Wyk ad z biochemii

1.Wprowadzenie;wybrane zagadnienia chemii organicznej

Prof.dr hab. in .Korneliusz Miksch

Silesian University of Technology, Gliwice, Poland Environmental Biotechnology Department

Biochemia

Prof. dr hab. in . Korneliusz Miksch Wydzia In ynierii rodowiska i Energetyki Katedra Biotechnologii rodowiskowej ul. Akademicka 2, p. 712 E-mail: korneliusz.miksch@polsl.pl www.kbs.ise.polsl.pl Konsultacje: wg aktualnego rozk adu

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

Biochemia zaliczanie przedmiotu

Zaliczenie przedmiotu wedlug nastepujacych zasad I semestr wynik testu/kolokwium zaliczeniowego (T), 2 terminy II semestr ocena ko cowa (OK) przedmiotu to rednia wa ona z oceny I semestru (T), laboratorium (L) i egzaminu z ca o ci tematyki wyk adw w II semestrze (E) OK = 1/4T + 1/4 L + 2/4E

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

BIOCHEMIA (od bios - gr. ycie)dyscyplina naukowa opisuj ca sk adniki chemiczne organizmw (biochemia statyczna) oraz przemiany tych sk adnikw (biochemia dynamiczna). Ca o procesw yciowych tzn. og reakcji chemicznych w organizmie ywym nazywamy metabolizmem (gr.metaboleprzemiana), a substancje uczestniczace w tych reakcjach nazywamy metabolitami.
Environmental Biotechnology Department, SUT http://kbs.ise.polsl.pl

Cechy reakcji biochemicznych

1. Regulowanie ich przebiegu przez biokatalizatory zwane enzymami, 2. Powi zanie z okre lonymi strukturami komrkowymi, 3. Istnienie precyzyjnych mechanizmw integruj cych poszczeglne reakcje i procesy biochemiczne, 4. Wymaganie tzw. fizjologicznych warunkw przebiegu reakcji, 5. Skojarzenie z przemianami energetycznymi. Ta ostatnia cecha jest wsplna zarwno reakcjom biochemicznym, jak rwnie chemicznym.
Environmental Biotechnology Department, SUT http://kbs.ise.polsl.pl

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

BIOCHEMIA -Program przedmiotu

1.Wprowadzenie-wybrane zagadnienia chemii organicznej, 2.Aminokwasy i bia ka, 3.Kataliza enzymatyczna, 4.Kinetyka reakcji enzymatycznych, 5. Zwi zki wysokoenergetyczne, 6. a cuch oddechowy, 7. Metabolizm t uszczw, 8. Mechanizmy adaptacyjne drobnoustrojw, 9. Pomiary aktywno ci drobnoustrojw, 10. Kwasy nukleinowe, 11. Horyzontalny transfer genw, 12. B ony biologiczne, 13. Metabolizm w glowodanw, 14. Cykl kwasw trjkarboksylowych (cykl Krebsa), 15. Metabolizm w glowodorw, 16. Mikrobiologiczny rozk ad ksenobiotykw.
Environmental Biotechnology Department, SUT http://kbs.ise.polsl.pl

BIOCHEMIA - Literatura
Kunicki-Goldfinger W.J.H.: ycie bakterii, PWN Warszawa 2006 Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L.: Biochemia, PWN Warszawa 2005 Alberts B., Bray D., Hopkin K., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P.: Podstawy biologii komrki, PWN Warszawa 2005 Hames B.D., Hooper N.M.: Biochemia - krtkie wyk ady, PWN Warszawa 2006 Alexander M. Biodegradation and bioremediation, Academic Press, San Diego-London-Boston-New York-Sydney-Tokyo-Toronto 1999 Baj J., Markiewicz Z.: Biologia molekularna bakterii, PWN Warszawa 2006 Turner P.C., McLenan A.G., Bates A.D., White M.R.H.: Biologia molekularna, PWN Warszawa 2004 Mathews Ch.K., van Holde K.F. "Biochemistry", Benjamin/Cummings Publ. Comp. San Juan 1990; Alberts i in. "Molecular biology of the cell", Garland Publ, New YorkLondon 1983

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.1. Istota wi za chemicznych (wi zanie jonowe)

Rys.1 Atom sodu (Na) oddaje elektron i staje si kationem Na+.

Rys.2 Atom chloru (Cl) przyjmuje elektron i staje sie anionem (Cl-).
Environmental Biotechnology Department, SUT http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.1. Istota wi za chemicznych (wi zanie jonowe)

Rys.3 Si y elektrostatycznego przyci gania utrzymuj w trwa o ci cz steczk .

