenido en un
núcleo.

Plásmido o DNA
Genoma bacteriano o extracromosómico,
DNA cromosómico, que que es opcional según
es una sola molécula especie y cepa,
bicatenaria circular y confiere nuevas
propiedades a
la bacteria

De forma opcional, puede poseer elementos genéticos extracromosómicos, adquiridos por

procesos de intercambio genético entre bacterias. Se trata de los plásmidos. Estos elementos
poseen la propiedad de conferir nuevas capacidades a la bacteria, y pueden replicarse de
forma autónoma respecto al DNA cromosómico.
Organización básica del Genoma Bacteriano

El DNA cromosómico se organiza para

constituir genes, con escaso material
intergénico

La mayor parte de estos genes se presentan de

forma única en el genoma. Es el caso de los
factores de virulencia proteicos o exotoxinas
 Organización básica del Genoma Bacteriano

La mayor parte del genoma bacteriano está constituido por genes que codifican proteínas
estructurales, enzimas metabólicas o factores de virulencia. Se encuentran habitualmente
en una sola copia, lo que hace que una mutación en los mismos condicione una función
bacteriana.

Genes codificantes de Genes codificantes del

enzimas o proteínas, con RNA ribosómico 16S
copia única en múltiples copias

El genoma contiene, a su vez, múltiples copias de los genes que codifican el RNA ribosómico 16S,
que forma parte de la subunidad menor del ribosoma. Estos genes tienen secuencias muy
conservadas entre las distintas familias bacterianas, así como regiones muy divergentes,
incluso dentro de la misma especie bacteriana. Por ello, su estudio permite establecer relaciones
filogenéticas entre bacterias, y determinar la variabilidad genética de las distintas poblaciones
de una especie.
 Organización básica del Genoma Humano

Los genes eucariotas contienen secuencias codificantes denominadas exones,

separadas entre sí por otras no codificantes llamadas intrones. Durante el
procesamiento del mRNA, se eliminan las secuencias de los intrones, fenómeno
conocido como corte-empalme o splicing

promotor E1 E2 E3 E4 E5 E6 E7

I1 I2 I3 I4 I5 I6

Cada exón suele corresponderse con un dominio de la cadena polipeptídica.

El dominio es una región del polipéptido con una localización y función definida
dentro de la proteína final y la célula.
Una proteína tiende a estar constituida por varias cadenas, por lo que entran
en juego varios genes
Organización básica del Genoma Humano

DNA genómico humano

El 25 % de todo el Genoma Humano está constituido por genes, cuyo número se estima que
se halla entre 30.000 y 40.000, la mayoría aún sin función conocida

Solo el 1 % de todo el Genoma Humano está constituido por DNA codificante, es decir, exones

Sin embargo,
el PROTEOMA HUMANO está constituido
por 50.000-60.000 proteínas

El origen de esta discrepancia es el fenómeno de splicing o corte-empalme alternativo del mRNA

que sufren el 60% de los genes. Es decir, un gen da lugar a varios mRNA maduros
Organización básica del Genoma Humano

PROTEOMA HUMANO

Tiene en común con los seres inferiores las proteínas

que intervienen en los mecanismos de:

transcripción y traducción
metabolismo
replicación y modificación del DNA
... Y la evolución ha permitido que el
ser humano se diferencie en ...

Sistema inmune
y nervioso
Organización básica del Genoma Humano
 ¿Qué aplicaciones tiene el análisis de ácidos
nucleicos en Microbiología?

DNA RNA

Se emplea para confirmar la Se emplea para cuantificar la

presencia de patógenos en expresión de factores de
muestras clínicas y, en virulencia microbianos, o para
ocasiones, para cuantificar RNA-virus
cuantificarlos
 ¿Qué aplicaciones tiene el análisis de ácidos
nucleicos en enfermedades genéticas de
herencia mendeliana?

DNA RNA

Se emplea para confirmar la No suele utilizarse en el

presencia de mutaciones diagnóstico de rutina
causantes de la
enfermedad, ya sea
prenatal o de forma
posterior al nacimiento
 ¿Qué aplicaciones tiene el análisis de ácidos nucleicos
en la susceptibilidad a enfermedades
multifactoriales?

DNA RNA

Se emplea para confirmar la presencia Se utiliza, aún de forma

de polimorfismos favorecedores de la
enfermedad (asma, infarto, ...), para la
detección de mutaciones en genes
asociados a cáncer familiar, y para
mutaciones del DNA en tejidos
tumorales
experimental, para estudiar las
diferencias en la expresión de genes
entre tejidos sanos y tumorales,
empleando los microarrays o
microchips