Environmental Biotechnology Department, SUT http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.1. Istota wi za chemicznych (wi zanie atomowe, kowalencyjne)

Mechanizm powstawania wi zania kowalencyjnego w cz steczce wodoru

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

Wa ne w biochemii reakcje

Acylacja, acylowanie, reakcja przy czenia grupy acylowej do r nych cz steczek przez podstawienie atomu wodoru w grupie wodorotlenowej OH lub aminowej NH2 reszt kwasu organicznego. Acetylowanie, szczeglny przypadek acylacji, reakcja przy czenia grupy acetylowej do r nych cz steczek, np. podstawienie atomu wodoru w grupie wodorotlenowej OH, aminowej NH2, sulfhydrylowej SH przez acetyl. Acyl, rodnik acylowy, rodnik kwasowy, powstaje po od czeniu grupy OH z cz steczki kwasu karboksylowego, np. rodnik formylowy (formyl) HCO-, acetylowy (acetyl) CH3CO-.

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

Wa ne w biochemii reakcje

Fosforylacja, reakcja przy czenia reszty kwasu fosforowego do zwi zku chemicznego. Utlenianie, oksydacja, proces chemiczny polegaj cy na utracie jednego lub kilku elektronw przez zwi zek lub pierwiastek utleniany; utlenianie substancji nast puje pod wp ywem utleniacza substancji zdolnej do redukcji, czyli przyj cia elektronw. Utlenianie biologiczne, procesy utleniania zachodz cego w komrkach organizmw ywych, katalizowane przez enzymy oksydoredukcyjne , przejmuj ce elektrony z utlenianych substratw organicznych. Dehydrogenacja (odwodorowanie) reakcja od czenia atomw wodoru od cz steczki zwi zku chemicznego, zazwyczaj od czane s rwnocze nie dwa atomy wodoru; z chemicznego punktu widzenie odwodorowanie jest utlenianiem, poniewa od czane s elektrony
Environmental Biotechnology Department, SUT http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.1. Istota wi za chemicznych (grupy funkcyjne) Grupy funkcyjne - atom lub kombinacja po cze atomw, ktre w istotny sposb okre laj rodzaj reakcji chemicznych, jakim ulegaj dane zwi zki organiczne (np. COOH). Grupa hydroksylowa (wodorotlenowa) -OH Grupa karboksylowa -COOH Grupa aldehydowa -CHO Grupa ketonowa =CO Grupa aminowa - NH2 Grupa nitrowa -NO2 Grupa sulfonowa -SO3H

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.2. Izomeria zwi zkw organicznych IZOMERIA - zjawisko istnienia zwi zkw chemicznych o identycznym wzorze sumarycznym, r ni cych si struktur lub budow przestrzenn cz steczki, a w konsekwencji w a ciwo ciami fizykochemicznymi IZOMERY CIS-TRANS - izomery przestrzenne (stereoizomery), r ni ce si po o eniem atomw lub grup atomw wzgl dem p aszczyzny przechodz cej wi zanie utworzone (wynika z ograniczenia rotacji wok tego wi zania np. dla wi zania podwjnego C=C )

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.2. Izomeria cis-trans

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.2. Izomeria ketoenolowa W cz steczkach zawieraj cych atomy wodoru i spolaryzowan grup funkcyjn , mo e wyst pi w drwka protonu w ramach tej samej cz steczki. W drwka taka mo liwa jest w ketonach dzi ki obecnej w nich grupie karbonylowej. Odwracalna w drwka protonu od w gla do tlenu grupy karbonylowej prowadzi do zaistnienia rwnowagi dynamicznej dwch form tego samego zwi zku, ktre posiadaj dwie r ne grupy funkcyjne. Forma I jest ketonem, a druga II alkoholem (-ol) nienasyconym zawieraj cym wi zanie podwjne (-en) czyli "enolem". Odmiany I i II nazywamy odpowiednio ketonow i enolow .
Environmental Biotechnology Department, SUT http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.2. Izomeria ketoenolowa Izomeria ketoenolowa jest przyk adem tautomerii tzn. wsp istnienia obok siebie dwch odmian cz steczek atwo przekszta caj cych si w siebie.

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.2. Izomeria optyczna

Izomeria optyczna wi e si ze zdolno ci skr cania p aszczyzny wiat a spolaryzowanego. Substancje takie nazywa si optycznie czynnymi; skr caj ce p aszczyzn wiat a spolaryzowanego w prawo - nazywa si prawoskr tnymi /+/, a skr caj ce w lewo -lewoskr tnymi /-/.

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl

1.

Wybrane zagadnienia chemii organicznej

1.2. Izomeria optyczna Izomery bed ce wzajemnymi odbiciami lustrzanymi nosz nazw enancjomerw. Rwnocz steczkowa mieszanina enacjomerw nie wykazuje optycznej czynno ci i nosi nazw mieszaniny recemicznej

Environmental Biotechnology Department, SUT

http://kbs.ise.polsl.pl